三藩之亂（公元1673年-公元1681年）是清代時期由吳三桂吳三桂、尚可喜尚可喜（一說尚之信）、靖南王耿精忠聯合發起的一場反抗清政府統治的叛亂。
清廷入關后借助明朝降將吳三桂、尚可喜、耿精忠鎮壓南方各地并封為藩王用以鎮守。但是三藩在地方任用權柄，給清朝統治造成巨大威脅，康熙決意削藩。康熙十二年（公元1673年）三月，平南王尚可喜上書自請撤兵并請其子尚之信襲爵留鎮廣東省。康熙以此為契機全面削藩。吳三桂、耿精忠為試探清廷，隨之請求撤藩，康熙亦應允。1673年（康熙帝十二年）十一月，吳三桂殺云南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，提出“興明討虜”，將矛頭指向朝廷，部分漢官、漢兵和少數民族上層人士，一些地區的農民、奴仆都迅速響應。吳三桂軍由云、貴而開進湖南省，幾乎占據湖南全省，進而占據四川省，四川官員紛紛投降。
康熙帝通過分化、招撫、剿滅等策略，成功阻擋了吳三桂部進取山西省、河北省等地的意圖，并在閩浙、粵東、湖南等地的戰局中取得勝利。在此過程中，他成功招撫耿精忠、尚之信等將領，孤立吳三桂。康熙十七年（1678年）三月十一日，吳三桂在衡州即位，宣布國號大周，改元“昭武”，大封諸將。同年八月十八日，吳三桂因病去世。康熙帝二十年（公元1681年）冬，清兵進入云南省城昆明市，吳世璠自殺，耿精忠被剝奪兵權，革去王爵，凌盡處死。尚之信也在叛亂平息后被處死。三藩之亂宣告平定。清廷在平叛戰爭結束后，將沒收藩產入官?充當軍餉，并使受“三藩”割據之害的人民?得到解放，給這些地區社會經濟的恢復?和發展提供了必要條件。同時，康熙為防止藩王勢力再起，對其部眾編制?進行了整頓，除吳三桂部調往邊區服役?外，其余各部重新編入八旗。康熙另派八旗?兵、綠營兵駐守福州、廣州、荊州、廣?西、云南等地，徹底消除了藩鎮制。?
三藩之亂自康熙帝十二年（1673年）開始至康?熙二十年（1681年）結束，波及?包括云南、貴州、四川、湖?南、湖北、廣東、廣西等在內的十二個省份，給當時的人口增長和經?濟發展都帶來了極大的影響。康熙帝雖未?親自出征，但他在整個戰役中擔任了清軍?的總指揮，其戰略舉措成為清廷取得勝利的重要因素。此次平叛使清廷成功擊敗了分?裂勢力，藩鎮積弊也得到了解?決，為統一臺灣的斗爭奠定了基礎。三藩之亂的平定是清廷確立穩定皇朝統治的標志。
歷史背景
三藩由來
順治元年（公元1644年），滿族入關取代明朝，各地反清勢力不斷，清廷啟用明朝降將前去鎮壓或招撫。其中以耿仲明、尚可喜、吳三桂三人功勞顯著，其中吳三桂被封平西王，鎮守云南省，兼轄貴州省；耿仲明封靖南王，死后，其子耿繼茂襲封，鎮守福建省；尚可喜封平南王，鎮守廣東省。之后，吳三桂、尚可喜和耿仲明之孫耿精忠受命分別留鎮云南、廣東、福建。三藩在所鎮守的省份權力甚大，遠超過當地地方官員，并可掌控當地軍隊、稅賦等。到康熙帝元年（公元1662年），吳、尚、耿發展為各據一方的藩王勢力，“世稱三藩”。三藩之外，還有一個孔有德。但孔有德在與農民軍李定國作戰時戰敗自殺于桂林市，其子也被李定國所殺，無人襲封，僅有一女孔四貞嫁給孫延齡，清廷即以孫延齡為將軍代領其眾，駐守廣西桂林。
清廷形勢
清廷入關后，形勢發生了變化，宗室之間權力斗爭加劇。愛新覺羅·多爾袞、愛新覺羅·阿濟格、愛新覺羅·多鐸等兄弟與愛新覺羅·濟爾哈朗、豪格之間爭奪激烈。在緊張的形勢下，多爾袞提議立皇太極幼子順治帝為帝，由他和濟爾哈朗共同輔政，以暫時平息爭端。
順治即位之后，繼續實行旗制改革，皇權大幅削弱，明朝受封的異姓王地位不斷上升。其中三藩不僅能隨意任免官員，還在地方大肆擴充兵力，開始威脅到國家的安全統一。順治十八年（1661年）正月，順治帝逝世，年僅八歲的康熙繼承皇位。
康熙六年（公元1667年），位列四大輔臣之一的赫舍里·索尼因病去世。同年七月初七，年幼的康熙正式親政，大赦天下。康熙八年（公元1669年）康熙成功清除鰲拜黨羽，廢除輔政體制，收回朱批大權，開始考慮裁撤三藩的問題。
藩王勢大
割據勢力與軍事力量
順治十六年（公元1659年）三月，吳三桂開始鎮守統轄云南省，擁有經濟軍事實力，權利高于平南、靖南兩位藩王。
康熙元年（公元1662年），吳三桂被任命兼管貴州省，康熙二年（公元1663年）又擔任云貴總督，負責云南和貴州兩省的事務，加上他還參與四川省事務，實現了對云貴兩省和四川地區的控制和干預。
在清朝時期，耿、尚兩藩的兵制和兵額經歷了一系列的變化。最初耿、尚兩藩的軍隊主要由原班人馬組成，一些是降清后成為八旗漢軍的旗兵，也就是所謂的舊兵；一些是清廷調撥的新增兵員，這些兵員通常被編為綠營。 順治十三年（公元1656年）至康熙十二年（公元1673年）期間，耿、尚兩藩的佐領編制發生了變動，從最初的“十一佐領”擴增至“十五佐領”。但是由于清朝自順治末年以來一直在裁軍，新增兵員雖有增加，兵額總數并未顯著上升，仍然保持在大約300人左右。 至于綠營兵制，初期的明確記載較少，直到順治十七年（公元1660年），清廷才開始規定平南和靖南兩藩綠營兵制。根據這些規定，各藩的綠營兵分為中、左、右、前、后五營，每營設有各種軍官和士兵，總人數約在6000到7500之間。 總的來說，在建藩之初，耿、尚兩藩的兵員總數基本保持在一萬人左右。其中，綠營兵占大部分，而旗兵則為三千余人左右。
就吳三桂的藩屬兵丁而言，他的藩屬旗兵主要由降清時所率領的遼東精銳組成。然而目前的史料中尚未明確記錄吳三桂的藩屬兵是否被編入八旗漢軍。當時吳三桂鎮守漢中市時的兵力可能在一萬以上，甚至接近二萬。 需要注意的是，以上的統計僅限于清朝的定制，不包括三藩臨時奏請增設的兵馬。
