劉洪波，男，博士，副教授。主要研究方向是生物信息學(xué)和計(jì)算表觀遺傳學(xué)。目前的研究工作主要集中于癌癥干細(xì)胞的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制。整合高通量的基因組和表觀基因組學(xué)數(shù)據(jù)，基于生物信息學(xué)的方法和策略挖掘與癌癥發(fā)生發(fā)現(xiàn)密切相關(guān)的表觀遺傳調(diào)控元件，并研究各種調(diào)控元件協(xié)同調(diào)控腫瘤的生成、轉(zhuǎn)移的分子機(jī)制。自2007年從事生物信息學(xué)研究至今已累計(jì)發(fā)表SCI論文22篇，總SCI影響因子118.8。通訊/(并列)第一作者論文11篇，其中有6篇SCI論文發(fā)表在影響因子為9.112的國際著名期刊《Nucleic Acids Research》上。目前已主持國家自然科學(xué)基金1項(xiàng)，完成省級、校級課題兩項(xiàng)，先后參加國家級、省級課題5項(xiàng)。獲得黑龍江省科學(xué)技術(shù)學(xué)術(shù)成果獎一等獎2項(xiàng)，于哈爾濱工業(yè)大學(xué)攻讀博士期間獲得博士國家獎學(xué)金1項(xiàng)。
人物生平
劉洪波，男，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)副教授。于2007年7月在曲阜師范大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院信息與計(jì)算科學(xué)專業(yè)獲得學(xué)士學(xué)位，同年九月進(jìn)入哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)科學(xué)與技術(shù) 學(xué)院攻讀碩士學(xué)位，主修專業(yè)是生物醫(yī)學(xué)工程（生物信息學(xué)方向），師從日本留學(xué)歸國的張巖教授從事計(jì)算表觀遺傳學(xué)的科學(xué)研究。2010年7月獲得碩士學(xué)位，被授予“黑龍江省優(yōu)秀畢業(yè)研究生”的光榮稱號，并留校任教，繼續(xù)從事計(jì)算表觀遺傳學(xué)的科學(xué)研究。自2012年10份至今于哈爾濱工業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院在吳瓊教授指導(dǎo)下攻讀博士學(xué)位，主要研究方向是發(fā)育過程中的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制研究。
主要成就
劉洪波致力于表觀遺傳領(lǐng)域的高通量數(shù) 據(jù)挖掘的算法和軟件開發(fā)，可視化網(wǎng)絡(luò)平臺及數(shù)據(jù)庫構(gòu)建。主要的研究成果包括差異甲基化區(qū)域的篩選、人類組蛋白修飾數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建、脫氧核糖核酸甲基化高通量數(shù)據(jù)的 分析方法構(gòu)建、癌癥和發(fā)育過程中表觀遺傳修飾的動態(tài)變化分析等。基于Shannon信息理論，將生物信息學(xué)和表觀遺傳學(xué)結(jié)合，開發(fā)了用于篩選多個(gè)樣本間差異甲基化 區(qū)域的方法QDMR，該方法在定量甲基化差異、篩選差異甲基化區(qū)域、及計(jì)算差異甲基化區(qū)域的樣本特異性方面都取得了很好的效果，并開發(fā)了可視化軟件和網(wǎng)站，該研究成果已經(jīng)發(fā)表在2011年的《Nucleic Acids Research》(SCI影響因子:8.278)上；構(gòu)建了小鼠發(fā)育甲基化數(shù)據(jù)庫DevMouse等，同時(shí)還參與了人類組蛋白修飾庫、哺乳綱基因組功能CpG島的預(yù)測方法CpG_MI的開發(fā)、基于臨近性測度研究組蛋白修飾之間協(xié)同調(diào)控關(guān)系 的研究、通過對表觀遺傳互作網(wǎng)絡(luò)的整合分析揭示基因調(diào)控的表觀遺傳模式、基于特征挖掘方法識別了乳腺癌相關(guān)的新的超甲基化基因等工作，這些工作已經(jīng)分別發(fā) 表在《Nucleic Acids Research》、《Scientific reports》、《 Database 》、《PLoS ONE》、《Molecular Biology Reports》和《Computers in Biology and Medicine》上。
自2007年從事生物信息學(xué)研究至今已累計(jì)發(fā)表SCI論文18篇，總SCI影響因子 85.6，其中有6篇SCI論文發(fā)表在影響因子為8.278的國際著名期刊《Nucleic Acids Research》上。自2010年至今已主持完成省級、校級課題兩項(xiàng)，先后參加國家級、省級課題5項(xiàng)，并獲得黑龍江省科學(xué)技術(shù)學(xué)術(shù)成果獎一等獎2項(xiàng)。
出版著作
1) Liu H, Zhu R, Lv J, He H, Yang L, Huang Z, Su J, Zhang Y, Yu S, Wu Q*, DevMouse, the mouse developmental methylome database and analysis tools. Database(牛津), 2014:bat084, 2014.(SCI收錄, IF 4.5)
2) Liu H, Chen Y, Lv J, Zhu R, Su J, Liu X, Zhang Y*, Wu Q*, Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes. Sci Rep, 3,2576, 2013.(SCI收錄, IF 5.1)
3) Lv J, Liu H, Huang Z, Su J, He H, Xiu Y, Zhang Y, Wu Q*, Long non-coding 核糖核酸 identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features. Nucleic Acids Res, 41,10044-10061, 2013.(并列一作, SCI收錄, IF 8.3)
4) 張姓 Y*, Liu H, Lv J, Xiao X, Zhu J, Liu X, Su J, Li X, Wu Q, Wang F, 崔姓 Y, QDMR, a quantitative method for identification of differentially methylated regions by entropy. Nucleic Acids Res, 39,e58, 2011. (并列一作, SCI收錄, IF 8.3)
科研項(xiàng)目
基于高通量組學(xué)數(shù)據(jù)的干細(xì)胞多能性相關(guān)脫氧核糖核酸甲基化調(diào)控元件識別及其功能分析
*劉洪波; 劉曉娟; 李喆; 嚴(yán)海丹; 張春龍; 賈珊珊; 黎松
國家自然科學(xué)基金委員會, RMB 250,000.00, 2015/1/1 - 2017/12/30.
整合高通量DNA甲基化數(shù)據(jù)識別疾病相關(guān)的生物標(biāo)記
*劉洪波; 李; 丁靜; 黃文杰; 劉杰
黑龍江省教育廳科學(xué)技術(shù)研究項(xiàng)目, RMB 10,000.00, 2012/1 - 2014/12.
參考資料 >
QDMR: a quantitative method for identification of differentially methylated regions by entropy.PubMed.2015-02-02
DevMouse, the mouse developmental methylome database and analysis tools.PubMed.2015-02-02
劉洪波的科研主頁.科研之友.2018-04-10
Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes.PubMed.2015-02-02
Long non-coding RNA identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features.PubMed.2015-02-02