系統(tǒng)分類學(xué)（Systematic）是研究物種的演化歷史，以及他與其它物種間的關(guān)系的學(xué)科。利用生物物種在不同的環(huán)境，地區(qū)進(jìn)行不同的演化，以基因或是基因產(chǎn)物，也就是蛋白質(zhì)的資訊，將物種演化的歷史進(jìn)行解析。比方說形態(tài)上的演化傾向等等。
概述
系統(tǒng)分類學(xué)是一門研究生物類群間的異同以及異同程度，闡明生物間的親緣關(guān)系、進(jìn)化過程和發(fā)展規(guī)律的科學(xué)。要將生物分類，首先要知道生物與非生物的定義，但是我們似乎沒有辦法準(zhǔn)確定義，以病毒來說，雖然可在其他生物體內(nèi)寄生并復(fù)製，但在生物體外卻沒有一般生物的特徵如製造或攝取營養(yǎng)，生殖等現(xiàn)象。又如引起瘋牛病的阮粒(prion)可以造成感染卻無脫氧核糖核酸成分，一直以來，DNA被視為生命遺傳物質(zhì)，經(jīng)由與核糖核酸的轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)譯過程, 形成蛋白質(zhì)，再進(jìn)一步形成組成細(xì)胞的各個部分，如細(xì)胞膜、胞器等，而細(xì)胞則是我們長久以來所認(rèn)為組成生命體的最小單位。
這種分類應(yīng)該反映不同生物體間的進(jìn)化樹關(guān)系（evolutionary tree）。分類學(xué)把生物劃分為不同的群，而系統(tǒng)學(xué)試圖尋找生物之間的關(guān)系。占主導(dǎo)地位的分類法是林奈氏分類系統(tǒng)（Linnaean），它包括一個屬名和種加詞。關(guān)于如何為生物命名的原則有很多國際協(xié)議，例如《國際植物命名法規(guī)》 （International Code of Botanical Nomenclature，簡稱ICBN）、 《國際動物命名法規(guī)》（International Code of Zoological Nomenclature，簡稱ICZN）以及《國際細(xì)菌命名法規(guī)》（International Code of Nomenclature of 細(xì)菌界，簡稱ICNB）。第四版的生物命名法規(guī)（BioCode）草案在1997年出版，它試圖在三個領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)化命名，但現(xiàn)在還沒有被正式采納?！秶H病毒命名和分類法規(guī)》（International Code of 病毒 Classification and Nomenclature，簡稱ICVCN）是不屬于生物命名法規(guī)的。
鑒定
鑒定就是用已知的分類群辨認(rèn)未知的標(biāo)本并確定它在現(xiàn)存分類等級中的正確位置。在實(shí)際生活中就是給未知標(biāo)本命名。這可以通過訪問標(biāo)本室，把未知的標(biāo)本與儲藏在標(biāo)本室中的已正式鑒定的標(biāo)本相比較來實(shí)現(xiàn)。如果實(shí)在不行，標(biāo)本可以送到該領(lǐng)域的專門機(jī)構(gòu)，請專家來幫忙鑒定。
在鑒定過程中還可以利用植物志、專著、手冊以及圖解等相關(guān)文獻(xiàn)。當(dāng)通過一種方法將未知的標(biāo)本暫時鑒定出來后，還要通過與文獻(xiàn)中這個分類群的詳細(xì)描述相比較來進(jìn)一步證實(shí)。