《清圣祖實錄》卷四十二載，耿、尚二藩各有按旗兵編制的十五佐領，綠營兵六千余人。吳藩有按旗兵編制的五十三佐領，綠營兵有“四鎮十營”。按：三藩藩屬五丁出一甲，甲二百設一佐領。吳藩的“十營”，每營有兵1200人，共12000人；“四鎮”，每鎮有步戰兵、守兵2400人。共9600人。
茲將三藩兵額列表于下（單位：人）
由上表可以看出，三藩總的兵額應是50200人。如果再加上參加三藩之亂的孫延齡部3000人，已經接近55000人。再加上三藩還有眾多的丁口。按五丁出一甲計算，吳藩有53000人，尚、耿二藩和孫延齡部各有15000人。總數約10萬人。丁口和兵額合在一起，三藩部屬總在十五六萬人以上。
雖然三藩的固定兵額只及清朝總兵力的八分之一，但是在三藩變亂后，加上響應者的兵力，總數大大超過清廷用于平亂的兵力。
經濟實力擴充
吳三桂、耿繼茂和尚可喜為了鞏固自己的統治，分別在云南省、福建省和廣東省對人民進行剝削。
在云南，吳三桂留守云南時大量霸占百姓土地，以致整個云南吳氏勛莊遍布。清廷收復云南后，廢除了軍田和官田，將這些耕種土地的軍戶和官戶改為編民，但吳三桂仍然按照明末時期的租額征收，使得民眾苦不堪言。
在商業上，吳三桂初因糧餉不足，便四處招攬商人，讓他們同四方貿易，從中抽取利潤，供其軍隊。久而久之，這些商人開始壟斷商業，形成所謂的藩商。他們作為吳三桂的御用商人經銷于全國各地。除在遼東采參，在四川省采藥外，還在北勝州與達賴喇嘛通商，與西藏自治區等地進行茶馬貿易。其經商范圍之廣、規模之大，足以使其獲得巨額利潤。
在福建省，耿繼茂性格殘暴，魚肉百姓。在順治十七年（公元1660年），他帶著超過10萬的商人、和尚、尼姑、伶人和夫役等人口涌入福州市，這必然需要大量開支。因此他借機增加賦稅，并橫征私稅。康熙帝初年時，閩省的賦稅已經很重，超過正常供給的部分，稅目很多，農民被迫以田地來支付兵餉，所收稅收連十分之一都無法達到。這使得農民不得不賣掉土地，另謀生計。同時，耿繼茂還實行各種私稅，其中包括設立關卡對物品征收重稅，商人被征收的稅率更是高達50%。此外耿繼茂還放高利貸，強迫借款人在還款期限到來時再次借貸，不得拒絕。如果還款出現任何問題，就會拘留借款人的家人，并強制他們工作以償還債務，甚至將他們的妻子迫使為娼妓。這種橫征暴斂的行為不僅在藩境內發生，甚至還蔓延到鄰境地區。
在廣東省，尚可喜以擁有巨額財富聞名，他性格上貪婪好利，擁有子女多達幾十人。為了滿足兒女私欲，他晚年變得極其貪婪，將粵中的市舶、鹽鐵、材木等行業壟斷專營，嚴重損害了民眾的權益。他在平南統治四十年的時間里積累了大量來自海外的貨幣和商品，總價值相當于數百萬銀幣，其中鹽業收益尤為可觀。時人有說法稱“平南之富，甲于天下”。
和清廷矛盾
順治十七年（公元1660年），戰爭需求導致清軍規模不斷擴大，軍餉需求急劇增加。朝廷財政難以滿足需求，不得不向相對富庶地區增加征稅。這一政策引發各地財政負擔不斷加重，百姓生活舉步維艱，進一步加大清廷削藩的決心和進程。
尤其吳三桂吳三桂不僅將自己的權力擴展到全國各地，還在地方上影響官員的選拔，加上吳三桂對云貴高原地區的絕對把控，對清朝造成巨大威脅。
而其他“二藩”中，耿精忠在任期間與地方豪強結交，甚至與督撫大吏攀緣；尚之信嗜殺酗酒，生性暴虐，還招募反清勢力作為自己的手下。
事件起因
撤藩試探
康熙十二年（1673年）三月，尚可喜尚可喜因年老多病，請求退位回遼東安度晚年。他提議自己的兒子尚之信繼承爵位并繼續鎮守廣東省。康熙帝視此為撤銷藩王的好機會，稱贊尚可喜“明白大局”，并表示廣東已經穩定，拒絕了尚之信襲爵的請求。
吳三桂和耿精忠聞訊后，也上疏假意要求撤藩以試探朝廷態度，給康熙施加壓力。此時朝廷對“三藩”的態度分為兩派，大學士赫舍里·索額圖、圖海等人認為“三藩”不可動，戶部尚書米思翰、兵部尚書納蘭明珠則贊成撤藩。康熙自己是撤藩派，他認為三藩叛亂的局面已形成，吳三桂早晚都會叛亂，不如先發制人。最終康熙同意了吳三桂和耿精忠的上疏。
清廷撤藩
康熙十二年（1673年）康熙帝下令三藩都撤出山海關區外。撤藩令下，吳三桂當即與部眾暗中部署兵馬，聯絡耿精忠準備叛亂。清廷多次派人催促，吳三桂皆以借口暫緩起行，背地卻加緊謀反。
康熙十二年（1673年）初，康熙帝決定撤銷尚可喜尚可喜的廣東省藩，尚可喜將其子尚之信留在廣東鎮守，親率其他少子及親信遷往遼東，得到康熙允許。
撤藩令下后，康熙帝繼續發布上諭，指示有關部門安排撤藩事宜。他派遣大臣前往各地會商，并授權他們制定官兵遷移和地方防守的具體安排。康熙帝還派遣使臣前往各地察看情況，以確保順利進行。
康熙十二年（1673年）二月，廣西壯族自治區將軍孫延齡歸附，三月耿精忠反于福建省，其他與清廷有隙的漢籍將領，如四川省的羅森等也先后歸附吳三桂。但是他低估了康熙皇帝的能力，耽誤了出兵的最佳時機。最終康熙帝決定出動八旗勁旅前往貴州省，并進行全面的軍事部署，準備討平叛亂。
康熙十二年（1673年）七月，耿精忠在疏請撤藩、窺探朝旨的同時，開始反抗朝廷的撤藩政策。他派遣使者前往臺灣約請鄭經共同舉事。吳三桂利用耿精忠的野心，引誘他參與反叛，稱其有異志，謀圖據福建。
耿精忠和吳三桂等進行了密切的聯絡和交流，計劃行動。耿精忠與左翼總兵曾養性、右翼總兵江元勛以及其他幾位將領共同策劃了叛亂計劃。他們進行了軍事演習和準備，動員士兵和民眾。在撤藩政策實施后，耿精忠不斷地進行軍事演習，不時制造聲勢，叛亂一觸即發。
事件進程
吳軍攻占華南
