察合臺汗國（1225年-1346年）是蒙古四大汗國之一，位于西北及中亞地區，肇基于成吉思汗賜予次子察合臺封地，察合臺牙帳設于阿里麻力（今新疆霍城東北）附近虎牙思。察合臺汗國前后分為察合臺汗國（1222-1347年）、西察合臺汗國（1347-1369年）、東察合臺汗國（1347-1570年）、葉爾羌汗國汗國（1514-1680年），共歷60余位君主。
察合臺汗國是13、14世紀統治歐亞大陸大部分地區的蒙古帝國內的一個宗藩國，其極盛時期統治了包括中國新疆大部在內的廣大中亞地區，疆域東至吐魯番盆地、羅布泊、西及阿母河、北到塔爾巴哈臺山、南越興都庫什山脈。政治方面察合臺汗國經歷了傳統的突厥-蒙古式政體，到最終葉爾羌王朝嬗變為以伊斯蘭教為主的政教一體國家；經濟方面，察合臺汗國的入侵令當地文明經濟一蹶不振，但在其統治期間也得到了迅速的恢復，并在建國初期達到鼎盛，之后隨著汗國政權的分分合合一度停擺，在明清時代與中原王朝頻繁的朝貢、貿易往來得以好轉；商業方面，蒙古的入侵將中亞等地的多政權統一，加速了各地區之間的貿易；貨幣方面，域內鑄幣業發達，市面流通以銀幣為主，銅幣為輔，在新疆等地有大量的相關文物出土；文字方面，察合臺文是從阿拉伯語和波斯語發展而來，并在其統治地區形成，對維吾爾、哈薩克族、柯爾克孜族、塔塔爾族、烏茲別克斯坦等民族產生深遠影響；宗教方面，從以佛教、薩滿教為主多元信仰，隨著15世紀后期，伊斯蘭教向東推進，汗國地區全民信仰伊斯蘭教的局面已基本形成，至葉爾羌王朝時期已經以伊斯蘭教立國，成為單一信仰的蘇丹國。察合臺汗國于1346年分裂為東察合臺汗國、西察合臺汗國，其中西察合臺汗國于1369年被帖木兒帝國取代；東察合臺汗國隨伊思瑪業勒汗被準噶爾汗國推翻而覆滅，至此察合臺政權徹底滅亡。
察合臺及其后裔統治的新疆及中亞地區是絲綢之路上聯系東西方文明的紐帶，其影響并孕育了不同民族、不同文化、不同宗教的中亞中國西域的各個民族，在國內外西域史、宗教史的研究上有著重要的歷史地位。
國號
察合臺汗國以該政權的創建者孛兒只斤·察合臺命名，初期名義上為蒙元王朝西北地區的宗藩國，由成吉思汗次子察合臺依其領地擴建而成。隨著政權跌宕，1347年汗國被分裂為東西兩個延續政權，又因其政權所在地區，將西察合臺稱為“馬維蘭納兒”，將東察合臺汗國稱為“蒙兀兒斯坦”，而在中國史籍則多以其不同時期的國都為名，先后稱之為別失八里、亦力把里、土魯番。1514年，東察合臺汗國后嗣賽德汗于舊地創立了新政權，也被認為是察合臺汗國的延續，其早期的首都在喀什噶爾（今喀什市），后遷往葉爾羌城（今莎車縣），稱為“葉爾羌汗國”。
政權更迭
察合臺汗國
成立伊始
成吉思汗時期，蒙古帝國國土十分遼闊，成吉思汗將土地分封諸子，并要求各守封國。孛兒只斤·察合臺受封的領域在元朝以西，毗鄰欽察汗國、伊利汗國，從畏吾兒地向東，直至撒麻耳干（今烏茲別克斯坦撒馬爾罕）和不花剌（今烏茲別克斯坦境內布哈拉）止，約合350萬平方公里。春夏兩季，察合臺住在阿力麻里和忽牙思，秋冬兩季，他則遷移到篾魯疾克。
1222年，察合臺成立汗國，在建國后其制定了精密的札撒（蒙古語，法令）。據傳，前來汗國的旅者只要接近他的軍隊，在任何道路都不需要保鏢，其境內婦女在頂著黃金器皿行走的時候也不用害怕。但部分札撒過于嚴苛，比如“禁止按照割喉方式殺羊”的條令就當地的穆斯林苦不堪言，由于與自己信仰相悖，很多穆斯林只能吃腐肉以遵守教條。察合臺所在的天山南部和中亞河中地區，是當時最富饒的地區之一，并且是亞歐大陸的絲綢之路主要穿行地區，擁有著悠久的歷史文化和廣泛的經濟規模。在元朝第二任大汗孛兒只斤·窩闊臺死后，察合臺的宮闕成為了全人類的核心，很多人會不遠萬里跋涉來朝拜他。
1242年，察合臺病逝，按照成吉思汗、窩闊臺和察合臺本人的遺囑，察合臺之妻耶速倫、汗國大臣哈巴失·阿迷的·木勒克擁立察合臺之孫合剌旭烈兀即位。
1246年，孛兒只斤·貴由即位蒙古帝國第三任大汗，貴由與察合臺之子也速蒙哥交好，便認為有兒子不應該立孫子繼位，便委任察合臺之孫也速蒙哥執掌國政。
