馬祖國家風景區于1988年11月26日正式成立，范圍包含南竿、北竿、東莒、西莒、東引島、亮島、高登、大丘、小丘還有許多無人島嶼，形成東西窄、南北狹長之地形，其中以南竿為第一大島，為馬祖的政經文教中心。馬祖舊名南竿鄉，宋朝年間，福建省莆田縣湄州島的林默娘投海尋父，尸首漂至島上，鄉人為紀念并彰揚其孝行，尊為媽祖，立廟祭祀，并取其諧音”馬祖”作為列島總名。馬祖諸島都有其可觀之處，南竿有天后宮、北海坑道、馬祖酒廠，北竿有壁山、塘沃海灘，東引有酒廠、燈塔。另外于1989年6月發現「神話中的鳥類」中華鳳頭燕鷗繁殖蹤跡，這是全世界首度發現，也是全世界首度揭開這種鳥類的生態之謎。
歷史
馬祖的開發最早始于元朝，是大陸漁民出海捕漁時休憩避風之所，明末清初期間當地為倭寇所盤據。到了清朝初期才又有福州市沿海漁民移居此地，并逐漸形成具血緣關系的村落，其中以陳、林、曹、王、劉為大姓族群。今日南竿是馬祖第一大島和人口最集中地區，為連江縣縣治所在是馬祖的政經文教中心。
馬祖地區的風土民情承襲于大陸福建閩東地區，當地語言為福州話（長樂區口音居多），當地人多稱為“平話”或“馬祖
話”。馬祖因四周環海又多風，當地居民多利用花崗石塊，沿著山坡地興建，其結構多為方正雙層獨棟建筑，窗戶小開于高處，窗以石條為骨架，屋脊為曲線造型如火焰燃燒般的“封火山墻”，屋頂以紅或灰瓦覆蓋并于接縫處壓上石頭，以防強烈海風吹刮侵襲。部分房屋受到南洋的歐式建筑影響，俗稱“洋樓”或“蕃囝搭”。
中國國民黨敗退臺灣后，馬祖進入近40馀年之戰地政務與軍事相關管制，所有皆劃為軍事重地。隨處可見結構復雜的軍事建筑、鬼斧神工的地下坑道及港口、據點、炮座、訓練場所、軍醫院等軍事設施，深具獨特戰地風光。自1992年11月7日起正式解除戰地政務后，軍方已陸續開放不同類型之軍事觀光資源，交由連江縣政府與國家風景區管理處經營供游客參訪。
地理
列島北起東引鄉北岸（26度23分）；南到莒光鄉林拗嶼南岸（北緯25度56分）；極東東引鄉世尾山東岸（東經120度30分）；極西為南竿鄉津沙村西岸（東經119度51分）。距離臺灣島114海、離金門縣152海浬、澎湖180海浬與閩江口相距約54海浬，離福建省沿海約10多海浬。列島的陸域面積為29.52平方公里，全縣各島海岸線總長為133公里。
地質條件上為花崗石錐狀島嶼，地勢起伏大且陡峭。北竿島的壁山標高294米，為馬祖列島第一高峰。南竿第一高峰是云臺山，標是248米，己列為臺灣小百岳之一。
地形多谷地、灣澳，海岸地區花崗質巖石，受風化及波浪侵蝕作用，多崩崖、險礁、海蝕柱、海蝕門等地形，部分灣澳地區經過沖積與堆積作用形成沙灘、礫石灘、卵石灘。全縣4鄉只有東引沒有沙灘。
氣候
馬祖地區屬亞熱帶海洋性氣候，四季分明，冬冷潮濕，春夏交際多霧，秋天氣候平均較為穩定。馬祖的緯度略高于臺灣北部（約一度），惟因靠近中國大陸的大陸型氣候，氣溫比臺北市低，年平均溫度為攝氏度18．6度，早晚溫差亦大，每年氣溫12月至2月間最低，3月份以后慢慢上升；7、8月氣溫最高，月平均溫度在29度左右，此后逐漸下降，2月份月均溫最低，僅10度左右。
風速在10月至翌年3月間，大陸冷氣團南下，有強烈東北季風吹襲，故風速最大；尤其是3至5月間，開始吹南風形成多南岳云霧茶的天氣，即為平流霧。每年春天，南風從臺灣海峽帶來暖濕空氣，和氣溫較低的馬祖地面、水域接觸，便形成濃霧。平流霧的厚度可達七、八百米以上，天氣好時的日間太陽幅射最多只能消除云層頂部一部分，因此；如果平流霧歷久不散，能見度驟降，這就是為何馬祖地區的航班常常于此季節飛飛停停的原因。
