牡丹社事件是指1874年日本對中國臺灣武裝入侵的歷史事件。
1871年，琉球王國船民在臺灣南部恒春鎮地區遇難，其中部分人員被當地原住民殺害。日本借此事件，于1872年強行將琉球改制為藩屬，并聘美國前駐廈門市領事李仙得為顧問，秘密策劃侵臺。1873年，日本派副島種臣來華互換條約，套取清廷對于臺灣、朝鮮的態度。1874年，日本政府設立“臺灣蕃地事務局”，任命西鄉從道為臺灣蕃地事務都督，于5月率兵在臺灣瑯嶠登陸，進攻牡丹鄉等部落，并在龜山等地建立營房，意圖久踞。清政府獲悉后，任命沈葆楨為欽差大臣，率軍赴臺布防，同時調遣淮軍精銳增援，在軍事上形成對峙。外交方面，日本先后派遣柳原前光、大久保利通來華談判，雙方就臺灣“番地”主權及賠償問題激烈爭執，談判一度陷入僵局。最終在英國公使威妥瑪調停下，中日雙方于1874年10月31日簽訂《中日臺灣事件專條》，中國以撫恤及補貼日本修路建房等名目支付白銀50萬兩。同年12月20日，日軍全部撤離臺灣，事件告終。
事件背景
明太祖統一中國后，從洪武初年起便派遣使者招撫琉球，琉球中山王察度隨即歸順中國。永樂二年，他的兒子武寧繼承王位，接受明成祖的冊封。此后，琉球一直奉行明朝歷法，學習明朝制度，并每兩年向明朝進貢一次。每當新王即位，琉球都會請求冊封，而中國也必定派遣使者前往冊封，雙方形成了穩定的宗藩關系。到了清代，除了延續明朝的慣例之外，還在福州設立了琉球館，作為琉球貢使的住所。
同治十年，琉球宮古島太平山和八重山島的島民分別乘坐兩艘船，裝載當地特產，前往中山府進貢。事情結束后，他們于十月二十九日從中山府啟程返回，卻在十一月初一晚上突然遭遇颶風，船帆和桅桿折斷，船只隨風漂流。其中，太平山的一艘船順利返回故鄉，八重山的一艘船下落不明，另一艘八重山的船則在十一月十二日漂到臺灣外海的一座小島，被當地民眾救起。船上的頭目松火著、夷官馬依德以及隨從、舵手、水手等共44人上岸，經打狗港的李成忠用船接回，送往鳳山縣衙門，再轉送至臺灣府。后來同船又有兩人獲救，也被送到臺灣府，由官府提供衣食和銀錢。其中一名叫木森宣忠的因病去世，臺灣府為其準備了棺木安葬。
另一艘太平山的船在十一月六日漂到臺灣東南岸的八瑤灣，觸礁破損。船上共69人，其中3人溺水身亡，其余66人游泳上岸。他們為尋找人家而在附近徘徊，正好遇見當地兩人，被告知如果往西走會遇到“大耳人”，可能被害，于是那兩人帶他們向南走。因為天色已晚，且離人家還很遠，那兩人便指了路旁的巖洞讓他們暫住。琉球王國漂民沒有聽從，反而懷疑這兩人是盜賊，覺得讓他們向南走可能有詐，于是告別兩人，自行轉向西行，深夜時在路旁的小山休息。七日，他們繼續趕路，忽然看見南山旁有十五六戶人家，住著男女居民，其中有人耳朵粗大下垂至肩，這里就是高士佛社。社民用小貝殼盛飯給66人吃，當晚他們便住在這個社里。半夜，有一人左手持火把，右手拿刀，推門進來，剝走兩人的內衣后離開。八日早晨，該社的五六個男子各自帶著小槍，來告訴琉球漂民說他們要去打獵，讓漂民等他們回來。漂民見這些人行為怪異，心生恐懼，便兩三人一伙分散逃出。在離社大約一里處會合，并在小溪旁暫時休息。此時看到有七八個男女跟蹤追來，大家又涉水逃跑。看見路旁有五六戶人家，其中有一位叫劉天保（字老仙）的老翁，是廣東省籍，在此地與土著居民進行貿易。琉球王國漂民便上前求救。劉天保一面帶他們進屋，一面與追來的社民交涉。不料追來的人越聚越多，將漂民團團圍住，拔刀呼喊，剝取漂民的衣服飾品，并分批將漂民帶出門外。突然，一個人裸身跑回來，說其他人都被殺了！漂民們聽后非常驚恐，四處逃散，其中仲本、島袋等9人躲藏在劉天保家中，幸免于難。九日，劉天保的女婿來告知這里非常危險，不能久留，于是帶著這9人前往自己家。他的父親楊友旺是保力莊的莊主，便帶著兒子阿告、阿和以及劉天保進入石門，來到雙溪口漂民遇害的地方，看到許多無頭尸體，得知是牡丹社人所殺。這時又有兩名漂民從樹林中拼命跑出來求救。當時牡丹社的人追來還想加害，劉天保、楊友旺等人盡力勸解，并用番銀以及酒、牛、豬、布等物品作為交換，救下了這兩人。加上之前幸存的9人，一共救出11人。后來聽說還有一人被高士佛社的人擄走未死，楊氏兄弟等人又前往該社，用酒食等物品將其贖回。他們還用酒、肉、布等換回了被害者的頭顱，將頭顱與尸體合葬在雙溪口邊。為了救出這些琉球王國漂民，楊友旺等人共支付給社民番銀四十多元、酒十甕、水牛一頭、豬數頭、布十多匹。
獲救的琉球漂民在楊家居留了四十多天，十二月二十二日由楊氏兄弟等人護送離開保力莊，于二十六日抵達鳳山縣衙署，得到官方的接待，每人獲發一件棉衣。二十九日，又由衙役護送至臺灣府城，與先前獲救的八重山漂民會合。漂民中署名為張謝敦、充得秀的兩人還向臺灣地方官員遞交了陳情書，報告海難、遇害及獲救的經過，請求安排船只送他們到福建省的琉球館，以便早日回國。
同治十一年正月十日，這兩批獲救的琉球王國漂民由官役護送，乘輪船離開臺灣，十六日抵達福州市，入住琉球驛館，得到妥善照顧。福州將軍兼署理閩浙總督費莫·文煜、福建巡撫王凱泰將事件經過詳細上奏朝廷，奏折中說：“查琉球國世代作為外藩，十分恭順。這些琉球人在海上遭風遇難，還有同伴被生番殺害多人，情況可憐。應從安排入住驛館之日起，每人每日發給米一升、鹽菜銀六厘。回國之日另發給一個月口糧，照例加賞物品，折價發放，從存公銀內支取，一并造冊報銷。難民的船只已傾覆破碎無存，待有琉球王國便船時，即令他們搭乘回國。至于牡丹社生番見人就殺，仍處于化外狀態，現命令臺灣鎮、道、府認真查辦，以懲戒強暴、顯示朝廷懷柔遠人之意。”
