脫氧核苷[gān]酸(英語:deoxyribonucleotide),全稱脫氧核糖核苷酸,是脫氧核糖核酸(DNA)的小分子單體,是構成生物體遺傳物質DNA的物質基礎。
每個脫氧核糖核苷酸包括三個部分:一個堿基、一個脫氧核糖和一個磷酸基團。脫氧核苷酸的堿基由6-氨基嘌呤(adenine,縮寫為A)、胸腺嘧啶(thymine,縮寫為T)、鳥嘌呤(guanine,縮寫為G)和胞嘧啶(cytosine,縮寫為C)組成,脫氧核糖核苷酸的體內合成包括從頭合成途徑和補救合成途徑,其中從頭合成途徑以核糖核苷酸為原料,而補救合成途徑以核苷和堿基為原料進行重新組裝。脫氧核苷酸是生物體傳遞遺傳信息的重要分子。決定生物的多樣性的就是脫氧核苷酸中四種堿基腺嘌呤(adenine,縮寫為A)、胸腺嘧啶(thymine,縮寫為T)、胞嘧啶(cytosine,縮寫為C)和鳥嘌呤(guanine,縮寫為G)排列順序的不同。四種堿基沿著DNA長鏈排列在內側,其排列順序儲存著遺傳信息。
脫氧核苷酸廣泛用于生物醫藥領域的實驗室研究,其中多聚脫氧核糖核苷酸(PDRN)為重要衍生物。
發展歷史
20世紀中期,英國化學家 Alexander Todd 成功將核苷酸分離并研究了核苷酸的化學組成結構,成功合成了多種核苷酸。而西班牙裔美國生物化學家 Severo Ochoa 研究了核苷酸的合成機制,并成功制備出了核苷酸合成酶,為生物合成核苷酸的研究奠定了基礎。
命名規則
核苷酸的命名通常由其堿基、核糖和磷酸組成部分的名稱組合而成。
脫氧核糖是由四種堿基(6-氨基嘌呤、胸腺嘧啶、鳥嘌呤和胞嘧啶)、脫氧核糖和磷酸組成的。因此,其命名方式為:堿基名稱+脫氧核糖+磷酸,例如腺苷酸(腺苷 monophosphate,AMP)、鳥苷酸(Inosine monophosphate,IMP)等。
分類
根據連接的磷酸基團的數目多少,核苷酸可分為核苷一磷酸(nucleoside 5'-monophosphate, NMP) 、核苷二磷酸 (nucleoside 5'-diphosphate, NDP) 核苷三磷酸 (nucleoside 5'-triphosphate , NTP) 。
根據堿基類型的不同,可進一步分為:單磷酸脫氧腺嘌呤核苷(dAMP)、脫氧腺苷二磷酸(dADP)、脫氧腺苷三磷酸(dATP)、脫氧鳥苷單磷酸(dGMP)、脫氧鳥苷二磷酸(dGDP)、脫氧鳥苷三磷酸(dGTP)、脫氧胞苷一磷酸(dCMP)、脫氧胞苷二磷酸 (dCDP)、脫氧胞苷三磷酸(dCTP)、(脫氧)胸苷一磷酸(dTMP)、(脫氧)胸苷二磷酸(dTDP)、(脫氧)三磷酸胸苷(dTTP)等。
基本結構
脫氧核苷酸的基本結構包括三個部分:一個五碳糖分子、一個堿基和一個磷酸基團。含氮堿基與脫氧核糖的1'號位碳結合,磷酸基團與脫氧核糖的5'號位碳原子結合,脫氧核糖的2'號位碳原子鏈接的是H原子而不是-OH 。
五碳糖分子是核苷酸中的一個重要組成部分,脫氧核糖核酸是脫氧核苷酸中的五碳糖,脫氧前綴表示它缺乏與核糖(核糖核酸或RNA中的糖)的2-碳原子相連的氧原子,而2-羥基的缺失進一步增加了它對水解的抵抗力,具有更強的化學穩定性,使DNA分子更加穩定,適合存儲遺傳信息。
含氮堿基是核苷酸中的第二個重要組成部分,DNA中有四種不同類型的堿基:6-氨基嘌呤(Adenine,A)、鳥嘌呤(Guanine,G)、胸腺嘧啶(Thymine,T)和胞嘧啶(Cytosine,C)。這些堿基可以形成互補聯會,從而在脫氧核糖核酸中進行遺傳信息的傳遞。具體而言,腺嘌呤和胸腺通過雙氫鍵配對,鳥嘌呤和胞嘧啶通過三氫鍵配對。
磷酸基團是核苷酸的第三個重要組成部分,它與五碳糖分子上的羥基(-OH)或脫氧糖的氫原子(-H)連接,形成磷酸BOBBIN。每個核苷酸分子中有一個或多個磷酸基團,磷酸基團的存在使得核苷酸能夠連接成鏈狀結構。每個磷酸二鍵帶一個負電荷。這種負電荷排斥親核物質,如氫氧根;因此,磷酸二酯鍵比其他酯更不容易受到水解攻擊,例如羧酸酯。這種抗性對于維持存儲在核中的信息的完整性至關重要。