馬祖地區全年降雨量多集中于4至5月，臺風則多發生于7、8月，年平均雨量約1060公厘，不到臺灣雨量的一半，雨季集中在4至9月的梅雨季及臺風季。
物產
特產美食：馬祖的美食有清蒸黃魚、青口貝、筆架、東莒光蛤、魚面、黃金餃、蘿卜絲餅、紫菜、繼光餅等，特產有八八坑道高粱、東涌陳高、魚面、黃魚、紅曲米、米醋、馬祖酥、芙蓉酥、黃金餃、金銀花茶等。
繼肉光餅，相傳中國明朝大將戚繼光曾鎮守于馬祖清剿倭寇，為了能夠在執行任務的時候還能填飽肚子，戚繼光將軍將圓型的面餅中間戳一個洞，讓烤熟以后的面餅可以穿過繩子綁在腰間或胸口，方便將士們行軍、執行任務時食用，因而得名。
麥蔥，在馬祖俗稱野蔥，這種野蔥普遍生長于北竿鄉的山坡地，每到冬、春兩季，就是野蔥生長的旺季，在懷道樓(以前的831)旁的山坡地、莒光堡旁的山坡地一帶生長的最多最易摘采。
觀光資源
馬祖地區在解除戰地政務以后，軍事重地一一解禁成為民眾觀光的景點，而馬祖列島的多山、巖礁、巖岸地形，也造就了許多值得觀光的美景，縣政府特別針對觀光這塊市場進行推動馬祖五島四鄉的觀光資源。
北竿鄉：
塘后道沙灘：北竿鄉最著名的景點，這座沙灘早年的時候是連接北竿島塘岐村、后澳村的重要聯外道路，每當漲潮的時候，海水會淹沒塘后道沙灘，使得后澳村成為海外孤島。現今的塘后道沙灘，為了兩村聯絡方便，特別鋪設了水泥道路，但這也使得原本塘后道沙灘漲潮就被淹沒的特色消失；塘后道沙灘還有一個特點，南岸屬于沙灘，北岸屬于泥灘，同一個沙灘沙質有兩種區別。
后澳村：后澳村大致仍屬軍事據點，以戰爭與和平紀念公園、螺蚌山自然生態步道為主；戰爭與和平二二八紀念公園里面放了很多臺灣早期在使用的軍事器材，而在戰爭與和平紀念展覽館里面，則放有臺灣早期使用的輕兵器、中國大陸心戰文宣等裝備。
芹壁村：被認為是北竿最美麗的村落，保存著大量古早海盜時期的石屋，由于居民大多數搬離，導致石屋欠缺人管哩，以致損毀的損毀傾頹的傾頹，而在北竿鄉公所的努力下，除了保留一些原始的石屋外，陸續修復受損的石屋并改建為民宿。
午沙村：介于上村、塘岐村之間，屬于沙灘旁的小村落，在白沙港尚未啟用之前，此處屬于重要的軍港，北竿鄉的物資多半由此運進，但是在白沙港啟用以后，午沙港漸漸失去重要性，解除戰地政務后，作為戰時掩蔽的午沙坑道也解禁，目前北竿鄉公所正在架設內部的照明、通聯等線路以開放給民眾觀光。
坂里村：坂里村界于坂山、里山之間，屬于北竿鄉難得的平原地形，此處出產的農業曾經供給北竿鄉民大量的食物，而坂里村的特色就是擁有開闊的沙灘。
南竿鄉：
天后宮：馬祖之名，即是由媽祖而來。相傳媽祖生前入海營救父兄不幸罹難之遺體，即漂流至今南竿馬祖村澳口處，千年來香火鼎盛，并分布于四鄉五島，為居民最主要之信仰中心。
東莒：
大浦聚落：大埔聚落保存著馬祖算是最完整的石屋聚落，不但石屋保存的完整，早期漁民使用的漁網、居民的床鋪、衣櫥、廚具、都保有著古早的味道。
大浦石刻：清代福建巡府董應臺為了贊許駐守東莒光的沈有容不費一兵一卒智平60于名倭寇的事跡所刻的(國家三級古跡)。
福正聚落：也算石屋保存完整的地方，但是建造風格、規模卻是跟大埔聚落的大相廷，在福正聚落最重要的就是有百年歷史的燈塔：東犬燈塔，此燈塔是從前洋人為了能保障通商行船的安全所建造，除了燈塔尚能發光以外，還保存著當年洋人辦公的房舍、宿舍等等，目前正由莒光鄉公所修繕并開放給民眾參觀。
