根據（廈委〔2010〕40號）文件精神，設立廈門港口管理局，為市人民政府工作部門，副廳級。
根據《中共福建省委辦公廳、省人民政府辦公廳關于印發〈廈門市人民政府機構改革方案〉的通知》（閩委辦〔2010〕87號）和《中共廈門市委、廈門市人民政府關于廈門市人民政府機構改革的實施意見》
主要職責
（一）貫徹國家有關港口、航道和沿海水路運輸的法律法規和政策，起草港航地方性法規、規章和政策，制定港口章程，并組織實施。?
（二）負責制定港口、航運發展戰略及航運、港口物流發展規劃，擬訂港口總體規劃；負責全港水陸域的分配使用，依法負責使用岸線的管理工作。?
（三）承擔全港水運建設市場的監管責任。依法負責全港水運工程建設項目和港區范圍內配套工程建設項目設計、招投標、質量、安全及建設的監督管理。?
（四）承擔全港港口公共基礎設施的建設、維護和管理責任。?
（五）承擔全港港口、航運市場的監管責任。負責轄區內屬于地方政府管理權限的港口經營和國際海上運輸、沿海水路運輸行業行政管理，負責沿海、國際航線的備案受理工作；牽頭組織協調國家重點物資和緊急、特種物資以及軍事、搶險救災物資的水路運輸和港口作業，會同有關部門做好港口集疏運組織管理工作；指導局直屬單位及相關區級涉港運輸行政管理部門開展相關業務工作。?
（六）負責進出港船舶靠離泊位的調度安排，會同海事管理機構實施港口內船舶通航管理，指導全港引航工作。?
（七）承擔國家港航行政規費征收、代征責任，會同有關部門監督管理港口和水路運輸企業經營性收費項目和標準。?
（八）負責港航信息的采集、統計、分析、報送和發布工作。?
（九）負責港口安全生產監督管理和應急處置工作；負責港口危險貨物裝卸、堆存的監督管理；負責港口設施保安工作；參與港區治安、交通、消防、衛生等管理工作。?
（十）承擔港口信息化工作的規劃、建設和管理責任；指導港口重大技術改造，組織港口大型機械設備的技術檢測；指導港口、航運行業環境保護和節能減排工作。?
（十一）組織、指導、監督全港港口、航道、水運、水運工程質量監督的行政執法工作，依法承擔有關行政訴訟應訴職責。?
（十二）組織開展港口物流業發展研究，推動多式聯運發展；會同有關部門協調口岸查驗單位優化港口通關環境，推動內陸腹地“無水港”建設發展。?
（十三）負責港口對外交流工作，組織開展港口經濟技術合作，聯系國際港口協會，發展國際友好港口；組織制定對臺通航發展規劃和方案，指導港航企業發展對臺通航具體工作，聯系海峽兩岸航運交流協會和臺灣省相關港航單位。?
（十四）負責聯系中國人民解放軍駐廈門航務軍事代表辦事處，組織協調全港戰備和軍事運輸工作，保障各項戰備與軍事運輸任務的完成。?
（十五）承擔水路運輸行業管理行政職能。
（十六）承擔航道管理行政職能。
（十七）承辦市委、市政府交辦的其他事項。?
機構設置
根據上述職責，廈門港口管理局設10個內設機構：
（一）辦公室（廈門港交通戰備與軍事運輸辦公室）
協調局機關和直屬單位政務工作，承擔局機關內部規章制度建設工作；負責局綜合性文稿的起草和重要會議的組織工作；負責上級機關和局決定的有關重大事項辦理情況的檢查督辦工作，以及人大議案、代表建議和政協提案的辦復工作；負責局政府信息公開及門戶網站建設與維護工作；負責局政務信息、新聞宣傳、文書檔案、機要保密、機關效能、信訪、接待等工作；承擔港口戰備和軍事運輸協調管理職能，聯系中國人民解放軍駐廈門航務軍事代表辦事處。
（二）廈門港口管理局政策法規與外事對臺處
負責港航法律法規和中央對臺航運政策的研究；組織擬訂港航行業年度立法計劃和局依法行政規劃；組織擬訂港航行業地方性法規、規章、政府規范性文件；負責局制定的規范性文件的審查、報備和解釋；負責有關國際公約履約的指導、咨詢工作；指導局執法隊伍建設，監督局屬執法機構開展行政執法工作，負責港航行政違法案件的立案審批；負責港航行政許可、備案項目的合法性審查、監督和協調；承辦行政應訴工作；負責聯系友好港口、國際港口協會，推動國際航運交流與合作；承辦局工作人員因公出國（境）團組、外派國際職員外事手續的報批工作；組織擬訂對臺通航發展規劃，指導轄區內港航企業對臺航運談判；承擔海峽兩岸航運交流協會和臺灣省相關港航單位的日常聯系工作以及港航涉臺事務的審查報批工作。
（三）廈門港口管理局財務審計處
負責編制局財務預算、基本建設財務計劃和港口公共基礎設施建設資金使用計劃；審核局直屬單位財務預決算，檢查分析局財務預算和基本建設計劃執行情況；負責港航行政規費征收管理和稽查工作；負責局機關會計核算和固定資產管理工作；指導局直屬單位財務會計工作，監督局撥資金的使用；按規定負責港航基礎設施專項資金的撥付、監督和管理；負責局機關和直屬單位財務執行情況的審計調查，承擔局直屬單位領導人員的任期（離任）經濟責任審計工作；擬訂局內部財務管理制度，承擔局機關和直屬單位內部控制制度健全性和有效性以及風險管理的評審工作。
（四）廈門港口管理局綜合規劃處