當年六月初二日，獲救的琉球船民趁順信風搭船從福州市起航回國，于六月七日抵達那霸市。
事件經過
日本侵略臺灣的策劃與準備
琉球雖然在明朝永樂年間就與中國建立了封貢關系，但到萬歷三十七年（1609年），日本薩摩藩主島津久義發動“慶長之役”，入侵琉球，俘虜其國王尚寧王，并開始干涉琉球財政，規定琉球世子年滿十五歲必須前往鹿兒島縣游歷，同時從琉球與中國的朝貢貿易中獲取利益。因此，琉球王國與日本的關系雖不如中國長久深厚，但也長期受到日本的影響和控制，形成一種“兩屬”的局面。明治維新后，日本推行“版籍奉還”與“廢藩置縣”，將琉球劃歸鹿兒島縣管轄，并派遣日本官吏進行管理。
同治十一年（1872年）七月，琉球船民在臺灣遇害的消息傳到日本。鹿兒島縣參事大山綱良于當月二十八日向日本政府提交意見書，主張應向臺灣“興問罪之師”，“直搗其巢穴，殲滅首領，上則揚國威于海外，下則慰藉遇難島民之冤魂”。當地原薩摩藩出身的武士、熊本鎮臺鹿兒島縣分營營長樺山資紀得知消息后，也立即趕往東京，向參議西鄉隆盛、其弟陸軍省少輔西鄉從道以及副島種臣等人游說，建議出兵臺灣。
早在1850年代末第二次鴉片戰爭期間，英法聯軍侵略中國之時，鹿兒島市藩主島津齊彬就曾企圖趁亂謀利，提出占據福州市和臺灣的主張。他表示，法國已在中國得逞，可能轉而東進，日本應先發制人。他認為，從當前形勢看，應出兵奪取清朝一省，在東亞大陸建立根基，對內增強日本勢力，對外向世界彰顯武力，這樣即使英法強橫，或許也不敢干涉。在清朝沿海各地中，對日本國防最重要的是福州，若取而代之，對國防極為有利。他還強調，早日取得福州、臺灣及朝鮮，以強化日本國防，是當前要務。
此外，思想家吉田松陰在其著作《幽囚錄》中論述保衛日本之策時，也明確提出對外擴張的目標，主張在整備軍力后，應開拓蝦夷共和國（北海道），趁機奪取堪察加邊疆區、鄂霍次克；令琉球王國朝覲進貢，視同國內諸侯；責令朝鮮像古代那樣納質奉貢。并計劃向北割取滿洲之地，向南收取臺灣、呂宋諸島，逐步展現進取之勢。因此，琉球船民在臺灣遇害的事件，對日本來說無疑是一個很好的借口。外務卿副島種臣贊同派出“問罪之師”，出兵臺灣。日本政府隨即開始為此進行一系列策劃和準備。
實施“琉球處分”方案，為出兵臺灣制造借口
近代以來，琉球雖然為鹿兒島縣所控制，但仍與中國保持宗藩關系。為了切斷中琉宗藩關系，副島種臣擬定了“處理琉球王國之三條”，實行吞并琉球的計劃。同治十一年八月十二日（1872年9月14日），日本天皇利用琉球伊江王子尚健赴東京晉見并呈遞奏文和貢品的機會，冊封琉球國王尚泰為日本的藩王，并將其列入華族。琉球王被剝奪王號，降格為與日本舊藩主同等的華族身份，這是日本實施“琉球處分”的第一步。
副島種臣又繼續提出“對琉球藩王具體五條”，包括賞賜尚泰三萬日元、貴族衣冠、東京宅邸等。接著在琉球設立外務省那霸分部，派遣四名外交官常駐，代辦一切外交事宜。同時照會各國公使，聲稱琉球王國已歸日本，并將琉球與美國、法國、荷蘭所訂的條約改為日美、日法、日荷條約。這既是日本吞并琉球的開端，也是其以保護本國人民為借口出兵臺灣計劃的第一步。
高薪延聘李仙得作為侵臺幫手
日本雖決定出兵，卻苦于對臺灣情況了解有限。外務卿副島種臣得知美國海軍曾與臺灣原住民作戰，便向美國駐日公使德朗查詢經過，并商借美國海軍擁有的臺灣內山及港灣地圖。
當時，美國駐廈門市領事李仙得因與美國駐華公使鏤斐迪意見不合，請假回國，途經日本。他攜帶有完整的臺灣地圖、照片及多種相關資料。德朗正為無法滿足日本人的要求而苦惱，聞訊后非常興奮。李仙得透露，他呂振羽原住民頭目訂有救護遇難美商船員的協定，對方一直守約，同時中美之間關于臺灣的談判尚無結果。他表示，如果日本采取行動，也可以從原住民方面取得類似保證。德朗認為李仙得愿意協助，正好借此為日本政府提供詳細情報，以增進美日關系和美國的利益，因而要求李仙得暫留日本，并于九月二十三日（10月24日）將其推薦給副島種臣。
副島種臣聽了介紹后如獲至寶，次日便在橫濱市接見李仙得，德朗及其秘書等人也在場。副島就臺灣原住民地區形勢、各社人口數目及相互關系、原住民對中國政府的態度、臺灣要地、港口及附近島嶼概況以至物產產銷情形等問題，向李仙得做了深入詢問。李仙得一一答復并提出建議，要點如下：
1.中國政府無力過問原住民的行為及部落內部事務。此次琉球人被殺，傳聞中國政府曾下令懲辦兇手，但地方官畏懼原住民兇悍，不敢采取行動。
2.臺灣內山十八社頭目卓杞篤等人此前曾協議救助遇難外國船員，但不包括中國人在內。此次琉球王國船民被害，實因其容貌與中國人相似，導致原住民誤會。
3.美國船員被害之處，中國政府雖認為歸其管轄，但實為王化不及之地。該處土地和人民本屬善良，如經適當交涉，由美國人居住，中國人未嘗不可退出。
4.美國船員被害案辦結時，中國曾在臺灣南端設立炮臺，留兵守衛以救護遇難船員，但數月后即廢棄，僅答應在原處建燈塔，也一直未實行。