1251年，孛兒只斤·蒙哥即位蒙古帝國第四任大汗，也速蒙哥反對蒙哥繼位，蒙哥便以察合臺先前遺囑為由，命合剌旭烈兀回到封地復為君主，但合剌旭烈兀在回歸途中遇害，蒙哥便推舉合剌旭烈兀子木八剌沙即位，其因年幼，又令合剌的寡妻斡兒吉納攝政并處死也速蒙哥。
史學家劉迎勝《西北民族史與察合臺汗國史研究》中指出，此階段西北諸王中特別是欽察汗國實力的增長，逐漸削弱了朝廷對今中亞地區和欽察草原的控制，但察合臺在內的諸汗國依舊與蒙古帝國保持著藩屬關系。
汗國中興
1260年，孛兒只斤·忽必烈即位，命自己的屬臣、察合臺后人阿必失合、哈薩兒前往察合臺汗國代替即位，但兩人都在途中被與忽必烈爭奪汗位的孛兒只斤·阿里不哥一派扣留，阿里不哥則派阿魯忽（察合臺第六子拜答里之子）前往掌管察合臺汗國。阿魯忽從斡兒吉納手中奪去了權力，控制了察合臺汗國全境，并轉而與忽必烈、孛兒只斤·旭烈兀（伊利汗國創建者）結成同盟，而阿里不哥則與孛兒只斤·海都（窩闊臺汗國創建者）結成了反對忽必烈繼承汗位的同盟。
同年，阿里不哥出兵攻打阿魯忽。阿魯忽戰敗逃往撒麻耳干，阿里不哥占領了阿力麻里。為了報復阿魯忽對自己的背叛，阿里不哥派兵在察合臺汗國四處劫掠，到處屠殺曾歸附過阿魯忽的士兵，其殘暴程度令隨從者們嘩然，紛紛棄之而去。阿魯忽趁機派兵攻打阿里不哥。阿里不哥不敵，只好釋放了被自己俘在阿力麻里的斡兒吉納和汗國大臣馬思忽惕伯，來換取阿魯忽退兵，之后還政于阿魯忽，不久便歸降孛兒只斤·忽必烈。在忽必烈的支持下，阿魯忽娶斡兒吉納為妻以穩定汗國內部各宗族勢力，并任命馬思忽惕伯為財政大臣。馬思忽惕伯的執政大大提高了察合臺汗國的稅收，阿魯忽勢力大增。忽必烈隨即任命阿魯忽統治從阿爾泰山到阿姆河的大片領土。
勒內·格魯塞在他所著的《草原帝國》中指出，阿魯忽在其執政期間令察合臺汗國脫離了孛兒只斤·蒙哥的控制，稱阿魯忽為察合臺家族嘗試獨立統治的第一人。
爭端再起
1264年，阿魯忽去世，斡兒吉納立自己的兒子木八剌沙（哈剌旭烈兀之子）繼位。孛兒只斤·忽必烈讓八剌（察合臺之子孛兒只斤·木阿禿干之孫，也孫篤哇之子）監國，但八剌用陰謀奪取了木八剌沙的汗位，成為察合臺汗國的統治者。忽必烈順勢冊封八剌為察合臺汗，令其與自己左右夾擊以牽制海都。八剌與海都在錫爾河畔大敗海都，并占領了他的—部分領土。忙哥帖木兒（欽察汗國第五代汗）派兵增援海都，海都再次與八剌交戰，結果八剌大敗。戰后，海都向八剌伸出了友誼之手。
1269年，海都、八剌在塔剌思草原會盟并決定：河中地區三分之二歸八剌所有，三分之一歸海都和忙哥帖木兒管轄；由八剌明春帶領軍隊進攻伊利汗國阿八哈汗（伊利汗國第二代汗）。會上還決定諸王聯合起來共同反對忽必烈。塔剌思會盟后，八剌與海都結為“安達”（蒙語，義兄弟），但察合臺汗國也從此開始走入了其他勢力附庸的道路。
1270年，在海都的指揮下，八剌與欽察進軍伊利汗國的呼羅珊地區（今伊朗、阿富汗、土庫曼斯坦境內地區），阿八哈汗采用“誘敵深入”的策略，大獲全勝。八剌在交戰中被飛矢射中。海都在收到八剌的求救后，非但沒有伸以援手，反而包圍了八剌的營地，八剌于當晚被害。木八剌沙率眾投靠了海都。八剌的四個兒子和阿魯忽的兩個兒子聯合，想要擺脫海都的控制，皆失敗。
1271年，海都推立聶古伯（察合臺之孫，撒班之子）即位察合臺汗，但聶古伯也企圖擺脫海都的控制，海都便殺死了他又立不合帖木兒（木阿禿干玄孫，哈答迷之子）為察合臺汗。不合帖木兒即位當年便死去，海都又立篤哇（八剌之子）為察合臺汗，篤哇繼位之初，積極參與海都的反孛兒只斤·忽必烈同盟，稱為他忠實的臣屬和助手。
擺脫附庸
1294年，忽必烈去世，元成宗鐵穆耳即位元王朝君主。自此，海都應對策略反守為攻。1301年，雙方會戰于合刺哈塔，海都戰敗，受傷并死于撤退途中。在長達數年之久的征戰中，篤哇在同盟中的地位僅次于海都，在窩闊臺汗國，已經沒有人能在威信和才干方面能夠填補海都留下的空位，同樣也沒有人能夠抵消篤哇對自己汗國的影響。于是，海都之子察八兒被篤哇推舉為窩闊臺汗，自此主仆易位，窩闊臺汗國成為察合臺汗國的附庸。