康熙帝十二年（1673年）十一月，吳三桂殺云南巡撫朱國治，自稱為“天下都招討兵馬大元帥”，封授文武官員。他派遣部下發布《反清檄文》，偽稱明朝三太子托孤于他，號召人們起義反清。同月吳三桂將李本深任命為貴州省總管大將軍，駐守貴州，并將部隊分為兩路繼續北進。他派馬寶和吳國貴為東路先鋒，自己留在后方殿后，西路由王屏藩全權指揮攻打四川省。吳軍很快攻占了湖南衡州、常德市、岳州，直達澧縣，隨后一些叛明降清的將領也紛紛率部響應。行進過程中，他成功地俘獲了貴州巡撫曹貞吉、提督李本深，并導致云貴總督甘文餛犧牲。吳三桂的軍隊抵達四川時，巡撫羅森率眾投降。僅短短兩個月內，西南諸地官員紛紛望風而降。
康熙帝十二年（1673年）十二月清廷得知吳三桂起兵，很快作出以荊州市為中心的戰略部署，停止福建省、廣東省的撤藩進程，并宣告吳三桂為“逆賊”、奪其爵位、羈押吳三桂之子吳應熊（后來絞死）。但清軍在湖北長期按兵不動，給吳三桂留出了鞏固陣地、擴大戰果的時機。吳三桂一方進展順利，至康熙十三年（1674年）三月，湖南省、四川省全境亦落入吳三桂手中，廣西壯族自治區孫延齡、福建耿精忠亦改旗易幟。
同年康熙皇帝派出了五路軍隊分別前往荊州、岳州、江西省、浙江省、陜西省。京城的八旗軍迅速被抽調一空，遠至沈陽市（今遼寧沈陽）、烏拉、寧古塔（現牡丹江市）的滿洲軍隊也紛紛開赴前線。
叛者四起
三藩之亂爆發后，叛軍大舉進攻云貴、川湖、閩浙、兩廣以及陜甘等地，全國上下陷入了動蕩不安的局面。許多朝廷命官紛紛效忠叛軍，包括提督、總兵、布政使、知府等官員都加入叛亂的行列。
吳三桂方面，巡撫朱國治、按察使李興元、知府高顯辰、同知劉、提學道周昌、副將黃正卿、參將陳武衛、襄陽總兵楊來嘉等投靠清代，提督張國柱、總兵杜輝、總兵柯鐸、布政使崔之瑛、知府馮蘇、提督李本深、巡撫曹申吉、黔西總兵王永清、州總兵崔世祿、四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟、總兵官譚弘、吳之茂等投靠三藩。
耿精忠方面，巡撫劉秉政、福州城守副將王可、原黃巖鎮總兵武、提督王進功、興化總兵馬惟興、海澄總兵趙得勝、漳浦總兵劉炎等投靠清朝；平陽總兵蔡朝佐、溫州總兵祖弘勛、黃巖總兵阿爾泰、饒州參將程風、廣信副將柯升、潮州總兵劉進忠等投靠三藩。
尚之信方面，廣東總督金光祖、廣東巡撫佟養鉅、提督嚴自明以及陳洪明等官員都選擇投降清代。
孫延齡方面，廣西提督馬雄和左江總兵官郭義投降清朝。在陜西，提督王輔臣投降清朝并參與寧蕪州的起義。同時河南省河北鎮總兵蔡祿也發動了懷慶起義，并與楊來嘉勾結，支持吳三桂造反。在江西，南瑞總兵楊富也暗中與叛軍通聯。
鄭經方面，鄭經撤退到臺灣后，一直奉南明永歷為正統，并堅持抗清立場。康熙帝十三年（公元1674年）三月，吳三桂給鄭經寫信邀請他起兵，共同復仇。鄭經最終參加了他們的叛亂，雖然未能實現北上的愿望，但他曾一度在海上猖獗，占領了漳州市、泉州市、潮州市、惠豐等地，為反叛勢力提供有力的支持。
軍隊方面，三藩的主力主要是降清的前明漢人官兵。早在康熙十三年（公元1674年）吳三桂還在貴州省時，四川省的官兵就已經開始動搖。湖南省被陷后，綠旗官兵紛紛投降三藩。特別是以精銳著稱的綠營陜甘兵，發生了連續三次兵變。此外，其他地方也相繼發生了兵變，比如康熙十三年（公元1674年）三月，福建福寧州發生兵變；八月，江西省的饒州營也發生了兵變等。
少數民族方面，蒙古等部族不斷騷擾邊疆。康熙十四年（公元1675年）初，清廷調派察哈爾蒙古左翼四旗駐宣府，以備陜西省。當布爾尼起義后，他們制造謠言，相互煽動，致使察哈爾左翼四旗的官兵發生集體逃亡行為，放棄了邊疆的防守，試圖返回故鄉并投靠反清叛亂力量。五月，甘肅叛軍占據了洮州和河州，蒙古族利用機會進行了大規模的掠奪活動。康熙帝十五年（公元1676年）初，寧夏回族自治區北部的鄂爾多斯市蒙古在內地局勢混亂的背景下，趁機侵襲了位于寧花寨、平羌等軍事堡壘，并進行了掠奪行動。八月，在清軍調往河東時，彝族趁機侵入內地，此外達賴臺吉等部落也曾入侵邊疆擾亂秩序。
農民和流民組成義軍方面，在三藩之后，一些民間的抗清隊伍與他們聯合起來。例如耿精忠兵對袁州進行壓迫，與山民棚居結盟，成為棚寇。福建省的叛亂分子率領軍隊一萬四五千人入侵遂安（今浙江省），加上遂安本地土匪王應茂的搶劫和破壞，給當地居民帶來了嚴重的困擾。江西廣信、玉山、永豐等地的叛軍土寇聯合了福建賊寇偽總兵李云龍，率領五千人進攻常山、開化、金華市等地。嘉興市、湖州市等地朱二胡子、羊子加等“土匪”結成堡壘活動。
這股反清勢力幾乎波及全國，不限于某一地方。這對平定反亂的時間拖延，軍隊和財政的耗費都十分不利。
吳軍西進受阻
康熙帝十二年（公元1673年），吳三桂叛變后采取了兩線作戰的策略。一是通過貴州省攻打湖南江西，二是從云南省攻打四川省，以進一步擴大對西北的控制。為了加強對四川的進攻力量，清朝派遣愛新覺羅·董額和莫洛分別進剿四川和陜西省。但由于叛軍吳之茂實力強大，多次切斷清軍糧道，董額率領的大軍進攻屢屢受挫，只能屯兵駐守漢中市。
康熙十三年（公元1674年）十二月，莫洛和王輔臣在是否前往漢中的問題上發生矛盾。王輔臣不滿莫洛的刁難殺他起兵叛清，投靠吳三桂，與進攻四川的吳將王屏藩遙相呼應。這樣一來，叛軍在西北也開辟了戰場，對清軍造成了南北夾擊之勢。康熙不得不派遣更多的軍隊前去鎮壓叛亂。
王輔臣叛亂后，西北的局勢急劇惡化。康熙帝立即派兵增援西安市等地，試圖阻止王輔臣回兵并再次攻占平涼市，使西安陷入孤立無援的境地。同時康熙帝派遣愛新覺羅·董額率兵回守漢中市，但沒有取得預期效果。
王輔臣在叛變后不斷擴大戰果，攻占了寧羌、天水市、興安等地，并最終占領了平涼和蘭州市。他試圖打開通往陜西省的通道，與吳之茂的軍隊聯系起來。康熙十四年（公元1675年）七月，清軍失守漢中，失去了防御四川省叛軍的屏障。同年十月，王輔臣占據固原市，寧夏回族自治區陷入危機，當時王輔臣穩固地掌控著平涼和固原，擁有充足的兵力和糧餉，清朝軍隊長達半年的時間內無法順利進攻。王輔臣與吳三桂的聯合使平定叛亂戰爭變得更加艱難。