越來越常用的方法是將植物或植物的一部分拍照，將照片傳至網(wǎng)上，咨詢相關(guān)的專家，而這些專家通過看網(wǎng)上的這些照片把他們的意見發(fā)送給詢問者。這樣同行之間就可以在鑒定上高效率地相互幫助。
描述
分類群的描述是通過記錄植物的特征狀態(tài)而將植物的特征列出來。簡短的描述只包括那些分類學(xué)特征，而這些特征有助于將相近的分類群分開，這就形成了特征簡介，而這些特征就叫做檢索特征。一個分類群的檢索特征確定了它的界限。描述要用一定的模式來記錄（習(xí)性、莖、葉、花、萼片、花瓣、雄蕊、心皮和果實(shí)等）。對于每一特征，要列出它的特征屬性?；ǖ念伾梢允羌t的、黃的、白的等。要用半技術(shù)性的語言，用特殊的術(shù)語來描述每一特征。
地位
系統(tǒng)分類地位，檢測了法落海以及當(dāng)歸屬和獨(dú)活屬共12種代表植物的核糖體DNAITS序列，并結(jié)合GenBank中獨(dú)活屬4種代表植物的ITS序列，以羌活屬的羌活（Notopterygium incisum）作為外類群，應(yīng)用序列特征、遺傳距離與系統(tǒng)樹分析等方法對法落海的系統(tǒng)分類地位進(jìn)行了分析。結(jié)果表明，依據(jù)不同的ITS區(qū)序列會得出不同甚至截然相反的結(jié)論：若依據(jù)its1序列，法落海應(yīng)該歸屬到當(dāng)歸屬；若依據(jù)ITS2序列，法落海應(yīng)該歸屬到獨(dú)活屬。進(jìn)一步分析法落海與當(dāng)歸屬、獨(dú)活屬植物ITS區(qū)序列的堿基組成時發(fā)現(xiàn)，法落海在ITS1區(qū)擁有當(dāng)歸屬植物的序列特征，而其ITS2區(qū)擁有獨(dú)活屬植物的序列特征。綜上分析，支持法落海是介于當(dāng)歸屬與獨(dú)活屬之間的一個分類群的系統(tǒng)分類觀點(diǎn)。
特點(diǎn)
系統(tǒng)分類學(xué)中形態(tài)學(xué)或形態(tài)學(xué)特征研究有自身特點(diǎn)，與其它方面的形態(tài)學(xué)或一般意義上的形態(tài)學(xué)有所不同，這就是對形態(tài)有比較中的標(biāo)準(zhǔn)或價值判斷或加權(quán)，比如，它并不止于或并不很側(cè)重或并不太關(guān)心形態(tài)上的新發(fā)現(xiàn)和觀察新手段。不過加權(quán)并不好實(shí)際操作，很難定量化，看看數(shù)字化技術(shù)的進(jìn)一步的發(fā)展，能不能解決這個問題；但這也不是加權(quán)思想本身錯誤，而是系統(tǒng)分類本身的復(fù)雜性。
在植物分類中，性狀的權(quán)，是某性狀與分類或系統(tǒng)分類的關(guān)系，或某性狀將某植物個體或類群與其它個體或類群區(qū)別開來，并在植物系統(tǒng)分類中反映該植物個體或類群與那相應(yīng)個體或類群間演化（親源）關(guān)系的能力。某性狀越與分類或系統(tǒng)分類關(guān)系密切，以及反映該植物個體或類群與那相應(yīng)個體或類群間演化（親源）關(guān)系的能力越強(qiáng)，其權(quán)越重；運(yùn)用或處理性狀權(quán)進(jìn)行植物分類或植物系統(tǒng)分類的方法或過程叫加權(quán)。
研究
系統(tǒng)分類學(xué)的研究內(nèi)容可概括為：①對各級分類階元例如科、屬和種所含化學(xué)成分（包括主要成分，次要成分和特征成分）的特性和合成途徑進(jìn)行比較研究。②探索各化學(xué)成分在生物界中的分布規(guī)律，研究生物體中化學(xué)成分的自身進(jìn)化。③根據(jù)生物所含的化學(xué)成分及其合成途徑，配合傳統(tǒng)分類學(xué)及有關(guān)學(xué)科，共同研究生物類群的起源，如植物起源、動物起源、被子植物門起源和哺乳綱起源等。