1303年，篤哇向鐵穆耳示好，遣使至元朝廷“請命罷兵，通一家之好”，同時與之密謀瓜分窩闊臺汗國的領土。
1304年，篤哇大掠窩闊臺汗國西部土地。1306年，篤哇與察八兒會戰于撒麻耳干和忽氈之間，鐵穆耳越過阿爾泰山，率軍夾擊察八兒。察八兒被迫投降篤哇，篤哇遂占據了窩闊臺汗國的大部分領土。馳騁中亞、威脅元王朝邊境40余年的窩-察同盟至此終了。
篤哇作為可汗的時期，孛兒只斤·察合臺汗國疆域幾近達到最遼闊時期，其領土包括了塔里木盆地周圍諸綠洲和中亞河中地區，還包括了亞洲中部最大的草原準噶爾盆地和中亞草原。
迫臨分裂
1306年，篤哇病逝，其子寬閣繼位，只在位18個月。一部分蒙古宗王擁立察合臺之子木阿圖的后代塔里忽為君主。但不管祖源是多么親近，在篤哇諸子都不會允許察合臺的汗位落到入外家之手。1309年，篤哇的幼子怯別于一次宴會上刺殺了塔里忽，而篤哇的長子也先不花二世依照慣例，繼承了汗位。1318年，怯別即位。
同胞之間刺殺上位，預伏了察合臺汗國之后血腥的權力斗爭，也成了其行將分裂的原因之一。
怯別統治期間遷都卡爾什城（今烏茲別克斯坦卡爾希），將察合臺汗國統治中心由游牧地區遷往更適合農業和集權統治的河中地區。渴望顯赫武功的部分蒙古貴族的支持怯別的舉措，而守舊貴族們指責統治者違棄祖先遺訓，同樣農業地區的封建貴族能獲得與自己平起平坐的特權也令他們不滿——這便是其分裂的另一個原因。
怯別過世后，汗位先后由怯別的弟弟燕只吉臺、都來帖木兒與答爾麻失里繼承。
1334年后，在答兒麻失里的統治時期，察合臺汗國武力達到了鼎盛時期，其在位期間不僅出兵阿富汗，遠征印度，而且也大大促進了與中亞、西亞的貿易往來。由于答兒麻失里不再恪守蒙古祖先規矩，皈依伊斯蘭教，引起許多貴族大臣的不滿，最終篤來帖木兒之子不贊奪取汗位。次年，不贊被堂弟靖克失奪位。1338年，靖克失又被其弟也速帖木爾奪位。1324年，身為察合臺汗國貴族、孛兒只斤·窩闊臺后裔、察八兒之子的阿里奪得汗位。趨于分裂邊緣的察合臺汗國之后又經歷了寬阇之孫馬黑麻、禿里帖木兒重孫和贊兩位君主的統治。其中末位君王和贊暴虐無比，任情殺戮，終于巴魯刺思部的埃米爾（貴族頭銜，汗國中僅次于汗的職位）合札罕發動了反叛。
1345年，兩軍在哈兒伯平原交戰，和贊獲得了勝利。在獲勝后，和贊至哈兒昔駐冬。1347年，合札罕得知了和贊駐地的情況后，率領前來，和贊沒有防范，隨即戰敗身亡。
合札罕雖然弒君，但仍未有稱汗的打算。他在擊敗和贊之后，對和贊的家庭表現出了同情和仁慈。史學家劉迎勝認為，和贊縱然殘暴且不為后人同情，但與察合臺分裂后的諸多后嗣君王相比，稱得上是最后一位真正享有權威的察合臺汗王。
隨著巴魯刺思埃米爾合札罕、杜格拉特埃米爾播魯只的勢力壯大，察合臺汗國結束了大一統時期，轉而分裂為東察合臺汗國、西察合臺汗國政權。
西察合臺汗國
巴魯剌斯部掌權時期
1347年，為了便于牽制察合臺系諸王勢力，合札罕從勢力較為龐大的窩闊臺貴族中選擇海都之孫、察八兒之子答失蠻（又譯為答失蠻察、達尼斯乃赤）即位。此時的東察合臺立篤哇之孫、埃米爾火者之子禿黑魯·帖木兒為汗。1350年，合札罕為了讓西察合臺政權更為正統，便廢黜答失蠻，立篤哇之孫、速兒合禿斡兀立之子拜延忽里即位。
1357年，合札罕被暗殺，其子米兒札·烏巴都剌繼承父權，因其與拜延忽里之妻可敦有染，便暗殺了拜延忽里，于1358年擁立也速帖木爾之子帖木兒沙即位。米兒札的行為引起了巴魯刺思部哈吉、速勒都思部巴顏的反對，起兵驅逐米兒扎，殺死帖木兒沙。
1360年，西察合臺被禿黑魯·帖木兒短暫統一。
1362年，禿黑魯·帖木兒逝世，其子也里牙思和卓退回伊犁繼承汗位。次年，合札罕之孫迷里忽辛擁立寬阇之孫、馬黑麻之子阿的勒即位。此時，日后的帖木兒帝國創建者——跛子帖木兒正是迷里忽辛的政治、軍事伙伴，隨著跛子帖木兒的勢力壯大，西察合臺汗國的歷史道路也趨于末尾。
帖木兒帝國附庸時期
1363年，迷里忽辛-帖木兒集團廢黜了阿的勒，推立了篤哇后裔、燕只吉臺之孫合不勒沙（又譯為哈比勒沙，一說為喀普爾西阿特）為汗。
