中國科學院南京土壤研究所（Institute of Soil Science，Chinese Academy of Sciences），前身可追溯至1930年7月成立的農礦部地質調查所土壤研究室；1953年1月，中國科學院南京土壤研究所正式成立；2001年3月，成為中國科學院知識創新工程試點行列的研究所之一。
中國科學院南京土壤研究所的重點研究領域為土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環境與修復、植物營養與肥料、土壤生物與生態等。
歷史沿革
1930年7月2日，中華教育文化基金董事會第六次年會（南京）委托農礦部地質調查所舉辦全國土壤調查，地質調查所聘請專家并在所在地北京西四兵馬司9號及豐盛胡同3號成立土壤研究室，開始對中國土壤進行系統的調查與研究，這是中國近代土壤科學研究真正開始的標志。隨后，土壤研究室相隨中央地質調查所經歷了五次遷址。
1930年12月，農礦部地質調查所在原址更名為實業部地質調查所，并于1935年12月遷至南京珠江路942號，土壤研究室也相隨遷到新址。
1937年11月，實業部地質調查所更名為經濟部地質調查所，并遷至長沙喻家沖，土壤研究室也相隨遷到新址。
1938年8月，經濟部地質調查所遷至重慶復興巷5號，土壤研究室也相隨遷到新址。
1939年4月，經濟部地質調查所更名為經濟部中央地質調查所，并遷至北碚區，土壤研究室也相隨遷到新址。
1946年1月，經濟部中央地質調查所遷至南京珠江路942號，土壤研究室也相隨遷到新址。
1949年4月，經濟部中央地質調查所被南京市軍管會文教委接管（后改為700號）。
1950年8月，經濟部中央地質調查所撤消，接受中國地質工作計劃指導委員會領導和改編。
1952年7月，中國科學院決定將原中央地質調查所所屬土壤研究室擴充為土壤研究所并先成立籌備處，自1952年10月1日起改屬中國科學院。
1953年1月8日，啟用中國科學院土壤研究所籌備處印章；1月23日，籌備處工作結束，研究所正式成立；同年5月11日，中國科學院增設包括土壤研究所在內的24個研究機構，中國科學院土壤研究所東北地區分所籌備處（現中國科學院沈陽應用生態研究所前身）亦同時成立，新建的中國科學院土壤研究所系以原中央地質調查所土壤研究室為基礎，合并40年代成立的福建地質土壤調查所、江西地質調查所土壤研究室而成。設土壤物理與物理化學研究組（簡稱一組）、土壤化學與農業化學研究組（二組）、土壤微生物與生物化學研究組（三組）、土壤地理與改良組（四組），同時籌建了圖書室和土壤標本展覽室。一、二、三組在珠江路700號原址，四組借用雞鳴寺院內小紅樓，分散兩處工作。
1955年以后，設立了多個研究室（組）：土壤物理研究組、土壤化學研究組、土壤農業化學研究室、土壤生物化學研究組、土壤微生物研究組和土壤地理研究室，并設立為科研服務的附屬工廠。
1961年末，由熊毅、席承藩率原土壤及水土保持研究所百名科技人員并圖書儀器南遷回歸。
1963年，該所的10年發展方向、重點任務和重大措施三定方案形成，研究室（組）也作相應調整：土壤物理研究組、土壤物理化學研究室、土壤電化學研究組、土壤植物營養化學研究室、土壤生物化學研究組、土壤微生物研究組、土壤地理研究室，大比例尺土壤制圖研究組和土壤鹽漬地球化學研究組。
1970年7月15日，該所下放到江蘇省；11月28日，該所歸口于江蘇省科技局。
1973年3月15日，該所改由江蘇省和中國科學院雙重領導。5月21日，“江蘇省土壤研究所革命委員會”改名為“中國科學院南京土壤研究所革命委員會”。期間，研究室（組）變動：土壤物理研究室、土壤物理化學研究室（土壤電化學研究組并入）、土壤植物營養化學研究室、土壤微生物研究室、土壤生物化學研究室、土壤地理研究室（土壤詳測組并入）、土壤鹽漬地球化學研究室，圖書館學室（圖書與資料合并）。
70年代后期，研究室（組）重新布局，設有土壤物理研究室、土壤物理化學研究室、土壤電化學研究室、土壤植物營養化學研究室、土壤微生物研究室、土壤生物化學研究室、土壤地理研究室、土壤鹽漬地球化學研究室、圖書情報室，還有附屬工廠。