合成
生物體內合成
脫氧核苷酸的合成包括從頭合成途徑和補救合成途徑。在從頭組裝途徑中,脫氧核糖核苷酸是通過相應核糖核苷酸還原,以H取代其核糖分子中C2上的羥基而生成,而非從脫氧核糖從頭合成。此還原作用是在二磷酸核苷酸(NDP)水平上進行的。(此處N代表A、G、U、C等堿基)。催化脫氧核糖核苷酸生成的酶是核糖核苷酸還原酶(ribonudeotide 還原酶,RR)。
相反,補救途徑涉及通過核酸降解產生的核苷和核堿基的再利用。核堿基通過與5 -磷酸核糖基- 1焦磷酸(PRPP)的反應被修復,該反應由磷酸核糖基轉移酶催化,而核苷則通過核苷激酶被修復。
人工合成
目前,生產脫氧核苷酸常用鮐魚魚精提取脫氧核糖核酸,再運用酶解法降解脫氧核糖核酸得到四種核苷酸(dAMP、dGMP、dCMP和dTMP)的混合物,然后經陰離子交換樹脂分離純化可以得到四種核苷酸的純品。
分布情況
脫氧核苷酸存在于細胞核和線粒體中。存在于細胞核中的脫氧核苷酸可作為構成基因序列的單體分子。此外,脫氧核苷酸的代謝產物還可以存在于內環境中,參與生理功能的調節和代謝產物的排泄等過程。
研究表明,真核生物必須保持兩個功能不同的脫氧核苷酸分布區域——一個區域用于脫氧核糖核酸的核復制和修復,位于細胞核,主要在有絲分裂的S階段,另一個用于線粒體DNA(mtDNA)復制,分布于線粒體,可以存在于整個細胞周期。
功能
脫氧核苷酸的功能是作為DNA的合成原料傳遞遺傳信息。脫氧核苷酸是DNA的基本組成單位,是構成生物體遺傳物質DNA的物質基礎。決定生物的多樣性的就是脫氧核苷酸中四種堿基,它沿著DNA長鏈排列在內側,其排列順序儲存著遺傳信息。脫氧核苷酸通過堿基聯會的方式傳遞生物體的遺傳信息,對生物體的生長、發育至關重要。脫氧核苷酸為白細胞、血小板、T淋巴細胞及NK細胞的增殖提供脫氧核苷酸原料,刺激上述細胞的增殖及分化成熟,促進骨髓釋放白細胞,提高白細胞水平,減少重度骨髓抑制發生率,提高免疫功能,減少感染的發生。
應用
在醫藥上的應用
多聚脫氧核糖核苷酸是重要的脫氧核苷酸衍生物,是一種脫氧核糖核苷酸的混合物(Polydeoxyribonudeotide),即PDRN,由三文魚精液脫氧核糖核酸純化提取而來,具有促進組織再生和有效緩解炎癥的功能,在人體皮膚、韌帶和腱膜的再生修復方面效果顯著。PDRN已被證明在治療濃度下可提高原代培養物中許多細胞(如成纖維細胞、軟骨細胞、前脂肪細胞和成骨細胞)的生長速率,改善血管生成,促進成骨細胞活性,增加膠原蛋白的合成,進而促進組織的再生修復。其促進血管生成的能力還可用于外周動脈閉塞性疾病的治療。
近期研究表明,PDRN可與水凝膠交聯合成治療性水凝膠,促進糖尿病患者的損傷愈合。
PDRN目前已上市,生物相容性和人體耐受性良好,并且在幾項臨床試驗中顯示出較高的安全性。例如,kim等人運用隨機對照臨床試驗證實術后早期注射PDRN是一種有效且安全的治療方法,可促進傷口愈合預防增生性疤痕。
實驗室應用
脫氧核苷酸在實驗室中廣泛應用于生物學研究。例如,PCR(聚合酶鏈式反應)是一種在分子生物學中常用的技術,可以擴增特定脫氧核糖核酸序列。在PCR反應中,需要使用DNA聚合酶和一系列的核苷酸作為反應原料,核苷酸的序列將用于確定擴增的特定DNA序列。核苷酸還可應用于轉染等基因工程技術。
參考資料 >
Polydeoxyribonucleotide: A Promising Biological Platform to Accelerate Impaired Skin Wound Healing.ncbi.2023-08-06
Lord Todd.nobelprize.org.2023-04-11
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