1369年，帖木兒戰勝迷里忽辛，次年處死合不勒沙，自立為蘇丹，西察合臺汗國自此名存實亡。之后帖木兒又立昔兀兒海迷失、麻哈沒的為其傀儡政權的“當政者”。1402年，麻哈沒的亡，未立新汗，自此西察合臺汗國滅亡。
東察合臺汗國
汗國初期
1347年，杜格拉特部的埃米爾播魯只，苦苦找尋到篤哇之孫、埃米爾火者之子禿黑魯·帖木兒，并立其為汗。1358年，西察合臺汗被殺、河中地區諸王林立的狀態下，禿黑魯·帖木兒趁此機會于1360年迅速統一了西察合臺全境，并立其子也里牙思和卓為河中總督。
1362年，禿黑魯·帖木兒逝世，其子也里牙思和卓退回東察合臺汗國即位。而此時的杜格拉特部的埃米爾由忠君的播魯只變為了其子——權臣哈馬兒丁。也里牙思和卓死后，哈馬兒丁起兵篡權，一天之內屠殺了禿黑魯·帖木兒的十八個兒子，奪取了汗位。在哈馬兒丁12年的統治生涯里，東察合臺汗國大部分時間都在和帖木兒帝國爭奪中亞河中地區地區控制權。
“別失八里”時期
1389年，哈馬兒丁死后，杜格拉特部埃米爾、播魯只之子忽歹達扶持黑的兒和卓即位。黑的兒和卓執政時期決意恢復察合臺汗國昔日的版圖，也因此將首都由阿力麻里遷至阿拉木圖（今哈薩克斯坦境內），又因為與帖木兒交戰戰敗而逃往庫車市（今新疆阿克蘇地區），再次遷都至別失八里（今新疆吉木薩爾縣境內）并承認了帖木兒帝國在河中地區的地位。之后通過和親的辦法與帖木兒達成一定程度的諒解。
黑的兒和卓之后，察合臺后代中還有若干人稱汗，但再也沒有機會再涉足河中地區，自禿黑魯·帖木兒汗父子兩代統一察合臺汗國的努力失敗后，察合臺汗國的西部逐漸發展為帖木兒帝國，其東部則演變為明代西域各“地面”（明朝對其周圍國土面積較小的國家的稱謂），風光難再。
“亦力把里”時期
1418年，納黑失只罕被侄子歪思汗所弒，歪思自立為王，建都亦力把里（今伊寧市），忽歹達被迫到麥加朝圣，并亡于麥地那，自此東察合臺汗國徹底擺脫了杜格拉特部的干政。歪思汗多次與瓦剌交戰，并將東察合臺汗國的農業系統推向巔峰。
1429年，歪思汗病逝，其子羽奴思和也先不花二世為爭奪汗位而兵戎相見。次子也先不花二世在各位宗王的扶持下登上汗位，史稱也先不花二世，長子羽奴思則投靠了帖木兒帝國汗王烏魯伯格。也不花二世在位其間多次擊退了羽奴思及兀魯伯汗的進攻。
1462年，也先不花二世逝世，其子篤思忒·馬黑麻繼位，但馬黑麻輕浮好戰，在位7年便去世了。1469年，其子怯別·蘇丹烏黑闌繼位。1472年，怯別·蘇丹烏黑闌被人暗殺，羽奴思成為東察合臺汗國君主。
羽奴思在位其間趁帖木兒帝國內亂，將塔什干地區收為自己的殖民地，并于1484年正式劃入自己汗國的勢力范圍。羽奴思在其統治末年放棄了游牧生活，計劃在塔什干頤養天年。曾經追隨他的家族大臣認為羽奴思背棄了祖宗的遺志，以之為恥，并帶著羽奴思的次子阿黑麻離開了他。
羽奴思去世后，長子馬哈木繼位。1488年，帖木兒帝國開始與馬哈木爭奪塔什干地區，馬哈木戰勝后不久，被烏茲別克汗國的創建者默罕默德·昔班尼暗殺。自此東察合臺汗國徹底失去了吐魯番盆地之外的全部統治區域。
“土魯番”時期
在馬哈木統治蒙兀兒斯坦地區的同時，此前分離出來的游牧政權也將阿黑麻擁立為伊犁哈薩克自治州及吐魯番等地的統治者，兩政權并存。
阿黑麻在位期間，多次與契丹王朝后裔、明朝哈密市國忠順王罕慎爭奪哈密，在明王朝的軍事威脅下，最終將其占領的哈密退還給罕慎。
阿黑麻去世后，其子滿速兒繼位，滿速兒之后其子沙即汗位，沙汗之后其堂弟馬速即位。其間終未收復東察合臺舊地，委身于阿黑麻所統治的吐魯番地區。
1570年，馬速在與葉爾羌汗國汗阿不都·克木（同屬蘇丹阿黑麻之后，馬速的堂侄）的交戰中戰敗被俘，從此吐魯番市歸于察合臺汗國最后一任王朝——葉爾羌王朝的統治之下。
葉爾羌汗國
在滿速兒及其后人在吐魯番地區延續察合臺汗國統治的同時，阿黑麻之子、滿速兒之弟素丹·賽義德汗開始了葉爾羌王朝的建立。
收復故地
1514年，賽德汗在朵豁剌惕部埃米爾阿巴乞兒手中奪回了祖上統治的舊地，成為喀什市地區的首領，與兄滿速兒保持著良好的關系。在賽德去世后，其子阿不都·拉失德繼位。
