中國科學院上海巴斯德研究所（以下簡稱上海巴斯德所）于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月開始運行，2007年7月23日獲中央機構編制委員會辦公室批復，是中科院與法國巴斯德研究所唯一整建制從事人類傳染性疾病基礎研究和相關技術應用的綜合性研究機構。2020年1月2日，中國科學院黨組將上海巴斯德所正式納入直屬事業單位的管理序列。?
截至2020年12月31日，研究所共有在職職工151人，博士后47人（含廣上聯培博士后36人）。其中，正高級專業技術崗位35人，副高級專業技術崗位19人，全體職工與博士后平均年齡36歲，外籍人員占8%。研究所設有生物學、基礎醫學2個專業一級學科博士研究生培養點，細胞生物學、微生物學、免疫學、病原生物學、生物與醫藥5個專業二級學科碩士研究生培養點，共有各類碩博研究生196人。
歷史沿革
2004年1月28日，在中國國家主席胡錦濤和法國總理拉法蘭的見證下，中國科學院副院長陳竺和法國巴斯德研究所所長菲利普·庫里爾斯基簽署了中國科學院與法國巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向書。3月，法國代表團訪問中科院。5月，中科院代表團訪問巴斯德所。8月30日，中國科學院、上海市人民政府和法國巴斯德研究所在上海簽署建立中國科學院上海巴斯德研究所的合作協議。
2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所舉行揭牌儀式，法國總統雅克·希拉克、中科院副院長陳竺、上海市副市長唐登杰共同為研究所揭牌。
2004年10月11日，中國科學院上海巴斯德研究所揭牌成立。
2005年7月，上海巴斯德所開始運行，第一批4名科學家被聘任為研究組長，并正式在上海巴斯德所建立實驗室。
2007年，上海巴斯德所成為中國科技部國際科技合作重點科研機構（試點）。
2009年4月28日，上海巴斯德所病原診斷中心、疫苗研發分中心揭牌成立；7月23日，獲中央機構編制委員會辦公室批復；9月，入選中國科技部和國家外專局首批“國家級國際聯合研究中心”。
2011年2月25日，中科院分子病毒與免疫重點實驗室在上海巴斯德所揭牌成立。
2013年4月26日，上海巴斯德研究所新科研大樓建成啟用。
2016年起，上海巴斯德所擔任巴斯德國際網絡亞太區總協調單位。
2017年開始，上海巴斯德所共建方變更為中國科學院和法國巴斯德研究所。12月，中國科學院上海巴斯德研究所與南京市麒麟科創園共建“中科院上海巴斯德研究所麒麟創新研究院”。
2019年12月9日，中國科學院黨組將上海巴斯德研究所正式納入直屬事業單位的管理序列。這為建設國際一流研究機構、創新改革各項工作順利開展奠定了堅實基礎，為研究所注入發展新動力。
科研條件
研究部門
據2018年8月上海巴斯德所官網顯示，上海巴斯德所設有病原科學研究中心、免疫學研究中心和疫苗學研究中心，共25個研究單元，建有中國科學院分子病毒與免疫重點實驗室。
設備資源
??設備儀器
上海巴斯德所建有公共技術服務平臺，設5個專業技術中心（實驗室），包括生物安全專業實驗室、病理模型動物實驗中心、生物成像與儀器分析中心、病原發現與大數據中心和生物大分子過程技術中心。
平臺擁有冷凍透射電子顯微鏡、超高速流式細胞分選儀、流式細胞分析儀、激光共聚焦顯微鏡、激光顯微切割儀、基因芯片點樣系統、X-射線輻照儀等一批大型精密儀器設備；同時還擁有SPF級動物設施、生物安全二級專業實驗室，提供SPF級及感染動物實驗設施保障服務。服務領域涉及生物大分子配位化合物/單顆粒超微結構解析、組織和細胞形態學的影像分析、流式細胞分析與分選、蛋白分離純化與鑒定、抗體疫苗的上游工藝與研發、感染細胞與動物水平實驗、基因小鼠制備、生物信息學分析、病原體診斷技術研發和新發傳染病病原體分離鑒定等。
科研成就
研究成果
??科技項目
2015年，上海巴斯德所獲得科技部973項目1項、重大重點項目9項，并獲得美國NIH項目2項。