5.此次琉球人被害，目前的處理辦法應是先請臺灣官府建立燈塔并實施保護。如不照辦，美國并不想取得該地，日本政府如有意統轄，可與中國政府交涉，直接在該處建立炮臺，派兵守衛，自行保護遇難船員。
對于李仙得提供的資料及建議，副島種臣喜出望外。據日本外務少丞鄭永寧所撰《副島大使適清概略》記載，副島對于這次會談的感想是“共話半日，而相見恨晚！”
九月二十六日（10月27日），副島再度與李仙得會晤。李仙得進一步指出，臺灣官府建立燈塔的計劃似乎已無下文，全島各地駐軍稀少，往往有額無兵。島上居民約兩百萬，海關收入可觀。在副島的要求下，李仙得又提出幾點建議：
第一，此次琉球人在臺灣被害，日本可與閩浙總督等交涉，聲明出事地點未建炮臺燈塔，中國政府未盡到保護責任。依據萬國公法，日本政府可自行修筑保護，但應立約為據，以免中國政府反悔。
第二，中國遇外國詰問時，常視臺灣為化外之地，其歸屬究屬何國管轄，實有問題。日本作為亞洲國家，如欲占領臺灣，他愿盡力協助。且中國在臺防衛力量薄弱，只需兩千兵力即可攻取。
第三，日本如因出兵臺灣與中國決裂，并非善策。但既已依萬國公法商請中國政府保護而未能辦到，日本自行設法保護乃理所當然。且此一地區遲早必須開發，終將為人所取。
日本早有侵臺野心，德朗、李仙得力勸日本攻略臺灣，正中副島下懷。副島以上賓之禮對待李仙得。此后，副島與德朗、李仙得不斷會談，隨著了解愈益詳盡，日本對中國大陸、朝鮮和臺灣的企圖也日趨成熟。日本方面自認為：
對外而言：第一，中國雖視琉球王國為藩屬，但日本已實行兼并，不再容忍中國此種態度；第二，依李仙得情報，臺灣分為生番、熟番和華人區，中國只能統轄一部分且防衛薄弱；第三，琉球人遇害之地不屬中國管轄，日本可以少數兵力攻取，占領后即難被驅離；第四，臺灣地理位置重要，可控制中國海和日本海的入口，是日本亟欲占領的目標；第五，朝鮮曾向日本入貢，近年行為無禮，日本決定予以懲罰；第六，中日條約未經批準互換，而中國朝廷拒絕外使覲見，此問題必須解決，否則應停止邦交或進行戰爭。
對內而言：日本認為中國國力不及日本，維新后日本兵額龐大，軍備優良，官兵急于通過作戰表現能力。日本政府認為，與其讓出身各藩的軍人在國內滋事，不如讓他們到中國、朝鮮或臺灣作戰。這樣既可解決琉球王國問題、取得臺灣、打擊中國，又可博得人民信任，平息內部紛爭，一舉多得。
然而，對外戰爭并非易事。德朗與李仙得建議在動武前先盡外交努力，以便有所借口，日本政府予以采納。要進行此項交涉，需要李仙得提供情報；如果訴諸戰爭，則更需要利用其軍事經驗及對臺灣港口道路的熟悉。副島于是多次表示希望李仙得留下為日本政府服務。李仙得起初不肯，后經德朗一再勸說，終于同意。
十月二十一日（11月21日），副島隨同日本太政大臣三條實美謁見天皇氏。天皇決定不顧任何反對實施此項計劃。當晚，副島在其寓所接見德朗、李仙得，并介紹他們與日本艦隊首領會晤。副島表示，日本政府將任命李仙得為助理公使，隨日使赴中國談判；若成功，則由李負責日本駐華使館館務；若談判破裂，則派李為征臺軍將領；若日軍占領臺灣并繼續統治，即以李為總督；并答應付給李仙得每年一萬兩千銀元的高薪，標準完全比照美國駐日公使。十一月十八日（12月18日），副島正式照會德朗，申述前議，略有不同的是擬授李仙得“欽加二等官銜”，年薪確定為一萬兩千元，要求德朗代為轉達。“重賞之下必有勇夫”，十一月二十八日（12月28日），李仙得接奉天皇氏敕命，受任為日本外務省二等官，兩天后正式覲見天皇，表示效忠。此后，李仙得果然陸續向日本政府提交了幾十件備忘錄及許多意見書，積極為日本攻取臺灣出謀劃策。
借換約及覲見之機套取征臺“口實”
日本雖然從李仙得處獲得不少情報，但對清政府的態度尚不了解，于是接受李仙得等人的建議，以互換條約并祝賀愛新覺羅·載淳親政為名，派遣副島種臣為特命全權大臣赴中國，刺探清政府的態度，尋找出兵臺灣的“口實”。
同治十二年二月十三日（1873年3月11日），副島種臣偕副使柳原前光、翻譯官鄭永寧由橫濱市啟程來華，李仙得作為顧問隨行。代表團一行于三月二十四日（4月20日）抵達天津市，會晤李鴻章完成換約手續。四月十一日（5月7日）抵達北京，與相關官員接觸，于六月五日（6月29日）覲見同治皇帝。
雖然此行的主要目的是臺灣問題，但為避免引起西方列強猜疑及中國戒備，副島在正式外交談判中絕口不談臺灣事件，不送照會，不親自交涉，而是在行程即將結束之際，于五月二十七日（6月21日）匆匆派副使柳原前光與鄭永寧會見總理各國事務衙門建筑遺存大臣毛昶熙和董恂。他們先旁敲側擊詢問澳門地位及朝鮮獨立程度，最后才提到臺灣原住民殺害琉球人的話題。中方官員答稱：殺害琉球王國民之事有所聽聞，但殺害貴國之人則未聽說。琉球是我國藩屬，當時已對幸存者妥為救護并送還。柳原又問：貴國既已救護琉人，為何不懲治臺灣番民？中方官員答：臺灣番民有生、熟兩種。從前服從王化者為熟番，設府縣治理；未服王化者為生番，故且置之化外，不便深入追究。并稱之所以未加窮究，是因為“政教所不及”。但同時表示有閩浙總督救護琉人的奏報，待查閱后再作答復。柳原知道中方不可能在書面材料中有漏洞，便以副島大使急于回國為由，表示不想等待答復，中方官員也未與之深論。