因清朝大將軍愛新覺羅·董額多次攻打未果，康熙派遣老將圖海擔任撫遠大將軍，總領西北的將士，以圖恢復西北地區。圖海到達西北后，重新制定作戰計劃，不再與王輔臣逐城收復，而是直接派兵進攻其勢力中心平涼市。康熙帝十五年（公元1676年）五月，圖海率軍前往平涼與王輔臣的軍隊展開激戰，其中虎山墩成為關鍵之地。雙方派出大量兵力進行交戰，王輔臣使用了大量火器來阻止圖海的進攻。在這場戰斗中，張勇、王進寶等漢軍將領不僅與圖海作戰，還切斷了對平涼的救援，使王輔臣孤立無援，最終戰敗投降。王屏藩也因失去聲援逃亡漢中市，吳三桂西進受阻。
清廷平定閩浙、粵東
閩浙戰場
康熙十二年（公元1673年），耿精忠赴臺灣約鄭經一起叛亂。鄭經同意并親自率領軍隊在澎湖應約。在吳三桂起兵之后，耿精忠也開始積極響應。康熙十三年（1674年）三月，耿精忠以武力威脅總督范承謨從叛。他殺守備廖有功、知府王之義等，并自稱為“總統兵馬大將軍”，不僅控制了整個福建省，還占領了浙南和贛西地區。
他的部下也紛紛在各地駐兵，其中曾養性在黃巖區駐扎重兵，分兵占領了臺州市、溫州市和麗水市等地；馬九玉在浙江州的常山、江山和開化縣等縣部署了軍隊，對衢州形成威脅；白顯忠占領了江西省的廣信、南城縣、饒州和撫州等地；鄭經在海上活動，占領了漳州市、海澄縣（海龍）、同安區、紹安、泉州市以及建寧等處。同年八月，愛新覺羅·杰書和國山貝子傅喇塔率領八旗前鋒、護軍及駐守江寧等地的蒙古科爾沁區、土默特兵抵達浙江杭州。康熙帝針對耿精忠的拒降和進攻行為，提出了“鄭經宜用撫，耿精忠宜用剿或用間”的戰略方針，將耿精忠作為閩浙戰場打擊的重點。
康熙十三年（公元1674年）九月，耿精忠和鄭經之間發生沖突，吳三桂派遣周文驥前去調解。盡管雙方最后暫停了敵對行動，但彼此之間的矛盾不斷加深。九月七日，康熙帝指示康親王先剿滅浙省溫州、黃巖等地的賊寇，再進剿福建省。
十月，阿拉伯寶螺傅臘塔領導攻打溫州市，在南江、石塘等地連續擊敗敵軍，斬獲二萬余人，曾養性退守溫州中固。溫州因三面環水，守勢堅固，清軍難以迅速攻破。因此，愛新覺羅·杰書鎮守金華市，賚塔和李之芳與敵對壘于衢州市，傅喇塔圍困溫州數月未能攻下，浙江省戰場一度陷入僵持狀態。
十一月，杰書發動軍隊進攻金華。十二月初一日，耿精忠的部將徐尚朝等率領馬步兵三萬、土寇二萬攻打金華。杰書派巴雅爾統兵出擊，在積道山連續戰勝敵人，斬殺兩萬余人，首戰告捷。康熙帝十四年（公元1675年）一月，杰書又命馬哈達副都統在桃花嶺擊敗徐尚朝，攻克處州，隨后收復永康市、縉云縣、宣平縣等縣。貝子傅喇塔帶領奇兵攻破天臺、仙居，只等寧波舟師到達，就可以渡江攻取黃巖。但是舟師遲遲未到，康熙帝擔心兵員消耗和糧餉問題，催促他們進攻。于是傅喇塔繞過土木山，在茂平嶺背后突襲曾養性的軍隊，收復黃巖，曾養性趁夜逃往溫州市。
康熙十五年（公元1676年）七月，愛新覺羅·杰書率軍南下，進軍衢州市，與賚塔交戰。李之芳等人在大溪灘擊敗了馬九玉，奪取了江山和常山，隨后快速推進到仙霞關，三關既破，敵人失去了重要的防線，清軍得以順利進入閩南地區，白顯忠在江西省的作戰失敗，宣布投降。清廷收復建昌、饒州和上饒市等地。
同年八月，清軍占領了福建省的浦城縣，江寧區、延平區等府也在不久后陷落。耿精忠率部出城迎降，清軍再次取得勝利。此后至康熙帝十六年（公元1677年），清軍將鄭經逐出廈門市，恢復了漳州市、泉州市等府，劉進忠也降清，福建、浙江省和贛東地區平定。
粵東戰場
耿精忠叛亂之后，吳三桂也曾寫書信勸尚可喜一起叛亂，但是尚可喜對清廷毫無二心，拒絕參與叛亂。開始其長子尚之信還能協助清廷平定叛亂，但是隨著吳三桂的勸說加上對撤藩政策的不滿，最終于康熙十五年（公元1676年）二月發動兵變，炮擊清軍，并封鎖了其父尚可喜的府地，接管了平南王的權力。此時尚可喜重病纏身，聽聞兒子叛亂，掙扎著要投自盡，最終被人救下。但此時他已經難理朝政。
尚之信叛亂后，清廷的兩廣總督金光祖、巡撫佟養鉅，陳洪明也投降了吳三桂。清朝舒恕、額赫納等將軍從廣東省撤退到江西省的南安和贛州市，尚之孝多次戰敗，退守惠州。
康熙意識到廣東的變亂可能會威脅到江南和江西，加強了對廣東的防御。同年五月，在清朝鎮南將軍莽依圖的軍事進攻、吳三桂逼迫助餉出兵、鄭經強占廣東惠州及沿海等壓力下，尚之信開始有投清的想法。
同年十月，尚可喜去世。尚之信效仿耿精忠遣人資密疏至簡親王制布軍前乞降，最終歸順于清朝。康熙帝特地頒布赦免詔令，將尚之信和他的部下全部赦免，尚之信被封為平南王，其部下的舊日職務也被恢復。
湖南、江西、廣西戰局
江西戰場
江西地處福建省、廣東省、湖南三省之間，是交通要道。康熙十三年(1674年），吳三桂和耿精忠第一次夾擊江西時，康熙皇帝全力保衛江西。他增兵并派遣漢族和滿族將領前往江西助戰。經過幾年的戰斗，清軍最終打破了叛軍的夾攻，恢復了廣信、建昌、饒州等地，并招撫了一些縣城官員。康熙十五年（1676年)，叛軍對江西進行了進攻。康熙帝調集兵力增援江西，并命令簡親王愛新覺羅·喇布率軍前往吉安縣救援。和碩安親王愛新覺羅·岳樂在二月乘勝攻下萍鄉市、醴陵市和瀏陽，并東進奪取了長沙市。吳三桂拼死反擊，除了四處調動軍隊增援固守之外，還指派高得捷和韓大任攻占了吉安，以切斷安親王的后路。
康熙十五年（公元1676年）三月，吳三桂與鄭經、耿精忠計劃進軍江西南部，以平定反清勢力。然而鄭經趁機占領了全閩，這讓耿精忠感到惱怒，他撤回江西的軍隊試圖再次發動戰爭。白顯忠在江西省得知清軍南下，聲稱將前往建陽阻斷愛新覺羅·杰書的后路。然而，他在江西戰局一敗涂地，建昌、饒州和上饒市都重新回到清朝的控制下，最終被浙江省督撫李之芳勸降。
廣西戰場