1565年，拉失德病逝，阿不都·克木即位。1570年，阿不都·克木派遣四個弟弟瑣非、馬黑麻、阿都剌因和忽雷失·蘇丹率軍東征吐魯番市時期的東察合臺汗國，西域重新統一。葉爾羌汗國疆域幾乎重歸了察合臺先祖們統治時的盛況：東至明朝的嘉峪關市；南抵昆侖山脈、阿爾金山脈；西南以喀喇昆侖山脈與烏思藏的拉達克、博洛爾相鄰；西包帕米爾，與莫臥兒帝國相鄰，以阿賴山與烏茲別克汗國為界；北以天山山脈與哈薩克族、吉爾吉斯斯坦、瓦剌為界。
1592年，阿不都·克木去世，其弟馬黑麻即位。馬黑麻汗統治時期，中央集權加強，并不再遵守蒙古古老的傳統：“誰年長，誰就被認為是汗和可汗。”他把弟弟阿都刺因遠派到吐魯番，計劃讓自己的直系血脈延續葉爾羌汗國的統治。隨著汗王的權力提高，葉爾羌汗國在馬黑麻統治時期達到鼎盛，影響著廣大的西域和中亞地區——葉爾羌汗國、喀什噶爾、阿克蘇市、烏什縣、庫車市、察力失和吐魯番直至哈密城，以及和田、色勒庫爾，直至拉拉礦（巴克達山的紅寶石采礦場），這些領地都用馬黑麻的所鑄制的貨幣。
幾度分合
1609年，馬黑麻逝世，長子阿黑麻繼位。由于阿黑麻的繼位違背了蒙古古老傳統“長者為汗”的原則，因此汗族成員經常為爭奪汗位造成國內震蕩。1610年，拉失德第十二子、馬黑麻叔父阿都剌因在汗國東部自立為汗。1614年，拉失德汗之孫、羽奴思蘇丹之子、阿黑麻之堂兄沙拉夫?·丁占據喀什噶爾被推立為汗，并且按照蒙古古老的傳統，沙拉夫?·丁繼承汗位比阿黑麻更為“合法”，阿黑麻汗立即派軍鎮壓了這次反叛。但是不久，阿克蘇市總督拉失德汗的重孫、阿黑麻汗的女婿亦思干答兒蘇丹又舉起叛旗，阿黑麻親率大軍前往鎮壓。
1618年，阿黑麻于出獵時被叛亂的埃米爾所殺，并擁立忽來失（拉失德汗之孫、羽奴思之子）為汗，占據葉爾羌汗國。此時，喀什噶爾的埃米爾們又擁立阿黑麻汗次子阿不都·拉提甫為汗，并進軍消滅了忽來失蘇丹政權。
1630年，拉提甫去世，埃米爾們立其侄蘇丹阿黑麻即位，但按照傳統，喀什噶爾的總督蘇丹馬合木更應該繼承汗位，于是蘇丹馬合木兩次出兵奪位，終于占領了葉爾羌，登上汗位。蘇丹阿黑麻汗逃往阿克蘇。
在葉爾羌地區汗位頻繁更迭的同時，汗國東部則被阿都刺因汗穩定的統治著。1634年，阿都剌因去世，長子阿不都·拉哈繼位。他出兵進攻阿克蘇，阿黑麻只好前往葉爾羌，求助于馬合木。不久，馬合木謀殺阿不都·拉哈，阿黑麻重新被擁上汗位。
阿布都拉哈汗出兵攻打阿黑麻，便很快攻下喀什噶爾。阿黑麻汗見大勢已去，便投靠了中亞河中地區地區的賈尼王朝，不久就死于戰亂。而阿不都·拉哈汗則順利重新統一了分裂已久的葉爾羌汗國。
統一葉爾羌汗國后，?阿不都·拉哈移居喀什噶爾，任命他的長子堯勒瓦斯為當地的總督。堯勒巴斯是一位極具野心的王子，他曾參與埃米爾們發動的政變，企圖奪取父位。政變失敗后，他表面上很敬順自己的父親。在1655年葉爾羌汗國與瓦剌的尼雅截擊戰中充分顯示自己的軍事實力。自此以后，堯勒巴斯汗公開干預朝政。最終于1667年，阿不都·拉哈汗在眾叛親離的情況下以朝圣為由離開汗位，后死于國外。同年，堯勒巴斯登上汗位，阿都剌因第四子、阿不都·拉哈之弟伊思瑪業勒被阿克蘇市地區的埃米爾擁立為汗。兩位汗王在執政期間多次交戰，并且也引來了瓦剌內部兩派勢力加入，其中僧格支持堯勒巴斯汗，厄勒丹支持伊思瑪業勒汗，最終以堯勒巴斯汗-僧格一派贏得勝利而告終。
1668年，僧格為了控制葉爾羌，授意下厄爾喀伯克策動埃米爾造反，殺死了堯勒巴斯汗，推立其子阿不都?·?拉提夫為汗。然而堯勒巴斯汗的支持者與新汗一起殺死了叛亂的埃米爾。厄爾喀伯克得知后，迅速派人去阿克蘇請伊思瑪業勒汗向葉爾羌汗國進軍。阿不都·拉提夫汗逃往喀什噶爾。
1670年，伊思瑪業勒進入葉爾羌城，宣布登基葉爾羌汗位，并派人處死了逃至喀什噶爾的堯勒巴斯汗的后嗣。
王朝終章
1678年，葉爾羌汗國的東部地區被迅速崛起的準噶爾汗國汗國吞并。1680年，準葛爾汗國統治者噶爾丹派出12萬騎兵，經阿克蘇、烏什縣，直取喀什噶爾和葉爾羌，俘虜伊思瑪業勒汗及其家屬送往伊犁哈薩克自治州，葉爾羌政權滅亡。此后，準葛爾汗國在葉爾羌汗國領地先后推立了阿都剌因之子巴拜的三位兒子：阿卜都·里什特、馬哈麻特·額敏、馬哈麻特·木明，以及馬哈麻特·木明之子阿哈瑪特作為其傀儡政權的代理人。
