1950年的西南交通大學物理學院化工系成立；2000年西南交通大學生物工程系成立；2005年，更名為西南交通大學生物工程學院； 2008年7月，生物工程學院與藥學院（籌）合并組建生命科學與工程學院。
據2023年5月學院官網顯示，學院開設2個系、一個實驗中心，開辦2個本科專業；學院在校本科生1000余人，碩（博）研究生500余人。現有教職工73人，其中專任教師61人，教授、副教授40余人，有一批雙聘院士、教育部新世紀人才、國家藥典委員會委員、四川省學術學科帶頭人及后備人選等優秀人才。截至2023年5月，學院擁有2個學術學位一級學科碩士點、1個學術學位二級學科碩士點、2個專業碩士學位領域。
歷史沿革
1950年，西南交通大學物理學院（現西南交通大學）化工系成立。
1952年，全國高校院系調整，化工系主體調整至天津大學，保留部分組建化學教研室，承擔全校工科化學基礎課教學。
2000年，西南交通大學隸屬關系由原鐵道部劃歸教育部直屬以后，學校拓寬學科專業面，并以國家西部大開發戰略和生物醫藥產業迅速發展為契機，依托西部生物資源和中藥產業優勢，在原化學教研室基礎上設立了西南交通大學生物工程系。
2002年，學校在峨嵋校區設立了西南交通大學藥學院（籌）。
2005年，西南交通大學生物工程學系更名為西南交通大學生物工程學院。
2008年7月，根據學校學科優化與調整方案，生物工程學院與藥學院（籌）合并組建西南交通大學生命科學與工程學院。
科學研究
科研平臺
據2018年2月學院官網顯示，學院實驗室總面積約6000平方米，各種科研儀器設備3500余臺套，儀器設備總資產合計約3500萬元。
截至2016年7月，學院擁有1個國家中醫藥管理局二級實驗室，開設4個研究所、5個研究團隊。
國家中醫藥管理局二級實驗室：國家中醫藥管理局中藥化學二級實驗室
學院研究所：中藥學研究所、應用化學研究所、生物工程研究所、生物化學與分子生物學研究所
學院研究團隊：小分子創新藥物研究團隊、重大疾病新藥創制團隊、生物信息學與功能基因組學研究團隊、生物技術制藥及載藥納米材料團隊、抗感染防治新策略團隊
科研成果
據2018年2月學院官網顯示，學院在天然藥物研究方面，系統研究了厚樸、蜘蛛香、峨參、蓽撥、山胡椒屬植物等一批天然藥用植物的化學成分、作用機理等，獲得了十余項發明專利，并得到了國家科技部“重大新藥創制”等項目的資助；在生物制藥方面，獲得具有強抗癌作用的小分子多肽（自主知識產權）研究成果；與企業合作，聯合開發具有多種功效的民間中藥產品，相關產品已獲得地方消字號批文，并進入了實際生產和銷售，衍生產品即將獲得醫院制劑批文；研究了多種微生物及其代謝產物的治療及保健作用，獲得國家自然科學基金的資助；開展了蛋白類藥物結腸釋放劑型的研究，成功合成了這類劑型所需的包裹材料；主持或承擔包括國家自然科學基金、國家863、973、國家科技基礎條件平臺、四川省科學技術廳、省中醫藥管理局等國家和省部級項目以及橫向各類項目。
2017年，獲國家自然科學基金立項資助8項，其中面上項目3項，青年基金5項，資助經費307.5萬元。
教育教學
院系專業
學院現有生物工程和制藥工程兩個本科專業，均為國家級一流本科專業建設點，制藥工程已通過國家工程教育專業認證，生物工程為四川省特色專業。
學科建設
截至2023年5月，學院現有藥學、生物學兩個一級學科碩士學位授予點以及生物與醫藥、藥學兩個碩士專業學位授權類別，并在材料科學與工程專業獨立招收藥物與載體材料方向博士研究生。
據2018年2月學院官網顯示，學院依托材料科學與工程博士點（創新藥物與載體材料方向）招收博士生。
學院生物學科專業教師的研究領域與研究方向覆蓋“生物信息學”、“生物化學與分子生物學”、“植物學”、“微生物學”、“遺傳學”、“發育生物學”、“細胞生物學”、“生態學”等二級學科，并與醫學、農學、工學等大類學科交叉、融合。
學術學位二級學科碩士點：生物化學與分子生物學、微生物與生化藥學、生物化工
師資力量
據2018年2月學院官網顯示，學院共有教職工近100人，其中專任教師70余人，其中中國科學院院士（雙聘）1名，長江學者、國家杰出青年基金獲得者1名，教授13人，副教授36人，60%以上的教師具有博士學位，50%以上的教師具有國外學習或工作的經歷。
中國科學院院士（雙聘）：隋森芳
長江學者特聘教授：李衛東
國家杰出青年基金獲得者：李衛東
教學建設
據2018年2月學院官網顯示，學院擁有1個四川省特色專業，生物工程專業與美國佐治亞州立大學設立（3+1）有本科教育培養項目，與美國喬治亞州立大學設立（1+2）研究生聯合培養項目。
四川省特色專業：生物工程學。
學校文化
形象標識
院徽由一個實驗瓶里長著一顆小樹的圖案構成，寓意對生命科學的研究。1896是交大的創建時間。
精神文化
交大精神：實揚華，自強不息
學校傳統：嚴謹治學、嚴格要求
參考資料 >
歷史沿革.bioeng.swjtu.edu.cn.2019-12-28
科學研究.bioeng.swjtu.edu.cn.2019-12-28
生命科學與工程學院及專業介紹 （2016最新版）.西南交通大學生命科學與工程學院微信公眾號.2018-02-06
教育教學.bioeng.swjtu.edu.cn.2019-12-28