康熙十三年（公元1674年）孫延齡不顧妻子孔四貞的勸阻，起兵響應吳三桂的叛亂，自稱“安遠王”，廣西提督馬雄也隨之投降，廣西全省淪陷。
孫延齡叛變后，很快陷入內外交困之中。一是他與吳三桂本身就有矛盾，加上為人不善，和平西地區的官員關系緊張。三是士兵們覺得孫延齡貪婪好賄賂，軍餉不能按時發放，不愿服從他的命令。
康熙帝十五年（公元1676年），軍士們開始支持線國安的三位公子，孫延齡夫婦逃到了小民孫七家。當時孫延齡權力已經失去，聲望也大幅度下降，加上不滿對手馬雄的勢力強大，萌生反意。
康熙十五年（公元1676年）十二月康熙帝加緊了對廣西壯族自治區的招撫工作。此時原任慶陽市知府傅弘烈和其妻孔四貞也勸孫延齡歸順清朝，但中途被馬雄泄密，于第二年被吳世琮誘殺。吳世琮誘殺孫延齡后，立即縱兵攻略，意圖占領廣西鞏固后方，孔四貞率部與吳軍作戰。康熙十七年（公元1678年）孫延齡的部將劉彥明、徐洪鎮、徐上遠等人擒殺了吳軍桂林市守將李廷棟，與線國安的兒子線成仁率領桂林余部投降，孔四貞返回京城。至此吳三桂對廣西的控制開始動搖。
湖南戰場
隨著其他“二藩”漸漸降服，平叛的范圍逐漸集中到吳三桂的區域。吳三桂是叛亂的頭目，而州和岳州是他占據荊楚地區的咽喉，康熙帝覺得必須先攻占這兩個城市，殲滅吳三桂的部隊，才能讓其他叛亂勢力望風而逃。康熙派遣使臣前去荊州，提出三種作戰方案，分別是攻取岳州、渡江攻取澧州或由將軍尼雅漢前往江西攻取長沙市。然而由于陜西提督王輔臣的叛變，形勢緊張，清軍未能如期攻占澧州和岳州，但康熙皇帝仍命重兵加強攻勢，給吳三桂造成了諸多牽制，使其不能進一步擴張勢力。
康熙皇帝采取由正面進攻改為側翼襲擊的作戰方式。他認為岳州和澧州難以攻下是因為吳三桂據守于此并控制了長沙和衡州的糧食供應線，決定轉戰長沙。康熙十四年（公元1675年）正月，康熙指派安親王岳樂停止南進，統領大軍從袁州或吉安進攻湖廣，攻取長沙，切斷敵人的糧食供應線。
康熙帝十四年（公元1675年）夏，吳三桂在岳州和澧州的水口駐扎了七萬兵力，以阻擋來自江北荊州的清軍；還在長沙市、萍鄉市和醴陵市駐守七萬兵力，以抵御江西省和碩安親王愛新覺羅·岳樂的進攻；他還分派部分兵力駐守夷陵區東北的鎮荊山。同時他派遣王會、楊來嘉、洪福等人攻占谷城縣、鄖陽區、均州和南漳縣，意圖與興安、漢中市的叛軍合流。他賞賜王輔臣銀兩20萬，并命令蜀將王屏藩、吳之茂、譚弘等人出擊，由漢中出隴西縣支援，派遣云南土司總兵陸道清率領千人協助守衛平涼市。吳三桂親自前往松滋，在虎渡口上游布置船只，截斷荊襄清軍的咽喉。
為了確保安親王的后路安全，康熙派遣親王愛新覺羅·喇布和內大臣希爾根等人鎮守江西省，并下令荊岳諸將配合安親王夾擊湖南省。
康熙帝十五年（公元1676年）二月，和碩安親王從袁州區出發進行奇襲，一舉攻下醴陵市和萍鄉市，斬殺敵人萬余人，敵軍將領夏國相逃走，清軍逼近長沙市。此時王輔臣被困平涼，陜西省局勢漸趨穩定。吳三桂既未能在西北取得成功，又聽聞長沙根據地形勢危急，便從松滋回軍，親自指揮援助長沙。他駐扎重兵在隔江的岳麓山，命令胡國柱守城，馬寶、王緒守城外，修建堡壘，布置鐵蒺藜，列陣象形，以抵御敵人。他還調動宜昌市、南漳縣等地諸將支援，全力死守長沙。康熙早有所料，他下令荊岳諸將、王輔臣等人加強偵查，趁機進攻。三月，康熙帝命令尚善攻擊岳州，切斷敵人的補給線。愛新覺羅·勒爾錦、察尼等人擊敗了彝陵的賊眾，尚善派遣船隊進入洞庭湖，奪取君山。此時只要官兵迅速行動，澧縣、常德市和湘陰縣都會立刻解放，可以夾擊長沙市。然而各軍卻拖延不進，林淚又遭到失敗，勒爾錦被迫撤退回荊州。清軍沒有完成攻取湖南省的計劃，但打破了湖南戰場僵持的局面，由防守轉為進攻。
吳三桂為了擺脫長沙的困境，派遣了勇將高得捷出擊醴陵市、萍鄉市，攻占吉安市并切斷了和碩安親王的后路。他還命令孫延齡和馬雄分路進攻江西袁州等地，以分散清軍的兵力。耿精忠也配合行動，趁機入侵了江西省東部。康熙帝急派岳州等地的清軍援助江西，命令簡親王愛新覺羅·喇布統領軍隊剿滅江西等地的叛軍，恢復吉安同時發檄文，要求滿洲驍將穆占趕往湖廣，從荊州市、岳州進軍長沙市支援安親王部隊。
康熙十六年（公元1677年）初，清軍已經形成了對湖南省、四川省和云貴高原的合圍之勢。吳三桂堅守長沙，安親王圍城一年多都未能攻克。康熙帝命令尚善采用水陸夾攻的戰略進攻岳州，命愛新覺羅·勒爾錦率軍臨江阻敵，同時派遣圖海整飭陜西省滿漢官兵守衛漢中市要道，并發布檄文聲稱進兵“以分敵勢”，等待時機展開攻勢。穆占也在奉命趕往長沙支援。和碩安親王的軍隊布陣在長沙東南的官山后，吳三桂的軍隊則布陣在長沙西南與岳麓山連營，兩軍相隔數十里，戰爭一觸即發。
初一日，雙方展開激戰。安親王出動了19支隊伍，從城北的鐵佛寺后布陣延伸至城市的西南方向，長達數十里。吳三桂看到后也出動了19支隊伍應戰。吳將王緒沖入敵軍陣營全勝返回。但是吳三桂的侄子吳應貴和女婿夏國相卻卻遭遇穆占軍，以失敗告終。在交戰中，吳應貴中箭落馬，被夏國相救出撤離。穆占率軍逼近長沙市城池，叛軍排列鳥銃出陣迎擊，清軍前鋒擊敗了吳三桂軍，直抵城下。然而就在這時，和碩安親王軍隊混亂，打亂了穆占攻城的計劃。官山之戰讓吳三桂徹底喪失了信心，轉而堅守城池。
康熙十六年（公元1677年）四月，吳三桂在湖南省三面被圍的情況下，退居湘原，計劃進攻兩廣牽制清廷。
六月，康熙帝命令將軍莽依圖等守衛廣東省，并命傅弘烈作為廣西巡撫平定廣西，命令穆占會簡親王攻取衡州府、永興等地，斷絕侵犯兩廣的賊軍后路，十一月，又命安親王攻占湘潭市等地，吳三桂聽聞消息后再次退守衡州。
康熙十七年（公元1678年），內外交困的吳三桂在部將的擁戴下決定登基稱帝以鼓舞士氣。當年三月十一日，吳三桂在衡州府（今湖南省衡陽市）舉行登基儀式，國號吳周，改元昭武，改衡州府為定天府。
