必威电竞|足球世界杯竞猜平台

拉氏圖
來源:互聯網

拉氏圖(又名 Ramachandran 圖、[φ,ψ]圖、α-碳與肽基交角圖,英語:Ramachandran plot, Rama plot),是一種展示蛋白質結構殘基主鏈二面角ψ和φ的可視化方法。該圖表最初由G. N. Ramachandran,C. Ramakrishnan和V. Sasisekharan于1963年提出,用于理論上展示氨基酸殘基可能的構象,以及對同源建模后模型質量的檢測。

簡介

拉氏圖的創建基于對三肽中心肽基在所有φ角和ψ角值時計算非鍵合原子間的允許距離,并將這些信息繪制成圖。這種構象圖或Ramachandran圖簡稱拉氏圖,展示了理論上殘基可能出現的構象。肽鍵處的ω角通常是180°,由于肽鍵的部分雙鍵性質,它保持平面結構。拉氏圖的邊緣可以從左到右和從上到下“卷”起來,因為二面角的值0°和360°是等效的。

拉氏圖的應用包括從理論上展示氨基酸殘基的ψ和φ二面角的可能組合,以及展示觀測數據點的經驗分布,用于結構確認或在蛋白質結構數據庫中的分析。這些圖通常用于展示理論偏好區域的外形。

氨基酸殘基的側鏈大小對其在拉氏圖上的允許區域有影響。例如,甘氨酸的側鏈只是一個氫原子,因此它的允許區域較大,而L-脯氨酸由于其側鏈與主鏈α-C及N形成五元環,其ψ和φ的可能組合非常有限。

隨著時間的推移,已經有數萬種通過X-射線晶體學測定的蛋白質結構被存儲于蛋白質資料庫(PDB)。利用這些數據,研究者們產生了更加詳細精確的φ,ψ圖,這些圖展示了來自一系列高分辨率結構的數據點以及通常情況下(除甘氨酸,脯氨酸及pre-Pro之外所有氨基酸),甘氨酸及脯氨酸的偏好和允許的構象區域的輪廓。

參考資料 >

生活家百科家居網