1700年，阿哈瑪特蘇丹去世，準葛爾汗國不再扶立察合臺后嗣繼承汗位，將葉爾羌汗國完全變為自身疆域的一部分。自此，在中亞等地區馳騁400余年的察合臺血脈不復聞名，如同黃金家族建立的其他汗國一樣，沉入西域茫茫大漠之中。
疆域變化
統一時期
察合臺在繼承封地后，先后征服了河中地區和突厥斯坦諸地，統治疆域包括了現中亞河中地區、新疆大部分地區乃至今阿富汗部分地區。在至答兒麻失里執政時期，武力昌盛，版圖達到極盛。
西察合臺汗國
西察合臺統治時期，其版圖在今哈薩克、吉爾吉斯、烏茲別克斯坦境內，即以河中地區為中心的區域，也是阿拉伯人稱之為“馬維蘭納兒”的緣由。
東察合臺汗國
初期，禿黑魯·帖木兒統一全境，東察合臺版圖包括了哈實哈兒、塔什干、布哈拉與整個河中地區，出使西域歸來的明使陳誠概述為：東連哈密市，西至撒馬兒罕，南至于，北與瓦刺相接。
中期，汗國統治者基本以亦力把里本部為其政權的主要統治疆域，外圍包括塔里木盆地周圍、帕米爾高原、西費爾干地區及吐魯番盆地。
后期，蘇丹滿速兒即位后，東察合臺汗國疆域為：東至哈密，西至曲先（今庫車市），北抵天山北部的瓦剌，南至西藏自治區。
葉爾羌汗國
葉爾羌汗國在馬黑麻汗時期統一，歸并了吐魯番地區，疆域囊括了東迄哈密、西到哈實哈兒（今新疆喀什）的廣大地域。
隨著瓦剌的崛起、準噶爾汗國汗國的蠶食，至阿卜都里什特即位時期，葉爾羌汗再無實權，葉爾羌汗國也淪為準葛爾疆土的一部分。
內政特點
初期
汗國初期帶有濃厚的蒙古草原政權的二元特點，即“突厥-蒙古式政體”，其主要特征為：在政治觀念上，表現為對出自成吉思汗“黃金家族”后裔統治合法性的認同；在軍事上，是從游牧部落傳統的“十進制”軍隊制度發展而來的軍隊組織；在行政體制上，將整個由怯薛（蒙語，侍衛）制度中進化而來的軍事—行政官僚組織，鑲嵌入被征服定居社會中原有的文官體系中建構出新的“二元制”的統治階層。
中期
與元王朝漢化、伊利汗國突厥化類似，漸習慣了定居生活的孛兒只斤·察合臺汗王本身漸漸成為了城市建設的熱心參與者，由怯別汗開始，積極向統治地區當地權貴靠攏，而蒙古汗王與在定居生活的上層社會同質化的過程中，兩者最終選擇倒向了在中亞地區扎根更深的伊斯蘭教勢力，由其統治者的稱謂——蘇丹便可直接體現。
后期
在葉爾羌汗國時期，察合臺后嗣建立的政權成為了歷史上諸多的蘇丹國之一。政教合一與統治者對農業發展的著重，加強了察合臺-葉爾羌王朝的中央集權統治，但蒙古族“立長大于立嗣”的長期傳統又導致當權者惶惶不安，政權內部屢次陷入兄弟、叔侄爭權的循環，這也是汗國幾次分裂的主要起因，乃至最終覆滅的原由。
外交關系
與蒙古各汗國
蒙元王朝
“宗王將兵鎮邊徼襟喉之地”是大蒙古國及以后元朝的定制，在其政權早期，察合臺汗國君主不光是察合臺領地的統治者，還是大蒙古國鎮守西域邊關的宗王。
孛兒只斤·窩闊臺即位時，極為尊重察合臺，尊之為皇兄。直至孛兒只斤·蒙哥時期一直視蒙元為宗主國。
孛兒只斤·忽必烈即位后，察合臺汗國在窩闊臺汗國的影響下多次與元王朝交戰。
元成宗鐵穆耳即位后不久，察合臺汗國再度尊崇元王朝為宗主國。
伊利汗國
1269年，塔剌思草原會盟并決定：河中地區三分之二歸八剌所有，三分之一歸海都和忙哥帖木兒管轄；由八剌明春帶領軍隊進攻伊利汗國。在兩國交惡的短暫階段，察合臺汗國也先不花曾下命阻斷中西陸路交通，察合臺汗國扣留了大批往來于途的元朝和伊利汗國的使臣，足以見證三國往來之頻繁、交流之密切。
窩闊臺汗國
在四大汗國分封初期，察合臺汗國與窩闊臺汗國一直為同盟關系。
1269年，塔剌思草原會盟后，察合臺汗國從此臣屬于窩闊臺汗國。1301年，海都去世后，篤哇扶持察八兒為窩闊臺君主，把窩闊臺政權變為自己的附庸。1309年前后，察合臺汗國與元王朝瓜分了窩闊臺汗國，成為了兩國的外交終點。
金帳汗國
1269年，塔剌思草原會盟后，兩國結為同盟。
1301年，察合臺汗國與金帳汗國在內的蒙古諸汗國間的約和，共同成為蒙元的附屬藩國。