吳三桂稱帝后，部將韓大任投降福建安親王，愛新覺羅·岳樂恢復了瀏陽、平江縣，并招降了吳軍水師將軍林興珠于湘潭。隨后，將軍穆占連續攻下了永興縣、茶陵縣、攸縣、安仁縣、興寧市、郴州市、宜章縣、臨武縣、藍山縣、嘉禾縣、桂陽縣、桂東縣等地，將叛軍逼至衡州。康熙帝十七年（公元1678年）閏三月，吳三桂見清軍逼近，派馬寶、胡國柱等人率軍三面圍攻永興。永興城的將領伯宜里布、護軍統領哈克在三次戰斗中戰死，護軍統領碩岱放棄了城內的防守。永興陷入了危急之中。康熙分析認為，永興失利的原因在于兵勢太過分散，于是命令穆占和簡親王集中兵力破敵首要。穆占率領部隊迅速擊退了敵軍，安南將軍也在一個月后達到永興，加入戰斗。七月，康熙命令和碩額駙華善鎮守永興縣，韶關市總兵尚之瑛率領兩千士兵前往郴州市，前鋒統領碩岱等人留在永興前線。最終經過二十多天的日夜戰斗，吳軍解除了對永興的包圍。
四川、貴州、云南戰局
四川戰局
康熙帝十七年（公元1678年）二月，圖海決定進攻漢中市和興安，在確定派兵出征時，圖海親自率領王輔臣、陜西省總督哈占以及一萬三千余人，統帥軍隊前進，固守關中。在西安市、漢中等地得到有效控制之后，圖海又率領王輔臣等人前往鳳翔區防守，阻止四川叛軍進攻渭河平原的企圖。
康熙十八年（公元1679年）初，康熙帝計劃通過岳州來恢復對四川地區的控制。寧夏回族自治區提督趙良棟建議進攻漢中和興安盟，康熙帝同意并命令圖海等人計劃。然而圖海等將領聲稱道路被封鎖，拒絕出兵。最終康熙帝依賴綠營官兵平定四川省。同年十月，康熙帝采取行動，派遣內閣學士佛禧和郎中倭黑前往陜西省，同時傳諭將軍張勇、王進寶，以及提督趙良棟、孫思克，指示他們平定漢中市和興安地區。
11月，王進寶和趙良棟在大安驛匯合，準備出發。康熙帝命令趙良棟和王進寶分成兩路，共同進軍四川。他還指示圖海前往漢中，為進蜀的軍隊提供糧食支援。將軍鄂克濟哈被派遣率領漢中的滿洲兵前往四川，與吳丹的官兵合并，并分散指揮，確保糧食源源不斷地運送給前線軍隊。
12月26日，兩路大軍同時從大安驛出發。王進寶先后奪回了朝天關和廣元，然后將軍隊分成三路，迅速前進至保寧。康熙帝十九年（公元1680年）正月，王進寶在錦屏山外戰勝兩萬敵軍，奪取了關鍵的橋梁，推進至保寧。叛軍領袖王屏藩由于前期兵敗最終自縊而死。清軍成功俘獲了叛軍的重要將領，如吳之茂、張起龍、郭天春等，擊潰了吳軍四川主力，收復了保寧和順慶。趙良棟也跨越白水江，奪回了龍安和成都，許多叛軍隨之歸順。與此同時，圖海成功收復興安，佛尼勒將軍收復永寧和馬湖，湖廣提督徐治都收復州和重慶，自此四川全部收復。
貴州戰局
康熙十七年（公元1678年）8月，吳三桂得了重病，他自知命不久矣，速命其孫吳世璠來衡州托付后事。但是因為路途遙遠，吳世沒有見到吳三桂最后一面。他沒有順應眾將意愿去衡陽市督戰，而是選擇在第二年于貴陽即位。吳世璠即位后改元“洪化”，并護送吳三桂的靈柩回云南省安葬。
當時吳世璠只有十四歲，只能由國丈郭壯圖決策，但郭壯圖濫用權力，獨斷專行，引起眾多不滿。
康熙十九年（公元1680年），清軍進入四川省，貴州省岌岌可危。郭壯圖帶著吳三桂之子吳應期前往貴陽振興政權。當時一些主要將領如胡國柱、夏國相、馬寶、王緒等人退守貴陽，等待進一步命令。但是他們內部矛盾重重，各人都有自己的野心和計劃。來度、郭昌、王懷明、曹申吉以及潘起先等人密謀反叛，派人致信給清軍圖海，表示愿意內應。吳應麒則自封為“楚王”，計劃奪取皇位。
八月，吳將胡國柱和王會奉命前往黔地，統率軍隊，發動突襲，占領瀘州市。九月，他們又奪取了永寧和敘州區。與此同時，在譚弘、彭時亨等人的煽動下，一些地方爆發了民變。盡管如此，吳軍的反擊并沒有阻止清軍進占云貴高原，吳世璠的政權岌岌可危。
康熙十九年（公元1680年）十月，清軍自湖南省大舉進攻，占領了貴陽。吳世璠等人只能逃往云南省。當時，政權內部已經分崩離析，郭壯圖派人殺害了吳應期，胡國柱攻占了宜賓市，吳將王之鼎選擇投清，使得王懷明、曹申吉等人的叛亂計劃失敗。吳軍內部動蕩，士氣奔潰，局勢難以逆轉。
云南戰局
康熙十八年（公元1679年）末，湖南、廣西、四川省的戰局已經基本穩定，康熙帝決定進軍云貴地區。
康熙十九年（公元1680年）的二月一日，康熙帝將原本分為兩路的清軍合并為一路，命令王進寶、總督楊茂勛、提督王之鼎等人守衛四川各地，同時派遣將軍吳丹、鄂克濟哈等人領馬兵前往云貴高原地區，與新任云貴總督趙良棟一同進攻，形成了西路的四川大軍。
二月初七日，康熙帝進一步指示政府官員，要求湖南省、廣西壯族自治區和四川的軍隊同時前進，直接攻打云南省。廣西一路由馬承蔭率領，受到叛軍反抗的阻礙。吳將何繼祖和王弘勛利用機會分別進攻了廣西，而將軍莽依圖等不得不全力平定馬承蔭的叛亂，最終廣西的叛亂在五月平定。九月，康熙帝意識到云南進軍的機會已經成熟。康熙二十年（公元1681年）正月，賚塔率領廣西大軍自南寧市啟程，通過田州、凌云縣和西隆州，打敗吳將何繼祖，最終奪取安龍府所。二月初二日清軍再次戰勝何繼祖，生擒了叛軍將軍詹養、王有功等一千多人，前進深入云南。于二月中旬與湖廣大軍匯合，繼續西進，抵達昆明市。
同年，清軍對昆明進行圍城，吳世璠領導的叛軍決定堅守城池，經過整日的戰斗，清軍成功擊敗吳軍，生擒了將軍胡國柄、劉起龍等九名將領，還掘壕圍困昆明城。吳世璠被迫將各位將領的家眷轉移到五華山宮城內，誓言寧死不降。他試圖調動蜀地的將領馬寶、胡國柱、夏國相等，還請求西藏自治區的達賴喇嘛提供援軍。
康熙帝帝下令清軍加強政治攻勢，切斷昆明城附近的外援。從四月開始，臨安、永順、姚安、大理、丹鳳山莊的五華山宮城等紛紛向清軍投降。
