基因連鎖分析是一種用于確定基因位置的技術，它基于基因在染色體上呈直線排列且彼此連鎖的原理。這種技術利用配子在減數分裂過程中發生的交換來檢測基因間的重組率，從而推斷基因的位置。隨著重組脫氧核糖核酸技術和分子克隆技術的發展，發現了許多可用于定位的遺傳標記，使得基因連鎖分析成為了人類基因定位的一種重要手段。
分析介紹
1、具有兩個以上遺傳標記（所謂遺傳標記，可以是形狀、基因、位點、SSLP、SNP等等）2、連鎖基礎——二標記位于同一條染色體（或基因組DNA鏈/環）上；
2、單倍體基因組的前提：基因組可以與其他基因組交換（細菌可以轉化、轉導、接合，噬菌體不知道了）
3、有減數分裂過程的：要么傳代周期短，要么細胞可培養，要么有家系遺傳數據；（另有輻射作圖法，暫不計入）
細胞器基因組（線、葉基因組）是符合條件的，唯一的問題就是基因組太小，遺傳標記的分辨率太高，不過線粒體有16kb，應該是可以容下多個遺傳標記了，所以結論就是可以進行連鎖分析。
染色體上兩個位點從親代傳給子代時，若相距1cM，就有1%的重組機會。整個人類基因組含3.2×109bp，相應約有3300cM，每個染色體平均約有150cM，1cM約為1000kb。
因此，一個致病基因和標記位點緊密連鎖，二者不須在同一條染色體的同一區段，一條染色體可以產生大量的脫氧核糖核酸多態，只要提供足夠的家系，按格雷戈爾·孟德爾方式遺傳的疾病都可將其基因定位。
局限性
盡管連鎖分析在實際研究中已經證實可靠有效，但在對于復雜疾病的研究中，卻存在很大的局限性。首先，連鎖分析更適用于單基因疾病的遺傳研究，而在目前已知的疾病當中，復雜疾病占了絕大多數。
其次，連鎖分析對于致病性高、數量少的遺傳變異具有較好的適用性，但對于中效甚至弱效的突變則顯得力不從心。
最后，通過連鎖分析在染色體上的定位通常是cM級別，也就是百萬個核苷酸堿基對，這其中包含的成百上千的基因，要精細定位出突變位點仍有很長的路要走。因此對于復雜疾病，連鎖分析只能提供部分參考性意見。
知識延伸
中文名稱：連鎖分析
溴化鉺：linkage analysis
定義：研究某一基因與其他基因連鎖關系的方法。
應用學科：遺傳學（一級學科）；經典遺傳學（二級學科）
參考資料 >
利用營養缺陷誘變對金頂側耳進行基因連鎖分析研究.百度學術搜索.2024-10-25
常染色體顯性遺傳.維普資訊.2024-10-25
水稻劍葉性狀的遺傳分析和基因定位.百度學術搜索.2024-10-25