日方借由這次非正式接觸，將中國官員關于“政教所不及”的答話，解釋為清政府承認臺灣番地為中國管轄不及之地。就在會談當晚，副島即向日本政府報告，稱已從總理各國事務衙門建筑遺存獲得想要的答復，任務圓滿完成。目的既已達到，副島一行遂于六月九日（7月3日）離開北京返回日本。
就在副島出使中國期間，臺灣附近又發生一起船難。日本小田縣備中州人佐藤利八等四人駕船運貨，回程時在紀淡海峽遇大風，于同治十二年二月十日漂至臺灣東海岸卑南鄉馬武窟，船碎登岸，遇土著圍聚，幸得卑南番目陳安生救護，居住三月余，后被送至旗后、郡城，于六月十二日乘船至福州市。官府給予衣食零錢，倍加優待，最后于六月二十六日（7月20日）護送至上海市交日本領事送回。日本方面曾來函致謝。但后來日本出兵時，竟誣稱其難民遭“生番”劫掠，作為侵臺的另一借口。
派員到中國偵察，測繪學地形，收集情報
早在同治十一年，樺山資紀趕赴東京游說時，就向陸軍省提交了《探險臺灣生番意見書》。作為侵臺準備的重要環節，日本先后秘密派遣樺山資紀、黑岡勇之丞、福島九成、兒玉利國、田中綱常、成富清風等人潛入臺灣，在南北各地旅行，調查地理、風土、民情，收集情報，“各復命所見，獻替征臺之畫策（良）多”。
例如，同治十二年四月間，留華學生黑岡勇之丞由上海市赴淡水區，經陸路偵察臺灣南部地區，于五月底返回北京。福島縣九成偽裝成畫家游歷臺灣，在車城與當地總理林明國、生員廖周貞會談，詢問此地是土著自墾自領，還是屬臺灣府管轄并繳納賦稅。當得知是“自墾自領之地，完全與官府無關系”后，他做了詳細記錄，后來這份記錄被用作證明臺灣番地為中國轄外之地的資料。同年四月，副島種臣命令在香港特別行政區留學的水野遵到臺灣探查。由于南部已有黑岡與福島的調查，水野遵主要調查北部大科崁番地，于同月底離臺赴京報告。
此外，在李仙得提交第一號備忘錄后，日本內閣于1872年11月決定派遣樺山資紀前往臺灣探查。第二年，樺山資紀和水野遵、成富清風、兒玉利國等人于七月初一日（8月23日）經福州市抵達淡水，邀請精通臺灣番情的英國領事館官員倍得遜會商研究。樺山等人此行的目的除了調查臺灣東部番地，還要接應與副島種臣約定的十月末可能實施的征臺計劃。
樺山于七月十四日（9月5日）由淡水出發，租用墨西哥籍人彼得之帆船，攜帶銀、鹽、布等物，經噶瑪蘭、蘇澳至南澳島地區展開活動。后又利用平埔熟番為向導，登陸花蓮縣，企圖占據奇萊平原。樺山在調查過程中，將臺灣地形、地貌、社會背景及自己的感想詳細記錄在隨身手冊上，這就是后來研究“牡丹社事件”的重要資料《樺山日記》。八月二十五日（10月16日），樺山等人自南澳回到淡水，但未得到東京方面消息，于是將情報交由兒玉、成富二人帶回，自己再往臺灣府、打狗等地繼續探查，于十月二十一日（12月10日）由打狗赴香港，結束了首次偵察。
同治十三年日本侵臺軍隊出發前，樺山再次奉命赴臺偵察。他于正月二十一日（3月9日）持游歷執照從打狗上岸，從正月二十七日（3月15日）開始至三月初七日（4月22日），與水野遵一道探查臺灣南部恒春半島番地。其間，二人于二月初七日由旗后到枋寮，聲稱要至柴城一帶查看牡丹社、龜仔角等處山勢地形。因風大延誤兩日后，于初十日乘小舟進抵瑯嶠，在柴城社寮地方停留四天，又至大繡房查看龜仔角山勢，往返兩天，共六日，繪有龜仔角山及沿海地圖一幅。牡丹社因高山阻隔未能看見，故未繪圖。水野遵還帶有李仙得上年所繪舊圖一幅，沿途查對。
樺山與水野二人探查完南部后，又從西海岸北上至淡水。樺山在轉往雞籠（基隆市）候風時，恰遇日本攻臺軍艦“日進”號（艦上有谷干城、赤松則良），得悉日軍已發動征臺之役。該船因風浪過大突然出港，樺山未及登船，只得從陸路南行，于四月初四日（5月19日）到達打狗。水野亦于次日從水路到達，兩人在打狗會合，隨后一起加入了日軍對臺灣南部番地的所謂“征討”行動。
日本侵臺軍事行動之實施
副島種臣結束訪華任務返回東京后，繼續積極鼓吹出兵臺灣。與此同時，自明治維新以來，日本與朝鮮之間持續了五六年的矛盾與爭執不僅未能解決，反而愈演愈烈，日本國內“征韓論”一度高漲。然而，1873年9月，赴歐美考察近兩年的“巖倉考察團”回國。在由考察團主導的“內治派”與以留守內閣成員為主的“征韓派”的激烈辯論中，“征韓派”失敗，其主要人物西鄉隆盛、副島種臣、后藤象二郎、板垣退助、江藤新平等內閣成員相繼辭職離去。
“內治派”獲勝后，開始推動內部改革。1873年11月10日，日本設立內務省，由大久保利通出任內務卿，推行殖產興業政策。盡管國內政局發生變化，但日本政府并未放棄侵略臺灣的企圖，各項出兵的準備工作一直在秘密進行，以避開外國公使的耳目，防止列強干涉。失勢的“征韓派”對政局不滿，甚至發生了企圖暗殺巖倉具視的事件，隨后又爆發了佐賀之亂。在平定叛亂后，日本政府決定將準備已久的侵臺計劃付諸實施，以轉移內部危機。
1874年1月26日，大久保利通和大隈重信被任命為臺灣朝鮮問題調查委員。在與兒玉利國及李仙得等人會談后，兩人在2月6日的內閣會議上聯署提出了《臺灣藩地處分要略》。
該《要略》第一條將臺灣原住民居住地視為“無主之地”，為日本出兵“討伐”提供借口，其目的在于將“番地”變為殖民地。第二、三條是外交策略，主張琉球王國屬于日本，若中國提出琉球“兩屬”之說則不予理會，待處置臺灣后，再禁止琉球向中國朝貢。第五、六條指派福島九成出任廈門市領事，命其與臺灣官員保持友好關系，并將領事事務與軍事行動分開以避嫌。第八、九條是關于軍事行動前的偵察要領，派遣福島九成、成富清風、兒玉利國等人赴臺，進入“熟番”部落進行偵察。