六月，胡國柱等人從四川省返回云南省，但他無法逃脫清軍的追擊，最終選擇自縊。王緒和李匡也自焚而死，馬寶則逃往楚雄。
十月初八日，清軍開始攻城，賚塔攻占銀錠山，蔡毓榮奪取了重要的關口和太平橋，穆占、趙良棟和王繼文攻占了玉皇閣。二十二日，吳軍將領余從龍、吳成出城降清，清軍得以了解城內情況，采取接近城池并多次包圍的策略將占勝橋，大東門，草海，華浦等地攻占。吳軍內部糧食已經用盡，甚至開始“人吃人”的行為，清軍趁勢入城捉拿吳軍首領吳世璠和郭壯圖。
叛亂結束
康熙二十年（公元1681年）十月二十八日，吳世璠聽說清軍要來捉拿他和郭壯圖，選擇自殺。郭壯圖和他的兒子郭宗汾也選擇自刎。第二天，線域等將領率眾出城投降清軍，清軍擒獲了方光琛及其親屬，并對方光琛實施了嚴厲的懲罰。吳軍的官兵也有六千余人歸降。至此，云南省終于平定，歷時八年的三藩之亂宣告結束。
事件結果
吳三桂死后，局面基本被清廷控制，康熙隨即開始處置三藩殘余勢力。尚之信投降清朝后，多次不聽從詔令，于康熙十九年（公元1680年）八月被處死。其父尚可喜因不肯從逆被大加表彰。
耿精忠被剝奪兵權，革去王爵，最終凌盡處死；其子耿顯被革去散秩大臣職位，即刻處斬；其他同黨徐文耀、王世瑜、白顯忠、江元勛、曾養性、王振邦、蔣得鞍、劉進忠都被凌遲處死；黃國瑞、祖弘勛等十五人則被處斬；陳夢雷、田起蛟、金鏡急、李學詩四人從寬免死，剝奪自由成為奴隸。其中耿精忠和劉進忠的首級都進行了示眾。
吳三桂當時已死，康熙命將他的骸骨分發各省并公告天下；吳世璠自殺后首級被砍下示眾；馬寶、夏國相、李本深、王永清、江義等協助叛亂者被凌遲處死；高起隆、張國柱、巴養元、鄭旺、李繼業等被迫投降者斬首示眾，他們的妻子、女兒和財產都被收入官服。
因尚可喜尚可喜在三藩之亂中有功，康熙對其子尚之信及其家人采取寬大政策，妻子舒氏和胡氏被寬免死，并被免去籍沒。尚之孝、尚之璋、尚之隆等家人也受到寬待，被免除了職務和責罰。尚之信本人被寬大處死。其他涉及叛亂的逆黨如尚之節、李天植等則依法受到懲罰。
康熙為了防止藩王勢力再起，對其部眾編制重新進行了整頓，除吳三桂部調往邊區服役外，其余各部重新編入八旗。另派八旗兵駐守福州市、廣州市、荊州等地，廣西壯族自治區、云南省派綠營兵鎮守，徹底消除了藩鎮制。另外沒收三藩屬下財產充當軍餉，并任命中央地方官前往整頓弊政，解決了各地藩王統治地區與中央政令不一、積弊太多的問題。至此削藩目的基本達到。
事件后續
撤平南藩屬建制
康熙帝根據議政王大臣余國柱的建議，將尚之信手下的官兵分別歸入三旗，駐扎在廣東省，并設立將軍和副都統來管理。康熙皇帝同意將兩個總兵標下的官兵留在廣東，由新設的將軍等來管轄，而另一個總兵標下的官兵則需要進行裁減。通過這些步驟，平南藩屬的撤遷工作得以完全完成。
撤靖南藩屬建制
康熙十九年（公元1680年）末，康熙帝命令耿聚忠前往福州安撫藩屬，并將耿精忠的家屬一并遷移歸旗。康熙二十年（公元1681年）九月，根據耿昭忠等人的請求，耿氏家口按照漢軍例編為五佐領，并被賦予軍職，由在京佐領進行管理。每個佐領下設有驍騎校、小撥什庫和馬甲等兵員。此外，出于耿家屬身份不宜分清的考慮，他們也被歸入正黃旗下的漢軍之中。十月，云南省平定后，詔令撤除耿精忠藩的官職在浙閩地區的官員返回京城。因此藩下官員大多被革去職務，原品隨旗上朝，世職不得繼承。然而對于那些表現出可用之才的人，在旗下有職位空缺時可以酌情補充使用。馬九玉是唯一一個在耿精忠叛亂時哭泣勸說后重新歸正，并在歸正后忠心耿耿的官員。通過這些步驟，靖南藩屬的撤遷工作得以完成。
撤平西藩屬建制
康熙二十一年（公元1682年）四月，詔令吳三桂的親屬、家眷，以及他的將軍、總兵、副將等高級軍官隨清軍分六路前往京城，而參將、游擊等低級官員則被分派到河南省、山東省、湖廣和江西省等四個省份安置。通過這些步驟，平西藩屬的撤遷工作得以完成。
叛亂失敗原因
叛亂缺乏群眾基礎
歷史學者白壽彝認為吳三桂等叛亂失敗的原因與缺乏群眾基礎有關，如吳三桂為應付龐大的軍需，加劇了盤剝百姓的現象。吳三桂在四川省等省加重了土地稅收，每畝田地征收的稅金高達五六錢，造成了民怨四起。耿精忠在戰爭期間也采取了橫征暴斂的方式，導致民眾生計困難，怨聲載道。這種苛政對州縣的影響尤為明顯，造成了局勢的動蕩和不穩定。
《論康熙時期的三藩之亂》的作者王光宇認為三藩勢力被消滅的根本原因，是三藩勢力對人民進行殘酷地剝削和壓迫，因而遭到廣大勞動群眾反抗斗爭的結果。
雙方軍事戰略差異
歷史學者白壽彝認為吳三桂作戰時錯誤判斷形勢，既不北上攻打京城，也不順江東下奪取江南財富重地，而是等待康熙與之妥協，劃江而治，在叛亂初期采取了保守的軍事策略。當一些將領建議采取更積極的行動，如迅速渡江北上、直下金陵或出兵巴蜀等方案時，吳三桂固執己見，導致錯失了多次進攻和擴張機會。
學者翟金明認為康熙在平定三藩叛亂中展現出了優秀的軍事才能。他派遣前鋒碩岱率領禁旅鎮守荊州市，把握了荊州對于兩湖地區的重要性。康熙還分別命令都統、副都統駐守關鍵要地，大將軍和鎮守軍隊固守各省重點地區，建立起有效的防御戰線。在三藩之亂中，康熙進行了多次具體且細致的軍事部署，充分表明了康熙對于戰局的全面把握和決策能力。
吳軍軍紀腐敗
《清史稿》卷487提到軍紀腐敗是吳三桂叛亂失敗的重要原因之一。他的親信胡國海在軍隊中肆意浪費，不顧軍需，將大量資源用于奢侈品和娛樂活動。吳三桂本人也以奢靡生活為樂，日夜沉溺于聲色之中，對軍事大事漠不關心。學者蘇和平在《試論清初三藩的性質及其叛亂失敗的原因》中提到這種領導層的腐敗態度傳導給了下屬將領和士兵，導致了軍紀的崩潰。
三藩內部矛盾
《明季史匯編 4》中提到在三藩集團內部，也存在著明顯的分歧和矛盾。耿、尚二藩并沒有真正合作，他們更關心保持自己的實力，對吳三桂的命令持消極態度，甚至出現了不按吳三桂的命令行動的情況。
