賀思敏，清華大學計算機科學與技術專業學士及博士畢業，研究領域涵蓋應用算法學、生物信息學和信息檢索。他曾主持研發我國首套MEPG-2/DVB數字電視條件接收系統原型，并在蛋白質序列鑒定軟件系統pFind的研制中發揮了關鍵作用。
人物經歷
1986年9月至1991年7月，賀思敏在清華大學攻讀計算機科學與技術專業學士。隨后，他繼續在清華大學深造，于1997年7月獲得計算機科學與技術專業博士學位。1997年8月至2002年6月，賀思敏在國家智能計算機研究中心-摩托羅拉聯合實驗室和北京算通科技發展有限公司工作。自2002年7月起，他加入中國科學院計算技術研究所。
研究方向
應用算法學、生物信息學、信息檢索。
代表論著
賀思敏的代表論著包括：
- 硅Min He et al. On guaranteed smooth switching for buffered crossbar switches, IEEE/ACM Trans. Networking, 16(3): 718-731, June 2008.
- Simin He et al. Smooth switching problem in buffered crossbar switches. ACM SIGMETRICS, pp. 386-387, Banff, Alberta, Canada, 2005.
- HE Simin and ZHANG Bo. Solving SAT by algorithm transform of Wu's method. Journal of Computer Science and Technology, 14(5): 468-480, Sept. 1999.
科研項目
1. 主持研制我國第一套MEPG-2/DVB數字電視條件接收系統原型
2.獲得2000年國家科技進步二等獎《數字視頻廣播編碼傳輸與接收系統》
3. 主持研制我國第一套規模化蛋白質序列鑒定軟件系統pFind
發表論文
賀思敏作為通訊作者發表的論文包括：
- pDeepXL: MS/MS Spectrum Prediction for Cross-Linked Peptide Pairs by Deep Learning, Journal of Proteome Research, 2021.
- A high-speed search engine pLink 2 with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides, Nature Communications, 2019.
- pValid: Validation Beyond the Target-Decoy Approach for Peptide Identification in Shotgun Proteomics, Journal of Proteome Research, 2019.
- pNovo 3: precise de novo peptide sequencing using a learning-to-rank framework, 生物信息學, 2019.
- Comprehensive identification of peptides in tandem 質量 spectra using an efficient open search engine, Nature Biotechnology, 2018.
- pSite: Amino Acid Confidence Evaluation for Quality Control of De Novo Peptide Sequencing and Modification Site Localization, Journal of Proteome Research, 2017.
- pDeep: Predicting MS/MS Spectra of Peptides with Deep Learning, Analytical Chemistry, 2017.
- Open-pNovo: De Novo Peptide Sequencing with Thousands of Protein Modifications, Journal of Proteome Research, 2017.
- pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step 質量 spectrometry for intact glycopeptide identification, Nature Communications, 2017.
- pGlyco: a pipeline for the identification of intact N-glycopeptides by using HCD- and CID-MS/MS and MS3, Scientific Reports, 2016.
- pFind-Alioth: A novel unrestricted database search algorithm to improve the interpretation of high-resolution MS/MS data, Journal of Proteomics, 2015.
- A Note on the False Discovery Rate of Novel Peptides in Proteogenomics, 生物信息學, 2015.
- Mapping native disulfide bonds at a proteome scale, Nature Methods, 2015.
- pNovo+: De Novo Peptide Sequencing Using Complementary HCD and ETD Tandem 質量 Spectra, Journal of Proteome Research, 2013.
- Identification of cross-linked peptides from complex samples, Nature Methods, 2012.
科研活動
賀思敏主持的科研項目包括：
- 面向數據庫搜索的蛋白質組精準鑒定技術研究, 主持, 國家級, 2016-07--2021-06。
- 計算蛋白質組學創新交叉團隊, 主持, 部委級, 2016-01--2018-12。
- 蛋白質組海量質譜數據的深度解析, 主持, 國家級, 2010-01--2014-08。
參考資料 >