東犬燈塔：東犬燈塔創建于西元1872年，東犬燈塔為臺灣第一批采用花崗石建造的洋式燈塔，樓高四層，由塔身、塔燈及塔三部分組成，長年以來保存相當完好，其空間構造甚具特色，是研究清代洋式燈塔的重要實例。東犬燈塔，塔座系由花崗石砌造，空心圓筒形平面，座身向上微收，內做螺旋石梯，盤旋直上。座頂疊澀出檐，上設工作平臺，外圍鑄鐵欄桿，塔頂安圓拱形鑄鐵燈罩以及圓標。東犬燈塔由地面至風標的總高為六十四英尺，即一九點五米。其基地呈長方形，長約一八四米，寬約六一．五米，面積約一二三一六平方米。但1978年，臺灣地區因戰備需要，將西南角圍墻拆除約五十米，故目前面積約一○五四九平方米。
東引鄉：
東涌(東引)燈塔：西元1904年建成，由英國人設計、監造，塔高三層，由塔身、塔燈及塔頂等三部分組成。塔身由一米厚的紅磚組成，塔燈為鑄鐵構造。燈塔面向臺灣海峽，建在東引島東北世尾山的懸崖之上，其造型及附屬房舍均承襲十八世紀英式建筑的簡潔、優雅風格，素有“東引別墅”之美名。
烈女義坑：傳說，清朝末年，一漁人遭海盜殺害，漁人之妻不愿受辱，在此跳崖自殺，后人感念烈女殉節義舉，乃命名為烈女義坑。山崖距海高達數十丈，氣勢奇偉，是拍照留念的最佳景點之一。
一線天：位于烈女義坑不遠的軍事據點，在兩垂直相臨的山崖中，軍事坑道靠一座水泥橋相連，橋面距海面數十丈，氣勢懾人。旅客參觀一線天之前，須先前往東引游客服務中心申請參觀證，經衛兵陪同下，前往參觀、拍照。由于一線天目前仍屬重要軍事基地，除非經由地方軍事首長允許，一般旅客不可進入坑道內參觀。
交通
馬祖→臺灣(本島)：由于馬祖位于臺灣海峽，對外交通主要是搭船或搭飛機，就交通狀況來說，最保障的是搭船，畢竟千噸級的臺馬輪，除非遇上臺風或者惡劣海象，否則通常都會開航，航線也照著先馬(馬祖)后東(東引)或者先東后馬的日子跑，單趟大約八小時，票價單趟是新臺幣1000~1800元。
搭飛機單趟臺北市→北竿大約40～50分，臺北→南竿也大約是這時間，但是票價比較貴，大概單趟要新臺幣2000左右，如果在春秋兩季，搭乘飛機要特別注意，因為馬祖氣候關系，在這兩個季節常常因為能見度不佳關場，有時候很快就能起降，有時因為能見度不佳關場做成連續停航。
目前有直升機飛航南竿、東引與臺灣之間，由中興航空公司飛航，但還在試辦階段。在飛航審核機制及票價上亦有相關規定：冬季一至三月、十至十二月時，(1)在海運及固定翼飛機均停航時。(2)不影響緊急醫療救護前提下。(3)實際載客人數每趟來回合計達六人以上情形時，在當日下午即予啟動飛行直升機航班，若搭載人數多達十四人以上時，啟動第二趟。票價較固定翼飛行貴上許多，南竿←→松山：設籍旅客單趟4,700元，非設籍旅客單趟12,300元；東引←→松山：設籍旅客單趟3,500元，非設籍旅客單趟9,400元。
馬祖各島之間的聯系：馬祖各島嶼之間聯系，距離比較近的，南竿→北竿，東莒→西莒，早期靠的是一般的小游艇，在面對惡劣海象的時候顯的危機重重，今年，南北竿的交通船，引進了新型的游艇“吉順輪”，通過臺灣海峽考驗的吉順輪，由于行駛速度更快、更穩、載客量更大，給了南北竿鄉民一個舒適還有保障。東西莒交通船用的都還是一般的輕型小游艇。
各島嶼之間距離較遠的，南竿→莒光，南竿→東引，則是用較大的船舶，南竿到莒光的交通船“順風輪”是屬于載客量高達近百人的中型游艇。東引→南竿的交通船則是臺馬輪，航程大約兩小時，票價新臺幣350元；另外，這兩個地方另外有直升機作為緊急運輸的交通工具。
馬祖→中國大陸(馬尾鎮)：馬祖應地理位置離中國大陸來的比臺灣本島近，因此于2001年1月1日開始實行辦理“小三通”客運，由南竿福澳港與福州馬尾進行“兩馬‘小三通’”。現階段每日兩班次。
參考資料 >
馬祖島.中國航空旅游網.2024-01-04