1976年，成立土壤環境保護研究室。
1979年，建立水稻土生態研究組和土壤地球化學研究室（1984年并入地理研究室），土壤實驗技術室和編譯出版室也相繼成立。
1979年4月28日，該所新增6個研究室（組）：土壤電化學研究室、土壤地球化學研究室、水稻土生態研究組、土壤實驗技術研究室、圖書館學研究室和編譯出版室。
1984年，該所重新調整了科研機構，共設置10個研究室（組）和4個技術系統：土壤地理研究室、土壤－植物營養化學研究室、土壤生物化學研究室、土壤鹽漬地球化學研究室、土壤物理化學研究室、土壤電化學研究室、土壤物理研究室、土壤微生物研究室、土壤環境保護研究室、水稻土生態研究組以及土壤實驗技術室、電子計算機組、圖書情報研究室和編譯出版室。
1985年8月21日，中國科學院同意將封丘站定名為“中國科學院河南封丘農業生態綜合實驗站”。10月21日，中國科學院同意該所在江西省建立紅壤生態實驗站。
1987年3月19日，中科院資環局在南京主持召開“土壤圈物質循環開放實驗室”論證會。8月20日，批準成立“土壤圈物質循環開放研究實驗室”。
1988年4月12日，全國博士后管委會批準該所建立博士后科研流動站。6月22日，中國科學院批準該所封丘農業生態實驗站對外開放。
1990年10月16日，批準紅壤站對外開放。
2001年3月2日，該所成為中國科學院知識創新工程全面推進階段首批進入試點行列的研究所之一。
2003年5月，科技部正式批準依托該所建設“土壤與農業可持續發展國家重點實驗室”。
2006年初，該所進入中國科學院知識創新三期工程行列。
2021年12月5日，經國際天文學聯合會小行星命名委員會批準，中國科學院紫金山天文臺發現的編號為530721號小行星命名為“南土所”。從此，中國科學院南京土壤研究所的名字進入了宇宙星空！
科研條件
館藏資源
圖書館
據2022年7月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所圖書館是聯合國糧農組織的特約圖書館，藏有中外文書籍和期刊23萬冊。
標本館
據2022年7月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所土壤標本館保存和陳列有中國不同類型及部分其他國家的近6萬號土壤標本。
人員編制
中國科學院“百人計劃”入選者（14人）：駱永明、蔣新、沈仁芳、丁維新、蘇彥華、顏曉元、賈仲君、彭新華、褚海燕、陳夢舫、張甘霖、蘭平、高娟、宋昕
國家杰出青年基金獲得者（7人）：駱永明、蔣新、張甘霖、丁維新、沈仁芳、周東美、吳龍華、顏曉元
科研部門
科研成果
科研成就
先后榮獲國家級科技成果獎勵近50項，省部級科技成果獎勵200余項，編撰了350余部學術著作；近5年來，累計獲得18各級科技進步獎，發表SCI論文1500余篇，國內核心期刊論文1200余篇，出版學術專著40余部，授權發明專利90多項。2015年以來，圍繞特色研究所建設目標確立的“土壤地力與保育”和“土壤污染與修復”兩個特色方向，在農田土壤地力提升、土壤污染修復、土壤資源決策支持服務等方面取得了重要突破。
開展知識創新工程以來，中國科學院南京土壤研究所推動并參與實施了國家在土壤學及其相關領域的所有重大科技計劃。先后主持承擔了國家“973”項目5項，“863”重大項目1項、重點項目12項；中國科學院戰略先導科技專項（B類）1項，科技基礎性工作專項2項，重大科技專項課題4項，科技支撐計劃項目2項，公益性行業科技重大專項4項；國家自然科學基金重大項目2項、重大研究計劃課題6項、重大項目19項、國際合作重大項目11項等一大批國家重大科技任務。充分體現了中國科學院南京土壤研究所在土壤學及其相關研究領域的主導地位和整體競爭實力。
學術期刊
據2015年12月研究所官網信息顯示，中國科學院土壤研究所主辦有《PEDOSPHERE》（土壤圈）、《土壤學報》、《土壤》等3份學術期刊。
??《PEDOSPHERE（土壤圈）》