同日，內閣會議正式做出了進攻臺灣的決定。4月4日，日本政府設立“臺灣蕃地事務局”，由大藏卿大隈重信擔任長官；李仙得被任命為外務省二等出仕；中將西鄉從道出任臺灣蕃地事務都督，陸軍少將谷干城與海軍少將赤松則良為參軍，陸軍中校佐久間佐馬太與陸軍少校福島九成為參謀。同時，任命柳原前光為駐華全權公使，著重辦理日軍征臺的相關交涉。此外，根據李仙得的推薦，日本高薪雇用了美國海軍少校克沙勒和美國陸軍中尉瓦生，分別負責軍事策劃和指導修筑防御工事。
侵臺部隊以熊本鎮臺軍（熊本地區的政府正規軍）為主體，并在鹿兒島征募兵員，總計3600余人。大久保利通還委托大倉喜八郎組建大倉組商會，負責軍需運輸。同時，日本租借了英國商船“約克夏”號和美國商船“紐約”號來運送兵員和物資，以彌補本國船只的不足。
4月9日，西鄉從道率領“日進”號、“孟春”號等軍艦從東京灣的品川港出發，前往長崎市。日本出兵臺灣的行動引起了列強駐日公使的密切關注。鑒于英國在臺灣各口岸擁有重大商業利益，英國駐日公使斯密斯·巴夏禮于4月9日、13日和16日連續三次照會日本外務卿寺島宗則，質詢日本派兵前往臺灣的具體地點和目的，對日本出兵的合法性提出質疑，并于13日宣布中立，同時撤回了受雇參與日本侵臺行動的英國公民和船只。隨后，俄羅斯、意大利、西班牙等國也紛紛對日本出兵提出質疑并宣布中立。
美國新任駐日公使平翰起初對有關美國人員和船只加入日軍的傳聞反應遲緩。4月17日，《日本每日前鋒報》批評平翰不僅未嚴守中立，反而默許美國船只被日本雇用。平翰于是在次日照會寺島宗則，質詢傳聞是否屬實，并抗議日本雇用美國人員和船只從事軍事行動。同日，《星期郵報》再次抨擊美國公使，最終促使平翰向日本表明中立立場，并禁止美國人員和船只參與征臺行動。
除了列強的干預，日本國內如文部卿木戶孝允等人也反對出兵，并于4月14日提出辭職以示抗議。日本政府的信心有所動搖，一度打算中止行動。4月19日，太政大臣三條實美派權少內史金井之恭前往長崎市，通知大隈重信暫停征臺。但西鄉從道以“陸海軍士氣高昂，難以遏制”為借口，拒絕接受命令，悍然派“有功丸”搭載首任駐廈門市領事兼參謀福島九成、克沙勒、瓦生、記者愛德華·豪士（李仙得秘書）以及200多名先頭部隊士兵，攜帶西鄉從道致閩浙總督李鶴年的《日軍征臺之通知書》，于4月27日連夜起航駛往廈門。李仙得則因顧慮各方反對，放棄了隨軍出發的計劃，返回東京。5月2日，日軍將領谷干城、赤松則良也率兵搭乘“日進”號、“孟春”號及運輸船“三邦丸”、“明光丸”等組成的船隊從長崎市出發。
5月3日，“有功丸”進入廈門港。日本原先雇聘的、熟悉臺灣南部且能說多種部落方言的英籍醫師萬松，已接到英國駐華公使的警告而離開廈門市回國。福島九成向廈門同知李鐘霖遞交了西鄉從道的照會，聲稱此次統兵深入“番地”的目的是對兩年前殺害琉球王國遭風船民的“土番”進行“招酋開導，頑兇示懲”，并要求中國方面曉諭臺灣府縣及沿海口市岸的中外商民，不得冒犯日軍。隨后，“有功丸”不等閩浙總督回復，便匆匆駛離廈門，前往臺灣。
1874年5月7日（同治十三年三月二十二日），日軍先頭部隊乘坐的“有功丸”抵達臺灣瑯嶠灣，次日士兵登陸上岸。5月9日，谷干城、赤松則良率領千余名士兵乘坐“日進”號、“孟春”號及“三邦丸”、“明光丸”兩艘運輸船也相繼抵達瑯嶠。
日軍采用李仙得的計劃，先安撫瑯嶠地區的居民，使牡丹社、高士佛社陷于孤立，再以軍隊攻討。5月15日，日軍派遣赤松則良、克沙勒、瓦生、豪士及華裔美籍通譯詹漢生入山與部落頭目接觸。當時的老頭目卓杞篤已去世，由射麻里社的頭目一色和老卓杞篤的幼子小卓杞篤出面會談。日方借助李仙得的名義與頭目建立了聯系，并通過試放洋槍展示武力，與頭目達成了某種協議。然而，瑯嶠居民對日軍仍抱有戒心和敵意。5月18日，日軍偵察部隊在雙溪口、四重溪一帶巡邏時，脫隊的五六名士兵遭到埋伏在灌木叢中的原住民襲擊，班長北川直征被斬首。同時，“日進”號軍艦在東部海岸探測水域時也遭到龜仔角社戰士的開火射擊。
5月20日，偵察部隊在三重溪遭到牡丹社原住民伏擊，兩名日軍重傷，一名原住民被殺。5月21日，另有日軍偵察部隊在保力山石門洞巡邏時，遭牡丹社人開槍襲擊，六名日軍被擊斃。佐久間佐馬太率大隊日軍趕往四重溪增援，雙方在石門展開激戰。石門地勢險要，兩側是高聳的懸崖，牡丹社人占據有利地形射擊。日軍分兵從山后攀爬至崖頂，與下方部隊前后夾擊。牡丹社人不敵，撤入內山。此役牡丹社包括酋長阿祿父子在內12人戰死，日軍則有14人死亡。就在石門激戰之時，日本侵臺軍總司令西鄉從道和參謀幕僚乘坐“高砂丸”抵達寮港，另有船舶運來1900余名增援部隊和500名大倉組工匠。
1874年6月2日（四月十八日），日軍根據軍事會議決定，分三路對牡丹社發動總攻。左路由谷干城指揮，樺山資紀輔助，水野遵為通譯，從楓港迂回進攻；中路由石門進攻，由佐久間佐馬太指揮，西鄉從道偕同克沙勒等人督戰；右路由竹社口進攻，由赤松則良指揮。三路總兵力1300余人，并配有多門火炮，聲勢浩大。6月3日，日軍攻占牡丹社，但社內原住民已提前撤離，日軍遂放火焚毀社屋。因安全和交通問題，日軍隨后撤出牡丹社，在雙溪口設置分營，展開誘降行動。7月1日（五月十八日），周勞束酋長率領牡丹社、東乃社、高士佛社等六社酋長，通過中間人林阿九等人，在保力莊楊天府的家中與日軍議和。