中原王朝（明、清）
黑的兒和卓為汗時，曾入貢到達明朝首都南京。此后明朝皇帝很重視與東察合臺汗國的入貢，并著眼利用汗國的政治軍事位置，使之牽制漠北草原上的北元政權。而在東察合臺汗國統治者看來，對明朝的“入貢”則主要為了經濟實惠，以換回優厚的“回賜”。由于東察合臺汗國的支持，明朝的西域貿易也一直保持著繁盛，以反哺察合臺地區的經濟營收。
吐魯番統治時期的阿黑麻曾與明朝爭奪哈密，以將哈密還明朝忠順為結束。之后東察合臺汗國對明朝閉關絕貢，四年后才恢復。同樣，1516年時，明朝因對滿速兒汗的行為不滿，再度閉關絕貢。汗國經濟上也受到巨大損失，滿速兒汗的統治地位也遭到動搖，直至朱厚熜即位歲貢恢復往年。
阿不都·拉哈汗統治時期，正是明朝與清朝交替時期，他對清朝繼續執行對明朝的政策，順治帝特加賞賜，并降詔褒獎：“自此以后，著五年一次來貢。”葉爾羌汗國與清朝也由此建立了固定的朝貢關系。
經濟發展
貨幣
蒙古征服以前，中亞地區很少使用純銀鑄幣，?在察合臺汗國統治其間的1240年至1250年，阿力麻里地區最早出現了銀幣的鍛造記錄，前蘇聯出土的古錢幣也說明，阿力麻里是蒙古時代忽闡河以北草原城鎮中銀幣的最早鍛造地。
早期主要是仿制花刺子模的幣形，錢幣的正面為經文，背面印有最大斡耳朵，但只有打造地和年份，沒有統治者的王名，主要有金幣、銅幣兩種材質。其中，金幣的成色比較低，含金量為60%-70%，主要是為了便于流通。銅幣包括銅幣和鍍銀銅幣兩種。中期錢幣仍然沒有統治者的姓名，印有有趣的印戳符號和其他的裝飾花紋，主要以銀幣為主銅幣為輔。晚期，主要指怯別的幣制改革以后第一次印有統治者的姓名，有時間和打造地點，與早期、中期看上去迥然不同。貨幣統一了各地區的普遍價值尺度，也促成了察合臺汗國完成政治統治一元化的進程。
土地
在葉爾羌汗國時期，汗國國有土地“塔哩雅沁地畝”收獲的糧食，要有50%交給國家；私有土地，即清朝文獻中的“原墾民田”，其所有者要向汗國統治者交納收獲量的十分之一；瓦各夫土地，即伊斯蘭教寺院、墓地和學校所有的土地，主要是歷代統治者所賜的公地，官員或地主的獻地，由汗王設立木特斡里這一官職監護瓦各夫財產，并從中撈取許多外快。
農業和畜牧業
葉爾羌汗國的農業是粗放的，技術比較落后，畜牧業則占有更重要的經濟地位。在其統治喀什噶爾地區之后，促進了當地畜牧業的發展，但隨著蒙古人向定居農業生活的過渡，畜牧業發生了相對的衰落。
工業
玉石是察合臺汗國的主要輸出商品。葡萄牙人鄂本篤詳細記載了葉爾羌汗國內的玉礦地點、品位高低、礦權所有、租賃方式、開采方法、工人。
手工業
中國的西域史學家魏良弢在參比蒙古進入西域前喀喇汗王朝的情況和清統一天山南北后的情況，認為察合臺汗國時期手工業生產還包括了棉紡織業（主要用于做衣帽）、毛紡織業（毯、氈、織??品）、絲綢業（衣飾）、皮革業（靴鞋及其他用具）、鍛造業（農具及日常用品）、木器業??（工具及飲食用具）、兵器業（刀、槍、斧、劍、鎖子甲、弓、箭等）、冶煉業（主要為鐵、?銅）、玻璃業及陶瓷業等。同時，在出土的察合臺時期貨幣也可以佐證期間確有較為發達的手工業。
金融
在沙·馬合木·札剌思所著的《編年史》中，也屢次提到了高利貸在其境內有發展的痕跡。在史官的記錄中，稱贊汗的公正時都提到他們能限制或制裁高利貸者，如阿不都?·?哈林汗和馬黑麻汗。
商貿
在汗國境內，鄂本篤贊美葉爾羌城：商人來往就像河里的游動的鯽魚，城內百貨交匯，已然是一座著名的商貿之城。對于國際貿易，察合臺汗國幾乎是中原王朝與西方商賈的必經之路，同北部一些游牧汗國也有一定的貿易往來，多是畜產品與農產品及手工業品的交換。汗國設立關卡，對過境商隊課以厘稅，也是中央或地方的財政收入之一。
宗教發展
成吉思汗時期，統治者奉行宗教兼容的政策，各種宗教可以自由傳播、不受限制，察合臺汗國也是如此。
薩滿教
征服初期的蒙古統治者仍然是薩滿教徒。但在其在教義上，薩滿教還沒有發展到排他的程度，所以統治者也采用了一種普遍寬容的宗教政策。汗國統治者和蒙古游牧民在一個較長時期里保持了他們的游牧生活方式，較少接觸定居民族的先進文化，所以薩滿教信仰得以較長時間地維持下來。
