蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域（英語(yǔ)：protein domain）是蛋白質(zhì)中的一類(lèi)結(jié)構(gòu)單元，是構(gòu)成蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)的基本單元。在較大的蛋白質(zhì)分子中，由于多肽鏈上相鄰的殘基構(gòu)成緊密聯(lián)系，形成兩個(gè)或多個(gè)在空間上可以明顯區(qū)別的局部區(qū)域。結(jié)構(gòu)域與分子整體通過(guò)低價(jià)鍵超連，一般難以分離，這是它與蛋白質(zhì)亞基結(jié)構(gòu)的區(qū)別。
基本內(nèi)容
一般每個(gè)結(jié)構(gòu)域由100~300氨基酸殘基組成，各有獨(dú)特的空間結(jié)構(gòu)，并承擔(dān)不同的生物學(xué)功能。蛋白質(zhì)分子中的幾個(gè)結(jié)構(gòu)域有的相同，有的不同，而不同蛋白質(zhì)分子中的各結(jié)構(gòu)域也可以相似。如乳酸脫氫酶、3-磷酸甘油醛脫氫酶、蘋(píng)果酸脫氫酶等均屬以NAD為輔酶的脫氫酶類(lèi)，它們各自由2個(gè)不同的結(jié)構(gòu)域組成，但它們與NAD結(jié)合的結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)則基本相同。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域在空間上具有臨近相關(guān)性：即在蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)上相互臨近的殘基，在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的三維空間結(jié)構(gòu)上也相互臨近，而在蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)上相互遠(yuǎn)離的氨基酸殘基，在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的空間結(jié)構(gòu)上也相互遠(yuǎn)離，甚至分別屬于不同的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域。
背景
結(jié)構(gòu)域（domain）的概念首先在1973年由Wetlaufer在研究母雞溶菌酶和木瓜蛋白酶的X射線晶體學(xué)研究和對(duì)有限的免疫球蛋白的蛋白水解研究后提出。Wetlaufer將結(jié)構(gòu)域定義為可以自主折疊的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定單位。在自然中，通常將幾個(gè)結(jié)構(gòu)域結(jié)合在一起以形成具有大量可能性的多結(jié)構(gòu)域和多功能蛋白質(zhì)。在多結(jié)構(gòu)域蛋白中，每個(gè)結(jié)構(gòu)域可以獨(dú)立地或以與其鄰居協(xié)同的方式實(shí)現(xiàn)其自身的功能。結(jié)構(gòu)域可以用作構(gòu)建大組裝體如病毒顆粒或肌肉纖維的模塊，或者可以提供在酶或調(diào)節(jié)蛋白中發(fā)現(xiàn)的特異性催化或結(jié)合位點(diǎn)。
類(lèi)型
全alpha結(jié)構(gòu)域是由α尾旋和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)環(huán)連接而成。而相對(duì)的全beta結(jié)構(gòu)域是只含有不重復(fù)的beta折疊構(gòu)成。混合alpha/beta是指含有螺旋-轉(zhuǎn)角-螺旋這類(lèi)結(jié)構(gòu)模體的超二級(jí)結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)域，alpha+beta結(jié)構(gòu)域含有alpha螺旋和beta折疊二級(jí)結(jié)構(gòu)且沿著肽鍵排列。
例子
EF手是在信號(hào)傳送鈣調(diào)蛋白的所有結(jié)構(gòu)域和肌肉蛋白質(zhì)肌鈣蛋白C中發(fā)現(xiàn)的一種螺旋-轉(zhuǎn)角-螺旋結(jié)構(gòu)域。Src同源2結(jié)構(gòu)域（SH2結(jié)構(gòu)域）通常在信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白中發(fā)現(xiàn)，賦予與磷酸化酪氨酸（pTyr）結(jié)合的能力，命名為src病毒癌基因的磷酸酪氨酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域，其本身是酪氨酸激酶。鋅手指脫氧核糖核酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域（ZnF_GATA）含有ZnF_GATA結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)通常是與啟動(dòng)子的DNA序列[AT]GATA[AG]結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。
參考資料 >