孢子囊是植物產(chǎn)生孢子的細(xì)胞或器官。某些植物（如卷柏）有大孢子囊和小孢子囊之別。大孢子囊所產(chǎn)生的大孢子，大而量少，由大孢子發(fā)育成雌配子體；小孢子囊所產(chǎn)生的小孢子，則小而量多，由小孢子發(fā)育成雄配子體。
小型
小孢子囊
是花朵雄蕊上被稱做花藥，以及雄果小孢子葉上產(chǎn)生花粉的部份。
大型
大孢子囊
是此類植物相對的“雌性”部份，分別為花朵的心皮及大孢子囊毬果。
在蕨類植物門上，成熟的植物是孢子體，并會在所以或只有某些葉子（稱之為孢子葉）上產(chǎn)生帶有有性孢子的孢子囊。這此孢子會在葉子的下端。
在苔蘚植物上，其孢子囊則是長在細(xì)莖上，并如蕨類植物一般會產(chǎn)生有性孢子。此一孢子體（雙倍體）的孢子囊是從卵受精卵后的配子體（單倍體）頸卵器長成出來的。孢子囊起初會有一些葉綠素，但之后便會轉(zhuǎn)變?yōu)樽厣⒏挠梢揽颗渥芋w提供其養(yǎng)分。孢子囊會從莖部基部，依附著頸卵器組織的地方吸收養(yǎng)分。因其發(fā)育的不同，孢子囊在維管植物中可分成'厚孢子囊和薄孢子囊兩種。薄孢子囊只出現(xiàn)在蕨類植物門中，一開始只有一個細(xì)胞，并由此細(xì)胞發(fā)展成莖、壁和孢子囊內(nèi)的孢子。每個薄孢子囊內(nèi)有64個左右的孢子。厚孢子囊出現(xiàn)在所有的其他維管植物和一些原始蕨類中，一開始是一層細(xì)胞（多于一個細(xì)胞）。厚孢子囊較大（因此有較多孢子），且有多層的壁。雖然這些壁可能會伸展及損傷，導(dǎo)致最后只剩一層壁還殘留著。
一群孢子囊可能在發(fā)展中聚合在一起，稱之為聚合囊。此一結(jié)構(gòu)在松葉蕨屬和如天星蕨屬、單蕨屬及合囊蕨屬等合囊蕨科中是很顯著的特征。
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