伊斯蘭教
14世紀中葉，禿黑魯·帖木兒改宗伊斯蘭教，并在蒙古部民中積極推行，甚至強迫16萬蒙古人改信伊斯蘭教。伊斯蘭教的傳教活動得到禿黑魯的政治扶持與財力援助。并在并在庫車為“庫車市伊斯蘭教社團”修建了一座大哈尼卡（伊斯蘭教講經堂）。在14世紀晚期，察合臺后王黑的兒和卓發動了對吐魯番市地區的“圣戰”，并強迫當地居民皈依伊斯蘭教。
1473年，羽奴思汗發兵攻占哈密市，強迫當地人改信伊斯蘭教，不從者被擄賣為奴，或遠賣至撒馬爾罕。16世紀初，哈密地區最終被察合臺汗國征服，至此，西域全境民眾幾乎都皈依了伊斯蘭教，徹底完成了伊斯蘭化改宗進程。
基督教
景教：即基督教聶思托里派，其信仰在察合臺汗國初期達到一個高峰，之后隨著汗國內部權力斗爭的加劇，伊斯蘭教的迅速擴張擠占了景教原本就式微的范圍，之后逐漸銷聲匿跡。
天主教：元初，羅馬教廷得到孛兒只斤·忽必烈的支持向東方傳教，而察合臺汗國是中西交通的關鍵之地，有些天主教徒便滯留其境內，建立了教會，并得到了統治者的支持，于首府阿力麻里建造了一座十分華麗的大教堂。
佛教
察合臺汗國初期，在別失八里和昌八剌一帶，佛教十分盛行。在東察哈臺建立之前，佛教也一度是察哈臺的一大宗教勢力，甚至導致庫車市地區的少數穆斯林難以立足，后在禿黑魯·帖木兒的許可下，一支由50人組成的“庫車伊斯蘭教社團”毀壞各地的佛寺四大石窟，或將其改建為世界十大清真寺，焚毀佛經典籍，搗毀佛像及其他珍貴文物。許多不愿放棄信仰的僧侶被迫逃亡吐魯番盆地。
約1360年，阿力麻里的蒙古貴族乘機發動了抵抗伊斯蘭教的叛亂，庫車等地佛教徒聞訊后，亦積極組織各種抵抗活動。但是，叛亂很快就被禿黑魯派部隊鎮壓下去，察合臺汗國境內的大部分佛教徒被驅逐到外地，流傳了千余年的龜茲佛教文化從此中斷，并遭到徹底毀滅。
道教
察合臺汗國也有道教活動的痕跡。孛兒只斤·察合臺留駐阿力麻里的漢人工匠張公對丘處機說道：“弟子所居營三壇四百余人。晨參暮禮，未嘗懈怠。”他曾延請丘處機，讓他的“壇眾得以請教”。
語言文字
察合臺語是14世紀以后，居住在今天山南北和中亞地區操突厥語言的部族和部落，廣泛使用一種在阿拉伯語和波斯語影響下形成的書面語言，最先在察合臺及后裔統治地區形成的，是維吾爾、哈薩克、柯爾克孜、塔塔爾、烏茲別克五種民族語言文字的前身，從察合臺汗國后期開始使用察合臺語。
“察合臺文”在帖木兒帝國時代被廣泛使用，以察合臺文創造的文學作品也日漸豐富，如《愛情篇》《先知傳》《四卷詩》《五卷詩》《賴世德史》《編年史》《尋求真理之友》等作品，其行文方式、書寫規范、使用規則直接影響著中國新疆地區，延續至今。
藝術影響
中國新疆地區民族歌舞藝術極具地域特色，自古就享有盛名，到葉爾羌時期到達一個新高度。賽德、拉失德等汗王均提倡詩歌、愛好寫詩，這對于當時民族文化的發展起到了積極的促進作用。在這種氛圍下創作了很多著名的歷史學作品和藝術作品，著名史學作品有米兒咱·海答爾的《賴世德史》、赫爾克提的《勞動與愛情》等，而在藝術上的最大成就是《十二木卡姆》套典，直到今天仍為維吾爾人民所喜愛。
《十二木卡姆》是融歌、樂、詩、舞為一體的藝術經典作品，其納入木卡姆音樂、詩音樂和麥西來甫音樂；在唱詞上收錄納瓦依、阿塔依等詩人的經典作品。這一大型古典套曲是吸收、融合與創造的文化模式運行最典型的實證，是中國新疆地區最具特色的文化財富之一。
社會習俗
察合臺汗國統治下的多個民族，其生產、生活方式逐步穩定，形成了現代新疆地區具有民族地域特色的社會生活方式，主要節日有古爾邦節、肉孜節等特色節日，還有麥西來甫、阿肯彈唱、趕巴扎等特色活動。按照伊斯蘭教習俗，人們對嬰兒命名、婚禮、葬禮都有嚴格的規定。
東察合臺汗國和葉爾羌汗國時期的社會生活習俗影響到日后的新疆地區，尤其是南疆地區，直至今日。
君主年表
察合臺汗國歷代君主
西察合臺汗國歷代君主
東察合臺汗國歷代君主
葉爾羌汗國歷代君主
參考資料 >
2019年春節烏茲別克斯坦見聞錄（撒馬爾罕、布哈拉篇）.今日頭條.2023-07-05