2006-2016年，上海巴斯德所共申請基金項目314項，獲資助122項，平均資助率為39%。資助項目共涉及8個項目類別，其中面上項目63項，青年科學基金項目32項，重點項目4項，重大研究計劃項目3項，國際（地區）合作與交流項目15項，國家杰出青年科學基金項目2項，專項基金項目2項，海外及港澳學者合作研究基金項目1項，聯合基金項目1項。獲得基金委經費支持8345萬元，獲科技部留所使用經費支持2740萬元，國家科技重大專項經費5325萬元，其中包含研究所主持的兩項“十一五傳染病重大專項”的經費。
??論文發表
2006-2016年，在上海巴斯德所申請獲得的基金資助項目中，以上海巴斯德所為第一作者或通訊作者單位發表的SCI論文共計265篇。SCI論文從2006年1篇到2016年61篇，10年增長了61倍，年均增長89.62%。其中發表在大類1區的論文17篇、2區的論文123篇，前兩區的論文數占總發表論文的52.8%；其中Top期刊論文73篇，占總SCI論文的36.5%。
2020年，入選“2019年中國百篇最具影響國際學術論文名錄”，所屬機構論文被引次數57次。
??科技成果轉移
截至2017年底，上海巴斯德所的諾如病毒疫苗、多價手足口病重組疫苗和抗體、新型廣譜流感疫苗和治療性抗體、丙肝病毒廣譜中和抗體、抗惡性瘧疾新藥、ZIKA病毒重組疫苗等一批生物制品技術與產品，實現市場轉化和技術許可費用近3億元。
國際合作
人才培養
學科建設
據2018年8月上海巴斯德所官網顯示，上海巴斯德所設有1個博士后科研流動站、1個學術學位一級學科博士點、2個學術學位二級學科博士點、1個學術學位一級學科碩士點、3個學術學位二級學科碩士點、1個專業碩士領域。
教學建設
據2018年8月上海巴斯德所官網顯示，上海巴斯德所共有在學研究生145人（其中碩士生49人、博士生84人，留學生12人），在站博士后15人，與工作站聯合培養博士后9人。
文化傳統
形象標識
上海巴斯德所標識由藍白黃三色組成，以英文簡稱IPS變化而來的藝術圖案。
精神文化
??路易斯·巴斯德價值理念
一個目標：通過研究、教育和公共健康活動，幫助人們抗擊疾病——主要是傳染性疾病。
高期望值：每一項使命都追求卓越。
以人為本：以人道主義理念，善待別人。
??上海巴斯德所的使命與目標
三大宗旨：求高水平的研究、積極參與公共健康、致力于科學教育與培訓。
聚焦病原菌基本生命活動規律、重大傳染性疾病的致病機制等關鍵科學問題，推動病原學、免疫學和疫苗學知識創新與學科發展。以解決病原發現、生物治療（抗體、新型冠狀病毒疫苗等）、軍民兩用的共性瓶頸技術問題為著力點，重點為國家公共衛生與生物安全提供科技支撐和解決方案。
以創新國際合作機制和軍民融合機制為契機，目標建成能提供健康與安全科技支撐與解決方案的國際一流新型研發機構，成為標桿式的國際化研究所，為“一帶一路”倡議推進提供技術支撐與保障。
參考資料 >
機構簡介.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
發展歷程.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
平臺介紹.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
2015年所長致辭.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
最新！2019年中國百篇最具影響國際學術論文出爐.澎湃新聞.2020-12-30
所長致辭.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
國際合作伙伴.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
國際會議（主辦.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
國際合作項目.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
研究生教育概況.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03
使命與目標.www.shanghaipasteur.cas.cn.2020-01-03