擬訂全港港航發展戰略、中長期發展規劃和年度計劃并組織實施；負責擬訂港口總體規劃和各港區規劃，經批準后組織實施；參與擬訂航道發展規劃、港口科技信息化發展規劃和港口現代物流業發展規劃；參與擬訂臨港產業布局和發展規劃，會同有關部門擬訂港口集疏運規劃；研究提出港航固定資產投資規模和方向、財政性資金安排建議，提出利用外資和社會資金投資的規劃并組織實施；負責組織水運工程基本建設項目的可行性論證、立項行業審查、工程可行性評估，以及政府投資和利用外資的港航基礎設施項目的前期工作和后期評價；負責港航設施使用港口岸線的審核、審批和港口水陸域的分配使用。
（五）廈門港口管理局建設管理處
承擔全港水運建設市場監管工作；擬訂全港年度基本建設計劃和港航公共設施維護計劃；擬訂全港航道發展規劃，提出劃分航道技術等級方案；承擔港口通航水域公共航道、錨地等港口公共基礎設施的管理工作，起草和發布航道通告；審核水運工程及其配套設施的新建、改建、擴建，以及港口內臨時性建筑物或構筑物的建設；審核可能影響港口水文條件變化的工程項目；審批港口內采掘、爆破工程和占用航道施工及修建或拆除與通航有關設施的活動；組織或參與港航工程項目的招投標和驗收工作；負責水運工程建設項目設計、施工質量和工程監理等建設市場管理；指導航道管理機構、水運工程質量安全監督機構業務工作；負責港航固定資產投資統計和水運工程建設項目的檔案資料管理。
（六）廈門港口管理局港航管理處
承擔全港港口、航運市場監管工作，指導落實港口和航運行業政策法規、技術標準和運營規范；依法實施港航市場準入制度，核發港航經營許可證件；擬訂全港指導性生產計劃和船舶靠離泊計劃，協調港口引航工作；承擔全港生產快速統計和經濟運行綜合統計分析工作；發布港航經濟運行信息，指導港航生產計劃的落實；會同有關部門監督管理港航企業經營性收費項目和標準；指導下屬港口、水路運輸管理機構和相關區級交通運輸行政管理部門航運行政工作，指導港務管理機構港口行政工作；承擔港口防臺防汛及其他災害性事故搶險救助的指揮工作；組織協調國家重點物資和緊急、特種物資的水路運輸和港口作業，指揮港口集疏運工作。
（七）廈門港口管理局安全監督與科技信息化處
承擔港口安全生產監督管理和應急處置工作，擬訂港口突發事件應急預案、危險貨物事故應急預案、重大安全生產事故旅客緊急疏散和救援預案以及預防自然災害預案，指導港航企業建立港口應急救援體系并定期組織演練；負責全港安全生產監督檢查，指導局直屬單位和相關企業開展重點碼頭、在建工程和航運企業的安全巡查，參與調查處理港口安全生產事故；承辦港口危險貨物作業場所和衛生除害專用處理場所審批；承辦港口危險貨物裝卸、過駁審批；承擔危險貨物港口作業資質以及危險化學品水路運輸單位、裝卸管理人員、押運人員資質認定工作；組織實施港口設施保安工作；會同有關部門組織港口特種作業人員持證上崗培訓和考核；承擔港航大型設備的統計工作；指導港航行業綜合治理和平安建設工作；擬訂港口科技信息化發展規劃；指導全港通信信息網絡聯網工作；組織、指導港航重大科技和信息化項目研究、交流、推廣及成果申報；指導港航行業環境保護、節能減排、技術改造和自主創新；會同有關部門管理港區交通、消防、衛生等工作。
（八）廈門港口管理局港口物流處
擬訂港口現代物流業發展規劃和年度計劃；協調港口水運與公路、鐵路、航空、管道運輸的銜接；承擔市推動拓展港口腹地工作小組辦公室的具體工作，參與擬訂港口腹地規劃，協調內陸腹地“無水港”開發建設、配套鐵路班列運輸等相關工作；組織、指導港口對腹地的推介活動，開展港口項目招商引資工作；收集和分析發展港口現代物流業綜合信息，組織開展重大港口物流課題調研，推動重大港口物流項目的實施；承擔廈門港口岸聯席會議辦公室的具體工作，聯系海關、國檢、邊檢、海事等口岸查驗單位，優化港口通關環境；承擔港航系統各類學會、協會等社團的管理工作。
（九）廈門港口管理局組織人事處
負責局直屬單位領導班子建設和干部隊伍建設；負責局機關工作人員思想政治教育，指導局直屬單位開展思想政治工作；負責港航系統干部人事工作的宏觀管理和指導，歸口管理和協調專業技術職稱評聘、人才交流、智力引進工作；負責局機關和直屬單位機構編制、人事、勞動工資、社會保障和干部職工教育培訓工作；按照干部管理權限管理干部人事檔案，負責辦理局工作人員因公、因私出國（境）政審等工作。
（十）廈門港口管理局離退休干部工作處
負責局離退休干部待遇審核辦理及其安置工作；組織離退休干部開展相關活動；負責離退休干部的服務、管理工作；指導、檢查、督促局直屬單位離退休干部政策的落實和遺留問題的協調處理。
（十一）機關黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。
獲得榮譽
2018年5月28日，入選中共福建省委文明辦“第十三屆福建省文明單位”候選名單，并向社會公示，接受群眾監督。
對外合作
2023年8月4日，中遠海運集運、中遠海運港口與廈門建發集團有限公司、國貿、廈門象嶼集團有限公司三大國企及廈門港口管理局、福建省港口集團簽署戰略合作協議。
參考資料 >
主要職責.廈門港口管理局.2022-08-03
機構設置.廈門港口管理局.2022-08-03
港航供應鏈頭部企業在廈門簽約戰略合作.界面新聞.2023-08-07