日軍解決牡丹社后，在楓港增駐一營兵力，在周勞束海岸派小隊把守入口，并在龜山等地修建營房，設立“都督府”。此后，日軍陸續從日本運來鐵器、農具及果樹苗木等，實行屯田植樹，企圖長期占據。
中國方面的反應與對策
中國政府始終認為琉球是中國的藩屬，臺灣更是中國領土，琉球船民遇害一事應由中國自行處理，與日本無關。因此，清政府完全沒有預料到日本會以此作為侵略臺灣的借口，并未做任何防備。
同治十三年二月初十日至十七日（1874年3月下旬），水野遵與樺山資紀兩人持游歷執照，乘船進入臺灣瑯嶠地區進行勘探偵察。他們隨身帶有李仙得先前繪制的該地區舊地圖，沿途核對，并測繪學龜仔角山及沿海一帶地圖。當地駐守的中國官員枋寮巡檢王懋功、千總郭占鰲對日本人的間諜行為不僅未加阻止，還在二月初九日（3月26日）兩人到訪時，因見王懋功扇子上畫有瑯嶠一帶地圖，樺山便請水野遵向其借扇臨摹。毫無敵情觀念的王懋功竟然答應將扇子借出。
二月二十九日（4月15日），臺灣道夏獻綸接到臺灣口稅務司愛格爾來函，告知從香港特別行政區報紙看到消息，稱日本兵部奉其國主之命，預備兵船并調集一萬五千名士兵要來臺灣打仗。當時，臺灣鎮、道官員正忙于剿辦彰化廖有富一案，各營兵力多調往彰化，因此對日軍侵臺的消息感到非常意外。他們表示：“查上年日本人利八等四名在臺灣南山后遭風，經我們救護并送回上海市交其領事官，對方曾寄送禮物酬謝。又上年四月間，琉球人林廷芳等九人在瑯嶠遭風，亦經救護送回，彼此毫無異議。現在為何忽然有調派兵船來臺的舉動？”他們將此事與前一年關于日本欲為琉球王國人被殺而征討牡丹社的“謠傳”聯系起來，認為“倘仍如上年之謠傳，自可毋庸置議”。夏獻綸甚至說“牡丹社系屬番社，彼如自往剿辦，在我勢難禁止”，仍未對日軍侵臺采取任何有效的防范措施。
清廷最早是從英國方面得知日本派兵侵臺消息的。同治十三年三月初三日（4月16日），總理各國事務衙門建筑遺存接到英國駐華公使威妥瑪的信函，稱據英國駐日公使電報，日本運兵赴臺灣沿海迤東地方，意在對付“生番”；并詢問“生番”居住之地是否隸屬中國版圖，以及日本興師是否曾與中國商議。總理衙門回復稱，上年日本使臣駐京時，從未提及派兵赴臺灣“生番”地方之事，日本因何興師也未正式通知。并明確指出臺灣“生番”地方隸屬中國版圖，且中國類似地方不一而足，未能強繩以法律。此后，總理衙門又于初四、初五日陸續接到英國文言文正使梅輝立、法國翻譯官德微里亞、總稅務司羅伯特·赫德、西班牙使臣丁美霞等人詢問，均涉及日本派兵赴臺之事。
在得到總理各國事務衙門建筑遺存的答復后，列強很快宣布采取局外中立的立場。但中國政府對于如何應對日本的舉動卻反應遲緩，既未向日本提出正式質問，也未曾考慮以抗議阻止其侵略行為。后來，李鴻章、李宗羲從江海關沈秉成轉送的長崎市電報中獲知另一消息，稱日本因“生番”事件派人查問，且上海市已有八名日本隨員等候其使臣。這一說法與各國公使及赫德所述不同。
李鴻章及總理衙門對情況進行了分析，得出幾點看法：首先，按照國際慣例，各國興兵前必先發文知會起釁緣由，或在不被理會后方才動武。日本剛與中國換約、覲見皇帝，關系如常，臺灣“生番”一事并未先行商議，豈能突然用兵？即使用兵，又怎能無一語知照？這是從情理上懷疑其真實性。其次，日本內亂剛平，國力尚不足以遠征。即便要用武，也應先對高麗（朝鮮）下手。此前江藤新平請求討伐高麗尚且未被允許而作亂，日本豈會舍棄積怨弱小之高麗，而先謀難于教化的“生番”？即便想圖謀臺灣，若中國全力爭奪，日本未必能操勝券，反而會自啟戰端、失道失和。這是從形勢上判斷其可能性不大。再次，近年來日本新聞多變，詐偽多端，且與英國公使斯密斯·巴夏禮關系密切，可能虛張聲勢，故作疑兵，因此信息未必可信。總之，中國方面從情理上判斷，日本不宣而戰出兵侵臺的可能性不大，故準備等日本駐華公使柳原前光到達后，再相機辯論。
不過，總理各國事務衙門建筑遺存也認識到，“各國垂涎臺灣已久，日本兵政日益強大，尤其是中國在沿海最近的潛在威脅，沖突恐怕遲早難免”，并提出了“勿恃其不來，恃吾有以備之”的防范思想。
中國方面最先對日本出兵臺灣做出反應、并要求其退兵的是閩浙總督李鶴年。他于三月二十三日（5月8日）接到由廈門同知轉交的西鄉從道照會后，于二十六日（5月11日）復照，嚴正指出：“臺灣全地久隸我國版圖，雖土著有生、熟番之別，但同為食毛踐土已二百余年，猶如粵楚云貴邊界的瑤、僮、苗、黎等族，皆屬中國自古以來的荒服羈縻之地。生番雖散處深山，未通文教，政令或有不及，但既居我疆土之內，總屬我管轄之人。”他援引萬國公法，強調“臺灣為中國疆土，生番定歸中國隸屬，當以中國法律管轄，不得聽憑別國越俎代謀”，指出日本政府“未與總理各國事務衙門建筑遺存商議，徑行命將統兵前往，既違背萬國公法，亦與同治十年所換和約條款不合”。他還聲明，“琉球島即我屬國中山國疆土”，此事應由中國自辦，要求日本中將撤兵回國，以符條約而固邦交。然而，乘坐“有功丸”的日軍先頭部隊根本不等候李鶴年的復照便已駛往臺灣。李鶴年于是將這份照復送到臺灣府，命其派員赴恒春古城與日軍理論，同時向朝廷奏報，并嚴令臺灣鎮、道官員“按約理論，相機籌設，不可自我啟釁，亦不可茍安示弱”。