《清史稿》卷474提到三藩對于臺灣的鄭氏勢力并沒有充分利用，還在內部矛盾加劇時，讓鄭氏趁機占領了福建省的一部分領土，給清軍提供了進攻的機會。
事件影響
政治
加強中央集權
三藩擁有強大的武裝力量，其領導人員多年來都以各自的勢力范圍為基礎進行征戰，與中央政權的集權和統一產生了沖突。平叛戰爭結束后，清廷沒收藩產入官充當軍餉，不僅消除了割據勢力，穩定了皇朝統治，還基本肅清了南明及清代反動勢力，維護了國家的統一和政權穩定，對開啟“康乾盛世”有一定作用。
消彌滿漢隔閡
在清廷平定三藩之亂的過程中，康熙意識到漢族將士在平叛過程中的重要作用，并利用這個機會采取一些措施消除滿漢之間的隔閡。康熙十七年（公元1678年）康熙帝召開了名為“博學鴻詞”的科舉考試，共有一百四十三人入選，其中包括朱彝尊、湯斌、毛奇齡等后來成為知名文臣的五十位優秀士人。康熙十八年（公元1679年）康熙重開《明史》館，任命學士徐元文、葉方藹、庶子張玉書為總裁，同時許多普通出身的人如李因篤、馮勖、朱彝尊、潘末、嚴繩孫等也參與其中。這些舉措旨在促進文化交流，增進漢族與滿族之間的理解和融合。
在此期間，清廷也大力提拔漢人官吏，整頓吏治，在康熙時期，涌現出了一批廉政官員。康熙帝還親自祭祀明太祖陵和孔子廟，以此向天下表明清廷對于漢文化的尊崇與繼承，緩解了漢人對于清朝的敵意。
經濟
三藩之亂給國家財政帶來沉重負擔。以順治十七年（公元1660年）為例，云南省一省每年需要九百多萬兩白銀作為俸餉，再加上福建省、廣東省兩省的資金，總共達到兩千多萬兩。
三藩之亂平定后康熙宣布廢除三藩所施行的各種虐政，將三藩私自征收的賦稅一概禁免，取消三藩掠奪地方的一切政令。將三藩奪占的良田、店舍，鹽鐵重利等還之于民，使得東南沿海和中國西南地區經濟殘破的局面趨于好轉。
康熙二十年（公元1681年），康熙制定了一些政策來減輕民眾負擔。如解除海禁、停止圈地、減免賦稅、放寬逃人法等。同時康熙還恢復百官俸祿，賞、恩恤官兵，大赦天下，對收撫民心，經濟發展有積極作用。
軍事
三藩之亂后，清廷在邊疆和重鎮增設了八旗和綠營的駐防軍隊，加強了對這些關鍵地區的掌控。特別是在荊州市、江寧和西安市等重鎮，清廷派駐了大量兵力，使這些地區成為重要的戰略據點。在云南省清廷增設了綠營兵力，加強了對云南的控制。
平定三藩之亂后，清廷對一些叛亂悍將的部隊進行了分散處理，藩屬被歸入旗下，藩兵制度廢除。實現了軍隊的一體化。加強對全國的統治和對軍隊的控制。
事件爭議
事件性質
學者王光宇在《論康熙時期的三藩之亂》中提到清朝的三藩之亂，從階級分析的角度看，是封建統治階級內部的權力斗爭，以吳三桂為首的清朝最大的封建軍閥和官僚地主武裝試圖維護和擴張其封建割據勢力。這內部斗爭涉及封建統治內部不同派別的權力爭奪。然而這場斗爭還涉及多個因素，包括中央集權與地方割據的對抗、民眾的反感和抵抗，以及地方割據勢力對人民的殘酷統治。
叛亂命名問題
對于三藩之亂的命名問題，學術界一直有爭論展開，其中學者李生占在《議“三藩之亂”》中提到應該是“二藩之亂”，根據史料記載尚可喜只是佯裝叛亂，其實并沒有參加叛亂活動，而且他曾經十二次請求解甲歸田，說明并沒有叛亂之心。后期還忠于朝廷，幫忙平叛。至于兒子尚之信在出兵問題的猶豫上，純屬形式所逼，他佯裝歸順吳三桂之后沒有殺清兵一兵一卒，應該是沒有二心的。
學者羅進在《三藩之亂新論》中提到三藩之亂名不符實，只有吳三桂、耿精忠先后叛亂，尚可喜按兵不動，而對于尚之信參與二藩之亂的行為，是并沒有得到尚可喜的允許的，名不正言不順，不能構成三藩叛亂。
叛亂爆發原因
學者李生占在《芻議“三藩之亂”》中提到有人認為“三藩之亂”的原因是滿族統治者利用漢人治理漢人的政策所造成的。吳、耿等人是明朝時期的降清將領，后金統治者利用他們平定了李自成的農民起義軍和南明的小朝廷政權。隨著這些人的功高勢大，清朝統治者開始擔心他們的勢力和忠誠度，希望將他們變成聽命于皇帝的“綿羊”。然而其他方法無法實現這一目標，于是采取了撤藩的辦法來削弱各藩王的勢力。但是學者李生占認為尚可喜等藩王在加速統一、防止長期分裂發揮了積極作用。清統治者應當適當限制和調整這些藩王的權力，而不是在清朝政權穩定、國力強大后，過河拆橋，急于撤藩。從而導致三藩之亂的爆發。
學者羅進在《三藩之亂新論》中提到“三藩之亂”的原因主要應該由康熙來承擔，在對處理三藩的問題上過于激進，缺乏人文關懷，使得人心失衡，以致戰亂橫生，是重大的決策失誤。
歷史評價
歷史學家白壽彝在其著作的《中國通史》中表示：三藩之亂前后為害八年，殃及中國大半疆域，給人民帶來戰爭災難，清王朝平定“三藩”之亂，維護了中國的統一，是順應中國多民族國家走向統一的歷史趨勢的。
《論康熙時期的三藩之亂》的作者王光宇表示：清朝在康熙時期平定了三藩的叛亂，不僅消滅了從明末以來所形成的封建軍閥割據勢力，而且加強了中央集權和鞏固了多民族國家的統一。這種反對分裂割據與維護國家統一的戰爭，是符合廣大人民利益的，是順應時代發展要求的，因而對社會歷史的發展起著積極作用。
《清代三藩研究》的作者劉鳳云認為：清代統治者從三藩之亂中吸取了經驗教訓，從而開創了康乾盛世。沒有平定三藩的勝利，清王朝也無法最終完成國家統一。
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重要人物
參考資料 >
朱由榔.故宮博物院.2023-10-21
平定三藩.故宮博物院.2023-10-10
吳三桂.中國大百科全書.2025-09-11
清初三藩之亂探析.愛庫網.2023-10-21
三藩史略.豆瓣讀書.2023-08-06
三藩之亂.豆瓣讀書.2023-08-06