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壺菌綱（學名：Chytridiomycetes）是真菌門下的一綱，屬于鞭毛菌亞門。菌綱是壺菌門門下的主要綱，包含了一些寄生性真菌，如造成水蚤屬及兩棲綱等生物寄生性感染的種類。已記載的有112屬，793種。
形態特征
壺菌綱真菌的營養體形態各異，從單細胞的球形或近球形到較發達的無隔菌絲體。
分布范圍
壺菌綱真菌多數生在水中，少數生在潮濕土壤的木膜中，有的寄生在藻類或其他陸生植物上。腫囊壺菌等寄生并毀損藻類，而這些藻類是水生動物食物鏈的一環。油壺菌屬、集壺菌屬和節壺菌屬可使經濟植物患病。雕蝕菌屬的許多種均能侵染蚊類幼蟲，可望用于蚊蟲的生物防治。壺菌綱真菌可以分布在土壤、淡水及咸水河口中，最初是在英國的瑞尼燧石中發現。
繁育
壺菌綱的有性生殖多樣，典型的產生休眠孢子囊。根據菌體的結構、菌體與基物的關系、菌體的發育方式、游動孢子的油滴以及有性生殖的方式，本綱下分壺菌目、肋壺菌目、芽枝菌目和單毛菌目4目，共14科100屬、約400種。多形單毛菌的不動雌配子與能動雄配子的配合方式，在真菌中獨具特色。長雌異水霉有孢子體和配子體交替的現象。
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