李鴻章經過連日與英、德、美等國駐華人員會晤，證實各國所接電報屬實，日本確有圖攻臺灣“生番”的計劃，且美國人李仙得（李讓禮）帶領陸軍、雇美國軍官帶領兵船參與其中。他于三月二十五日（5月10日）致函總理各國事務衙門建筑遺存，提出應對辦法：其一，根據掌握情報，與美國公使辯論，要求其遵照國際法撤回李仙得，并嚴禁商船受雇裝載日兵，以迫使日本放棄侵臺。其二，鑒于臺灣海防陸汛力量不足，建議另調得力陸軍數千人，用輪船載往鳳山、恒春古城附近擇要屯扎，作為先發制人之計。若日本兵擅自登岸，則一面據理交涉，一面整軍以待，使其無機可乘。同時，他推薦熟悉情況且管轄新造兵輪船的船政大臣沈葆楨，作為專辦日軍侵臺事件的負責人。
李鴻章的建議迅速被清廷采納。三月二十六日（5月11日），總理各國事務衙門建筑遺存正式照會日本外務省，提出抗議并要求解釋。照會中申明臺灣是中國所屬領土，生番地區雖未設郡縣，但“均在版圖之內”，并對日本未經商議即派兵之舉表示質疑，要求日方澄清。三月二十九日（5月14日），清廷發布上諭，指出“生番地方本系中國轄境，豈容日本窺伺”，并命令沈葆楨帶領輪船兵弁，以巡閱為名前往臺灣生番一帶察看，相機籌辦。四月初六日（5月21日），清廷又恐沈葆楨事務繁重，增派福建布政使潘霨馳赴臺灣協助。
上諭發布后，清廷陸續接到更多報告，證實日本兵船已駛入廈門市、臺灣，并由恒春古城登岸，英國等列強亦調兵船巡查，形勢日益嚴峻。考慮到沈葆楨若僅以“船政大臣”身份赴臺，可能被日方以非外交事務官員為由置之不理，且調遣輪船官兵恐呼應不靈，清廷于四月十四日（5月29日）下詔，改授沈葆楨為欽差辦理臺灣等處海防兼理各國事務大臣，所有福建省鎮道等官歸其節制，并可調遣江蘇、廣東沿海輪船。命其速赴臺灣，根據情況“或諭以情理，或示以兵威”，妥善處理，并令福建地方官員確保糧餉、官兵的調配接濟，不得延誤。
沈葆楨渡臺加強防務
沈葆楨是一位有膽識、敢作為的政治家。接到朝廷命令后，他立即與福州將軍費莫·文煜、閩浙總督李鶴年共同籌劃臺灣防務，并于同治十三年四月十九日聯名上奏，提出了“防臺四策”：
第一，聯合外交。將歷年外國船只遭遇風災的相關案件摘要照會各國領事。同時，將日本不等中方回復就派兵入境、并與“生番”開戰的情況，也分別照會各國，借助國際輿論來評判是非。如果日本顧忌公論而撤兵最好；否則，也能拖延時間，為加強戰備爭取機會。第二，儲備先進武器。日本之所以敢貿然侵犯，是看到中國軍備不足。中國必須加速軍事現代化。建議將福建省省的存款優先用于軍備，不足部分可暫借外債，用以購買鐵甲艦、水雷、洋槍、巨炮等西洋武器，作為外交談判的堅實后盾。第三，儲備人才。沈葆楨除自己負責赴臺事宜外，還奏請調派福建陸路提督羅大春、前任署理臺灣道黎兆棠和吏部主事梁鳴謙等人隨同東渡，以期集思廣益。第四，暢通消息。臺灣海峽風險為海疆之最。要保證消息靈通，絕不能沒有電報線。他提議鋪設從福州市陸路到廈門市、再從廈門水路到臺灣的電報線路，使情報能瞬間傳遞。
五月初一，沈葆楨一行從馬尾鎮出發。潘霨乘坐“伏波”輪直航臺灣，于次日抵達。沈葆楨與法籍軍事顧問日意格、斯恭塞格等人則分乘“安瀾”、“飛云”兩船沿海岸航行，途經莆田市、泉州市，初三抵達澎湖勘察形勢，初四到達安平，接見臺灣地方官員，開始實地了解日軍侵臺情況及臺灣防務。
經過仔細籌劃，沈葆楨提出了“理論交涉”、“加強設防”及“開禁開發”三項措施。但“開禁”非一朝一夕能成，需待外患稍平才能逐步進行。因此，沈葆楨先從“理論交涉”和“加強設防”兩方面入手。在“理論交涉”方面，沈葆楨首先派幫辦、福建省布政使潘霨與日軍的西鄉從道交涉。潘霨此前途經上海市時已與日本公使柳原前光交涉，獲得了柳原寫給西鄉“按兵不動，聽候覆辦”的文書。五月初八，潘霨偕臺灣道夏獻綸等人抵達恒春古城，遞交了照會。沈葆楨在照會中聲明：生番土地歸屬中國已二百余年，是中國內政，不應勞煩他國興師動眾，并對日本未經商議擅自出兵提出抗議。照會指出，日本燒毀牡丹社，并波及無辜，這與其自稱的“懲戒”目的不符。照會最后表明了捍衛領土主權的決心。
五月九日至十三日，潘霨等人與西鄉從道等進行了多次會談。日方提出了三條要求：誅殺兇手、懲處抵抗者、訂立永不劫殺之約。在第一次會談中，西鄉一味推諉，聲稱交涉事宜應由柳原公使負責，自己只是奉命帶兵。潘霨追問日軍處理完牡丹社后是否撤兵，西鄉稱需等候政府命令。
潘霨、夏獻綸隨后派人進入番社，召集生番頭目，共有十五社頭目前來，都呈交了不再劫殺的保證書，并請求設立官府管理，永歸中國管轄。然而，當潘、夏約定與西鄉會面時，西鄉托病不見。后來雙方再次交涉，就番地主權歸屬展開激烈辯論。潘霨指出牡丹社實屬中國版圖，地方志書有載，并每年繳納餉銀為證。西鄉辯稱生番非中國所管，并稱中外書籍均有此說，但當潘霨要求出示證據時，他卻無法拿出。
潘霨最后就日方三條提出處理辦法：由中國令牡丹番謝罪并交出被害人尸身；目前各社并無抵抗之事；各社已出具永不劫殺的保證。西鄉起初表示此事中國不必過問，在潘霨嚴詞反駁后，他又轉而提出日本此次出兵耗費巨大，要求中方貼補軍費。潘霨斷然拒絕，指出日本擅自興兵，中國絕無貼補之理，并要求日軍停止行動并知會其政府不再增兵。西鄉應允。在“設防”方面，沈葆楨認為萬不容緩。他計劃在安平修筑西式炮臺，安放巨炮，確保海口安全。同時，他發現從內地調來的綠營“班兵”不堪用，便決定裁汰老弱，用節省的軍餉招募本地精壯補充。
