半索動物門（學名：Hemichordata）是由一類像蟲一般，生存于海底的后口動物所組成的門，通常被認為是棘皮動物的姐妹群。該門動物可追溯至寒武紀早期或晚期，包括了一類已在石炭紀時滅絕的重要化石筆石。半索動物似乎有著脊索的原始型態，但這可能只是趨同演化的結果。半索動物門主要可分成兩個綱：腸鰓綱（通常稱做柱頭蟲）和羽鰓綱。
形態構造
外部形態
身體長蠕蟲形，分吻、領、軀干三部分。吻在最前端，具體腔，吸水可膨脹；
軀干部分為鰓裂區、生殖區、肝囊區和腸區，末端為肛門。
內部結構
體腔包括一個吻體腔、成對的領體腔和成對的軀干體腔，3個部分間有隔膜。
軀干部前端兩側有鰓裂孔，咽壁有鰓裂。
軀干部細長，前部兩側向外延伸形成翼狀板，內有生殖腺，稱為生殖翼。
肛門在軀干部未端。
雌雄異體，體外受精。
生殖腺的外形相似，呈小囊狀，成對地排列于軀干前半部至肝囊區之間的背側。性成熟時卵巢呈灰褐色，精巢呈黃色。受精卵經過輻射卵裂，以內陷法形成原腸胚，再經腸腔法形成中胚層和體腔，也有前、中、后三分體腔。幼蟲與海參的短腕幼蟲相似，稱為柱頭幼蟲，游泳數日或數周后沉人水底變態為成蟲。有的種類以長有纖毛的原腸胚形式自由生活，然后直接發育為成體。發育過程類似于棘皮動物。
具原始的開管式循環系統。
主要由縱走于背、腹隔膜間的背血管、腹血管和血竇組成。背血管在吻腔基部略為膨大呈靜脈竇，再往前則進入中央竇。中央竇內的血液通過附近的心囊搏動，注入其前方的血管球，由此過濾排出代謝廢物至吻腔，在從吻孔流出體外。從血管球發出4條血管，2條分布到吻部，2條匯合成腹血管。
棲息環境
半索動物門的物種主要分布在淺海和潮間帶，營單體自由生活或集群固著生活。身體蠕蟲狀，多穴居在泥沙中，體長2-250 cm。典型的代表是柱頭蟲。大多數種類廣泛分布于熱帶海和溫帶海的沿海，只有極少數種能生存在寒帶海中。
生長繁殖
半索動物門的物種雌雄異體，體外受精。生殖腺的外形相似，呈小囊狀，成對地排列于軀干前半部至肝囊區之間的背側。性成熟時卵巢呈灰褐色，精巢呈黃色。受精卵經過輻射卵裂，以內陷法形成原腸胚，再經腸腔法形成中胚層和體腔，也有前、中、后三分體腔。幼蟲與海參的短腕幼蟲相似，稱為柱頭幼蟲，游泳數日或數周后沉人水底變態為成蟲。有的種類以長有纖毛的原腸胚形式自由生活，然后直接發育為成體。發育過程類似于棘皮動物。
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