《PEDOSPHERE（土壤圈）》創刊于1991年2月，由中國科學院主管，中國土壤學會、中科院南京土壤研究所和土壤與農業可持續發展國家重點實驗室共同主辦，是中國出版集團有限公司的土壤學科唯一外文版國際性學術期刊，也是中國土壤學領域唯一的SCI源刊、中國自然科學核心期刊和“中國期刊方陣”期刊，主要刊登土壤學領域未曾公開發表的具有堅實科學理論和實驗基礎與創新的最新高水平科研成果，內容包括土壤化學、土壤物理學、土壤生物與生物化學、土壤肥力與植物營養等與生物圈、巖石圈、水圈和大氣圈密切關聯的土壤科學理論、實驗技術及應用的學術研究論文、專題綜述、研究簡報等。《PEDOSPHERE》已被俄羅斯《文摘雜志》、日本《科學技術文獻速報》、中國科技論文統計源期刊（中國科技核心期刊）、中國科技期刊精品數據庫、中國科技期刊引證報告、中國科技論文統計與引文分析數據庫、中國科學引文數據庫、中國學術期刊文摘（英文版）、中國學術期刊綜合評價數據庫、中國核心期刊（遴選）數據庫、中國知網、萬方數據股份有限公司系統科技期刊群、中國學術期刊（光盤版）、中文科技期刊數據庫、中國期刊網等重要的相關檢索和文摘數據庫收錄為來源期刊。
??《土壤學報》
《土壤學報》的前身是《中國土壤學會會志》，于1948年12月創刊，1952年更名為《土壤學報》，是由中國土壤學會主辦、中國科學院南京土壤研究所承辦的中文核心科技學術期刊（雙月刊）。該刊為《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《中國科技文獻數據庫》、《中國科學引文數據庫》等的來源期刊和《中國知網》、《中國學術期刊（光盤版）》、《萬方數據系統科技期刊群》的收錄期刊，被美國出版的CA、CAB文摘收錄。
??《土壤》
《土壤》是介紹土壤、肥料、土壤生態及環境保護等方面的研究論文和調查報告為主的通報類期刊，公開發行，創刊于1958年10月，是中國自然科學核心期刊，被《中國期刊網》、《中國學術期刊（光盤版）》全文收錄，被認定為《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《中國科學引文數據庫》來源期刊。
人才培養
學科建設
中國科學院南京土壤研究所作為國家首批具有碩士和博士學位授予權的單位之一，擁有農業資源與環境（含土壤學、植物營養學、資源環境與遙感信息）、環境科學與工程（環境科學、環境工程）、生態學三個一級學科的博士和碩士學位點；地圖學與地理信息系統、水土保持與荒漠化防治二個碩士學位點；工程碩士（資源與環境專業）和農業碩士（資源利用與植物保護專業）二個全日制專業學位培養點和“農業資源與環境”、“環境科學與工程”、“生態學”3個博士后流動站。
教學建設
據2022年1月研究所官網信息顯示，南京土壤研究所擁有博士研究生指導教師及碩士研究生指導教師130余名，其中中科院院士2人，工程院院士1人；在讀研究生400余人。迄今已累計培養研究生1400多名（含留學生10名）。
據2022年1月研究所官網信息顯示，自2000年以來，培養的研究生獲得教育部和中國科學院各類獎項300余人次，其中：4名畢業生榮獲全國百篇優秀博士學位論文獎（1人提名獎），28名畢業生獲中科院和江蘇省優秀博士學位論文獎（2人提名獎），15名畢業生獲江蘇省優秀碩士學位論文獎，42名畢業生獲中科院院長獎（4名特別獎），更多畢業生在各自的工作領域內成為了佼佼者。
文化傳統
形象標識
標識內涵：
1、圓內由“ISSCAS”中的三個“S”組成，如騰飛的大鵬鳥，一氣呵成，喻指土壤事業蒸蒸日上
2、中間反白部分是“SoilScience”中的兩個“S”，指明了中國科學院南京土壤研究所主要研究內容－土壤科學
3、上半部分自然綠和下半部分土黃色密不可分，暗示黃土地上的盎然生機，背景為淡藍，喻指大氣圈，又似海洋。
此徽標將該所土壤、大氣、水、植物等研究內容包容在里面。
參考資料 >
歷史沿革.中國科學院南京土壤研究所.2019-12-24
編號530721，這顆小行星命名為“南土所”.紫牛新聞-今日頭條.2021-12-06
科研部門.中國科學院南京土壤研究所.2022-08-05
概況簡介.中國科學院南京土壤研究所.2022-08-05
研究生教育概況.中國科學院南京土壤研究所.2022-08-05