南路迫近日軍，由臺灣鎮總兵張其光負責，計劃增募兵勇。北路淡水、噶瑪蘭、雞籠一帶物產豐富，戰略位置重要。據報已有日人在此活動，企圖利誘番民。沈葆楨決定由臺灣道夏獻綸負責北路防務，并派陸路提督羅大春駐守。日軍雖駐扎龜山、楓港等處，仍不時騷擾附近村莊。五月二十八日，日兵在柴城調戲民婦并殺傷其族人，中方抗議，日軍置之不理。沈葆楨決定加強南部防衛，并派員招撫卑南番社，同時計劃開通后山道路以利聯系。北路方面，夏獻綸發現日軍多用利誘手段，招撫較難。為防日軍借故生事，沈葆楨派人徹查了日人報告的所謂“失銀事件”，結果證實純屬虛構，便據此向日本提出抗議。
經過夏獻綸努力，北路團練和開山工程逐步展開。福建陸路提督羅大春隨后抵達蘇澳，接替夏獻綸繼續北路工作。在北洋水師部署方面，沈葆楨調配多艘兵船駐防澎湖、臺北市、廈門市、福州等地，并奏請重啟福州船廠趕造船只。臺灣防務費用巨大，沈葆楨奏準截留臺灣本地稅收作為軍費，不足部分由省城撥濟。李鴻章、李鶴年也從北方運來火炮、發射藥和銀兩支援。經過觀察，沈葆楨認識到日軍有久占之意，必須進一步增強戰備。他奏請從北洋政府、南洋調撥洋槍隊，但李鴻章認為零星抽調不妥，建議調派駐扎徐州市、訓練有素的準軍武毅銘字軍十三營赴臺。此建議被清廷采納。
七月十六日，準軍統領唐定奎率第一批部隊抵達臺灣鳳山，軍心大振。后續部隊及廣東招募的勇丁也相繼到達。一時兵力大增，沈葆楨以此為基礎，在南北兩路大力推進“開山撫番”，對日軍形成了強大壓力與威懾。
事件結果
中在日本出兵臺灣的同時，日本政府任命柳原前光為駐華全權公使，除履行常規外交職責外，還專門負責處理與臺灣事件相關的交涉。柳原前光于1874年5月抵達上海市，在與當地中國官員初步接觸時，雙方圍繞臺灣“番地”是否為中國領土、日本出兵是否正當等問題展開了激烈辯論，但未能取得進展。
此后，柳原前光北上，先后在天津市與李鴻章、在北京與總理各國事務衙門建筑遺存大臣進行多次談判。日方堅持聲稱臺灣“生番”居住地為“無主之地”，日本出兵是“保民義舉”。中方則嚴正駁斥，明確指出臺灣全境（包括生番地區）自古以來即為中國領土，日本未經中國同意擅自出兵是侵犯中國主權的行為，要求日軍立即撤出。
由于雙方立場尖銳對立，談判一度陷入僵局。日本政府見直接施壓未能奏效，且考慮到軍事行動消耗巨大、士兵患病較多，以及中國已加強戰備和國際輿論的壓力，遂改派內務卿大久保利通為全權大臣，接替柳原前光進行談判。
大久保利通到京后，談判焦點從“番地”主權之爭，逐漸轉向如何尋求“兩便辦法”使事件了結。日方最終提出，如果中國愿意支付款項，日軍便可撤兵。中方為避免事態擴大和戰爭風險，在英國公使威妥瑪的“調停”下，最終做出讓步。
1874年10月31日，中日雙方在北京簽訂了《中日北京專條》（又稱《中日臺灣事件專條》）。該條約的核心內容包括：
1.日本稱此次出兵臺灣是“保民義舉”，中國對此“不指以為不是”。這里的“民”指琉球船民，日本借此在條約中隱含了琉球屬于日本的意向。
2.中國對“遇害難民之家”給予撫恤銀十萬兩。
3.中國愿留用日本在臺灣修建的道路、房屋等，為此“準給費”銀四十萬兩。
4.雙方約定，所有日軍于1874年12月20日全部從臺灣撤退。
條約簽訂后，清政府如期支付了共五十萬兩白銀。日軍隨后從臺灣龜山等地撤離，歷時近一年的“牡丹社事件”至此結束。這一事件暴露了清政府在東南海防上的薄弱，并成為日本后來兼并琉球的一個重要借口。
事件影響
日本圖謀侵占臺灣，由來已久。1874年的"牡丹社"事件，是日本將侵臺圖謀付諸行動的第一次嘗試。在此次日本侵臺事件中，美國原駐廈門市領事李仙得等人為虎作倀，充當幫兇，起了重要作用。由于中國方面在軍事上加強防備以及在外交談判中據理力爭，日本侵占臺灣的圖謀最終未能得逞。
日本窺伺臺灣一地，其實遠早于西歐列強，由明代倭寇滋擾中國東南海疆即開其端倪。同治十三年（1874年），日本以牡丹社事件為借口，公然出兵攻打臺灣牡丹、高士佛等社，嚴重侵犯中國領土主權，此乃其醞釀有時的南進政策的一次大膽冒險嘗試。牡丹社事件作為明治維新之后日本向外侵略擴張的首次真刀實槍的預演，對日本近代歷史意義深遠，如呂萬和所言：“1874年的侵臺戰爭規模不大，卻為此后日本軍國主義的對外侵略擴張和軍事冒險主義提供了原型。”
“牡丹社事件”是日本為入侵臺灣而蓄意制造的一起政治事件。為了證明其侵略的“合法性”，日本政府散布說他們攻占的“土番”（臺灣土著居民）地區乃是“無主之地”，不在中國主權管轄之下，即所謂“生番不服教化，地非中國所屬”。對此分裂中國的謬論，清朝政府據理駁斥，嚴正聲明：臺灣從來就在中國版圖之內，“雖生番散處深山，文教或有未通，政教偶有未及，但居我疆土之內，總屬我管轄之人，其地土實系中國所屬。合臺郡之生番，無一社不歸中國者”。“牡丹社事件”雖最終以清政府的妥協而解決，但它再一次的證明了一個事實，即臺灣的主權屬于中國。
參考資料 >
“牡丹社事件”.中共深圳市委臺灣工作辦公室.2025-12-19