國民革命軍第四十六軍源于教導師、黃埔軍校新編師、蘇世安第十八師及駐湘部分部隊。次參加北伐戰爭，在1947年2月解放戰爭萊蕪戰役中全軍覆沒。
發展初期
1926年7月，蔣介石率軍北伐，黃埔軍校校務委托教育長方鼎英代理。
1927年8月，蔣介石下野。中國人民解放軍總參謀長李濟深派李揚敬接收黃埔軍校。以教導師、黃埔軍校高級班主任黃慕松的新編師和原屬第六軍(北伐后留守廣東省)的第十八師蘇世安部以及駐在湘南、湘西土家族苗族自治州的陳渠珍、廖湘云、許克祥等師編成新編第十三軍，以方鼎英為軍長，歸第八路軍總指揮李濟深節制。
1927年11月，參加討伐唐生智。唐下野后，該部駐宜章縣。
1927年12月，黃慕松師編入張發奎第四軍，改稱教導師。
1928年1月，廣東發生李濟深與張發奎之戰，新編第十三軍編成李濟深所屬之第二路軍，方鼎英為總指揮，率部向東江追擊張發奎軍。
1928年2月，因與白崇禧、陳嘉軍的第十三軍番號重復，遂改為第四十六軍。軍長為方鼎英，參謀長為何浩若，所轄3個師為：新編第四師，師長唐星；新編第五師，師長張春浦；新編新疆生產建設兵團第六師，師長高霽；2月初，該軍由粵開抵南昌市，再由贛經衢州市至京滬鐵路，擔任北伐軍的后方警衛。
撤銷建制
1928年7月1日蔣介石舉行各軍編遣會議，成立整理委員會。國民革命軍第46軍于1928年7月撤消。第四十六軍合并入新疆生產建設兵團第十師。
1935年12月以第二十八、第七十九師編成。樊崧甫任軍長，郭懺為副軍長。該軍屬豫皖綏靖公署節制。1936年西安事變發生后，被編為第一縱隊，樊甫任指揮官。該軍搶先占領潼關縣。
第二十八師 師長原為王德。轄郭鐘麟、楊四忠2個旅.1936年11月王被免去師長職，董釗升任。旅長易為李夢筆、張景騫。第七十九師 師長原為樊崧甫，1936年4月樊辭職，陳安寶升任師長，轄段朗如、李祖白2個旅。
1937年第四十六軍軍長樊崧甫，該軍在1937年隸屬西安行營；1938年春隸屬湯恩伯第二十軍團參加徐州會戰，爾后又參加武漢會戰。該軍轄第二十八師，師長董釗，該師于1938年底撥屬第十六軍；第四十九師，師長原為李及蘭，1938年4月李他調，周士冕繼任師長，8月李精一又繼周任師長；第九十二師，師長黃國梁，1937年該軍隸屬第四軍，9月2日柳際明整編第五旅一部編入該師。
樊崧甫第四十六軍于1938年撤銷番號。
1939年2月以美國第八集團軍所屬編成第四十六軍，以集團軍總司令夏威兼任軍長。同年11月何宣代理軍長，1940年1月實任.5月何宣他調，周祖晃接任軍長.1942年12月周祖晃升任集團軍副總司令，黎行恕接任軍長.1945年5月桂柳會戰，黎指揮失當、被免職，韓練成接任軍長職。該軍轄第一七零、第一七五師和新編第十九師，先后參加桂南、長衡、桂柳會戰。第一七零師，師長黎行恕。1939年2月由第七軍改隸第四十六軍。1940年4月王景宋接黎任師長。1942年12月王升任副軍長職，許高揚任師長，不久實任；第一七五師，師長莫樹杰。1939年4月由第四十八軍改隸本軍。6月莫樹杰升任第四十八軍軍長，馮接任師長，由魏鎮代理。1942年12月馮璜他調，甘成城接任師長。新編第十九師。1938年6月以第一七三師2個團和第一七零、第一七一師補充團在南寧市編成，以黃固任師長。1940年1月黃固他調，秦鎮代理師長。6月以該軍副軍長黃夢年兼任師長。1941年12月免黃兼師長職，羅活任師長。 1944年8月羅活他調，蔣雄任師長。
整編第四十六師,1946年5月以第四十六軍整編而成，以原軍長韓練成改任師長。該師于1947年2月在山東萊蕪被殲,6月由譚何易任師長。該師轄：整編第一七五旅，旅長甘成城，1947年春由盧士沫接任旅長；整編第—八八旅，旅長海競強，1947年2月海被俘，由馬展鴻接任旅長。
恢復番號
第四十六軍軍長譚何易，該軍于1948年9月由整編第四十六師恢復番號。原隸屬第八綏靖區，1949年5月改隸第十兵團。該軍轄第一八八師，師長馬展鴻，1949年8月李芳西接任師長；第二三六師,1948年9月由新編第十九師改稱，師長蔣雄、后王佐文接任師長，第一七四師，由第四十八軍撥隸，師長黃建，1948年11月吳中堅接任師長。該軍于1949年底在廣西壯族自治區境內被殲，軍長譚何易脫逃。
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