以生物的化學(xué)成分及其合成途徑的特征為依據(jù)，配合傳統(tǒng)分類及有關(guān)學(xué)科，以研究生物類群的特性、起源、親緣關(guān)系及其系統(tǒng)發(fā)育規(guī)律的分類學(xué)分支，是從分子水平來探討生物進(jìn)化的一門學(xué)科?；瘜W(xué)分類學(xué)這一名稱是荷蘭生化學(xué)家R.海赫瑙爾于20世紀(jì)50年代末提出的。60年代，由于植物生化資料的積累、尋找藥物及其他輕工、化工原料的要求及成功，尤其是各種色譜分析方法和電泳技術(shù)的發(fā)展，以及植物分類本身得到更多的特征，植物化學(xué)分類迅速發(fā)展。
系統(tǒng)分類學(xué)分為植物化學(xué)分類學(xué)和動物化學(xué)分類學(xué)。①植物化學(xué)分類學(xué)研究生物堿、酚類、β-硫代葡萄糖脂、氨基酸、類、油等次生代謝物的功能和它們在植物中的分布，以及它們與其他性狀的相關(guān)性等。應(yīng)用植物次生代謝的分布來改進(jìn)植物分類系統(tǒng)，使分類系統(tǒng)愈益接近其自然演化的實(shí)際情況。根據(jù)芳香油、生物堿等在植物界（主要是被子植物門）各目、科里的分布情況制定的植物分類系統(tǒng)，已更接近植物自然演化的實(shí)際情況。②動物化學(xué)分類學(xué)的研究歷史較短，但已使一些疑問得到澄清。如鳥綱中之紅鸛屬(紅鸛屬)，以往置于鸛形目或雁形目，但紅鸛之外形及習(xí)性介于鸛形、雁形二目之間，經(jīng)20年研究，用酶法、電泳法分析、比較100種鳥類的卵蛋白后，確定紅鸛為獨(dú)立于鸛形目與雁形目的類群，建立了紅鸛目。
地球上現(xiàn)生的物種以百萬計，千變?nèi)f化，各不相同，如果不予分類，不立系統(tǒng)，便無從認(rèn)識，難以研究利用。分類的對象是形形色色的種類，都是進(jìn)化的產(chǎn)物。因而從理論意義上說，分類學(xué)是生物進(jìn)化的歷史總結(jié)。
分類學(xué)是綜合性學(xué)科。生物學(xué)的各個分支，從古老的形態(tài)學(xué)到現(xiàn)代分子生物學(xué)的新成就，都可吸取為分類依據(jù)。分類學(xué)亦有其自己的分支學(xué)科，如以染色體為依據(jù)的細(xì)胞分類學(xué)，以血清反應(yīng)為依據(jù)的血清分類學(xué)，以化學(xué)成分為依據(jù)的化學(xué)分類學(xué)，等等。動物、植物和細(xì)菌，作為三門分類學(xué)，各有其特點(diǎn)；病毒分類則尚未正式采用雙名制和階元系統(tǒng)。
內(nèi)容
系統(tǒng)分類學(xué)是階元系統(tǒng)，通常包括七個主要級別：種、屬、科、目、綱、門、界。種(物種)是基本單元，近緣的種歸合為屬，近緣的屬歸合為科，科隸于目，目隸于綱，綱隸于門，門隸于界。
隨著研究的進(jìn)展，分類層次不斷增加，單元上下可以附加次生單元，如總綱(超綱)、亞綱、次綱、總目(超目)、亞目、次日、總科(超科)、亞科等等。此外，還可增設(shè)新的單元，如股、群、族、組等等，其中最常設(shè)的是族，介于亞科和屬之間。
列入階元系統(tǒng)中的各級單元都有一個科學(xué)名稱。分類工作的基本程序就是把研究對象歸入一定的系統(tǒng)和級別，成為物類單元。所以分類和命名是分不開的。
