《四圣懸樞》，是論述瘟、疫、痘、疹之專書。“黃氏鑒于歷代醫家于瘟、疫、痘、疹四病，其論多雜亂無章，其藥多孟浪不精，乃溯源《內》、《難》經者，參以魏晉以來前賢之論，撰《四圣懸樞》五卷。
正文
國朝黃元御撰。是書謂寒疫、溫疫、痘病、疹病皆由于歲氣，世皆以小兒之痘為胎毒，非也。若能因其將發而急表散之，則痘可以不出。其說為宋以來所未有。夫痘病之發，每一時而遍及遠近，且輕則大概皆輕，重則大概皆重，則謂之歲氣，亦非無理。然究由胎毒伏于內，歲氣感于外，相觸而發，必謂不系胎毒，何以小兒，同感歲氣，而未出痘者乃病痘，已出痘者不病痘乎？是又未可舉一廢百也。
四圣懸樞
著述經過己巳(1749年)春，初析瘟疫痘疹，癸酉(1753年)八月修，至九月十七日書成。
內容概要《四圣懸樞》五卷。前四卷對病之原始要終，以六經辨治，所擬諸方，均宗四圣之旨。卷五伊公四問，辨難前四卷所未詳者，以圓其說。
學術特點《四圣懸樞》，對病之原始要終，以六經辨治，所擬諸方，均宗四圣之旨。其文探頤索奧，發四圣之微蘊，前哲之精言，參以己臨證經驗，條分縷析，前后融貫，獨具特色。謂寒疫、濕疫、痘瘍皆由于臟氣，世人以痘為小兒胎毒，非也；若能因其將發而急散之，則痘可以不出，其說為宋以來所未有。
《四庫全書》評價《四圣懸樞》，“謂寒疫、溫疫、痘病、疹病皆由于臟氣，世皆以小兒之痘為胎毒，非也；若能因其將發而急表散之，則痘可以不出。其說為宋以來所未有”。
醫界評價《黃氏醫著十一種》(下冊)“內容提要”中指出：《四圣懸樞》，是論述瘟、疫、痘、疹之專書。“黃氏鑒于歷代醫家于瘟、疫、痘、疹四病，其論多雜亂無章，其藥多孟浪不精，乃溯源《內》、《難》經者，參以魏晉以來前賢之論，撰《四圣懸樞》五卷。第一卷論瘟病，第二卷論疫病，第三卷論痘病，第四卷論疹病。辨析四病原始要終，病因機轉，以六經辨證，解析八綱，所擬諸方，均宗四圣之旨，并對時醫多承家技，莫辨溫涼的陋習逐一予以駁斥。末卷伊公四問，補敘前四卷所未詳者。是書發四圣之微蘊，采前哲之精言，扼要精當，獨具特色。”
自敘
天未嘗有生而無殺，或以兵荒，或以疫。殺之自天，于人何尤，然此雖天之過乎，抑亦人之罪焉。兵荒未必殺人，世無良相也，疫癘未必殺人，世無良醫也。相而不良其罪小，醫而不良其罪大。魏晉以來，至于今日，疫癘之殺人多矣。其書數十百部，其徒數千百人，病則家不得免，藥則戶不能逃。最可恨者，小兒之痘疹，即大人之疫癘，愚妄不以為歲氣，而以為胎毒。哀此百萬生靈，既困天災，復加人禍，民有兩死而無一生，吁其悲矣！天地不仁，不過以百姓為狗，愚妄不仁，遂至以蒼生為魚肉，此怨天乎？抑尤人乎？張仲景先師，創內外感傷之法，而未言疫癘。其言之彰明而較著者，人猶有未解，況其未言者與，何怪于群兒之訛謬耶。仆于己巳春初，草《四圣懸樞》，析溫疫痘疹之義，辛未六月，筆削于清江河院暑中。四部俱成，傷寒之義元矣，疫癘之義，元之又元。慨夫！上士十載悟玄，下士見之大笑，以為尚白。其于意眇旨，玄而白之，其于沉辭浮藻，白而玄之。此黑之懸，彼白之募，是墨以為明而狐以為蒼也。楊朱之弟，黑出而白入，其狗吠焉，楊朱之狗，黑往而白來，其弟怪焉。茲蒼黃之未變，又黑白之不分，世無楊朱之弟矣，世亦并無楊朱之狗也。往有楚士而官于齊者，聚書數車，襲故紙以談岐黃，覽茲玄解，胡盧而笑。吳牛之喘，未見月也，蜀犬之吠，未見日也，吾安得進吳蜀之犬牛，登泰岳，凌清浮，與之抑日月之光華哉！昔子云草《玄》，侯芭從而受業，桓譚以為絕倫。今宇內之大，諒必有侯桓其人，吾將藏之深山，虛坐以待矣。
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