種和屬的學(xué)名后常附命名人姓氏，以標(biāo)明來源，便于查找文獻(xiàn)。變種學(xué)名亦采取三名制，分類名稱要求穩(wěn)定，一個屬或種(包括種下單元)只能有一個學(xué)名。一個學(xué)名只能用于一個對象(或種)，如果有兩個或多個對象者，便是“異物同名”，必須于其中核定最早的命名對象，而其他的同名對象則另取新名。這叫做“優(yōu)先律”，動物和植物分類學(xué)界各自制訂了《命名法規(guī)》，所以在動物界和植物界間不存在異物同名問題。“優(yōu)先律”是穩(wěn)定學(xué)名的重要措施。優(yōu)先律的起始日期，動物是1758年，植物是1820年，細(xì)菌則起始于1980年1月1日。
鑒定學(xué)名是取得物種有關(guān)資料的手段，即使是前所未知的新種類，只要鑒定出其分類隸屬，亦可預(yù)見其一定特征。分類系統(tǒng)是檢索系統(tǒng)，也是信息存取系統(tǒng)。許多分類著作，如基于區(qū)系調(diào)查的動植物志，記述某一國家或地區(qū)的動植物種類情況，作為基本資料，都是為鑒定、查考服務(wù)的。
物種指一個動物或植物群，其所有成員在形態(tài)上極為相似，以至可以認(rèn)為他們是一些變異很小的相同的有機(jī)體，它們中的各個成員間可以正常交配并繁育出有生殖能力的后代，物種是生物分類的基本單元，也是生物繁殖的基本單元。
物種概念反映時代思潮。在卡爾？馮？林奈時代，人們相信物種是不變的，同種個體符合于同一“模式”。模式概念淵源于古希臘哲學(xué)的古老的概念，應(yīng)用到整個分類系統(tǒng)，概念假定所有階元系統(tǒng)中的各級物類單元，都各自符合于一個模式。
物種的變與不變曾經(jīng)是進(jìn)化論和特創(chuàng)論的斗爭焦點(diǎn)，是勢不兩立的觀點(diǎn)。但是，分類學(xué)的事實(shí)說明，每一物種各有自己的特征，沒有兩個物種完全相同；而每個物種又保持一系列祖?zhèn)鞯奶卣鳎瑩?jù)之可以決定其界、門、綱目、科、屬的分類地位，并反映其進(jìn)化歷史。
分類工作的基本內(nèi)容是區(qū)分物種和歸合物種，前者是種級和種下分類，后者是種上分類。種群概念提高了種級分類水平，改進(jìn)了種下分類，其要點(diǎn)是以亞種代替變種。亞種一般是指地理亞種，是種群的地理分化，具有一定的區(qū)別特征和分布范圍。亞種分類反映物種分化突出了物種的空間概念。
變種這一術(shù)語過去用得很雜，有的指個體變異，有的指群體類型，意義很不明確，在動物分類中已廢除不用。在植物分類中，一般用以區(qū)分居群內(nèi)部的不連續(xù)變體。生態(tài)型是生活在一定生境而具有一定生態(tài)特征的種內(nèi)類型，常用于植物分類。人工選育的動植物種下單元稱為品種。
由于種內(nèi)、種間變異錯綜復(fù)雜，分類學(xué)者對種的劃分有時分歧很大。根據(jù)外部形態(tài)的異同程度作為劃分物種依據(jù)而劃分的稱為形態(tài)種，由于對各種形態(tài)特征的重要性認(rèn)識不一，使劃分的種因人而異，尤其是分類學(xué)者對某些特征的“加權(quán)”常使它們比其他特征更具重要性，而造成主觀偏見。
一個物種或物類，以至整個植物界和動物界，都有自己的歷史。研究系統(tǒng)發(fā)育就是探索種類之間歷史淵源，以闡明親緣關(guān)系，為分類提供理論依據(jù)。盡管在分類學(xué)派中有綜合(進(jìn)化)分類學(xué)、分支系統(tǒng)學(xué)和數(shù)值分類學(xué)三大流派，但在其基本原理上都有許多共同之處，不過各自強(qiáng)調(diào)不同的方面而已。
參考資料 >