PAUP*是一款用于構(gòu)建進化樹及進行相關(guān)檢驗的計算機程序，由David L. Swofford編寫。最初，PAUP只實現(xiàn)了最簡原則，但從4.0版本開始（也就是程序被稱為PAUP*時），它也支持距離矩陣和似然方法。PAUP*是自2000年以來使用最廣泛的種系發(fā)生演算軟件包，也是許多系統(tǒng)發(fā)育學(xué)家的首選。PAUP*支持Windows和Unix平臺，也可作為geneious的插件使用。PAUP*現(xiàn)在包括了“物種樹”方法SVDquartets，除了最簡原則、似然和距離方法外。PAUP*是一款收費軟件，但它的獨特命名方式（讀作Paup Star）常常被誤稱為PAUP。
軟件簡介
PAUP*：Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)，包含了眾多分子進化模型和方法，可利用最大似然法、簡約法、距離法等分析分子數(shù)據(jù)（脫氧核糖核酸、蛋白質(zhì)序列）、形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)及其他類型的數(shù)據(jù)（如行為學(xué)數(shù)據(jù)）。該軟件主要用于進化生物學(xué)研究，也可用于保護生物學(xué)、生態(tài)學(xué)和法醫(yī)學(xué)研究。截至目前，PAUP是應(yīng)用最廣泛的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件。
PAUP*可以在麥金塔、Windows、UNIX / VMS、DOS環(huán)境下運行。Windows要求：Windows 95、98、ME、NT、2000、XP、Windows Vista。最少4 M RAM（分析大的數(shù)據(jù)集需要更多的存儲空間）最少2 M 硬盤空間。PAUP*最開始只是為蘋果Macintosh系統(tǒng)設(shè)計，后來被移植到Windows平臺。
截至2006年11月為止，完整的用戶界面也只能在Mac OS 9和Mac OS X的Classic環(huán)境下運行。Windows版本有一個簡單的用戶界面。而portable版本，即設(shè)計給unix／Linux系統(tǒng)使用的版本，只有命令行字符界面。根據(jù)作者David Swofford 2006年5月在美國亞利桑那州的坦佩召開的GEB2006（Genomics, Evolution and 生物信息學(xué) 2006）會議上的報告，為Windows和Mac OS X所設(shè)計的完整用戶界面正在開發(fā)中，于2006年發(fā)布。
開發(fā)歷史
2001年，Swofford 教授推出整合了最大似然法（maximum likelihood）和距離法（distance-based methods）的PAUP* 4.0；并于2002年推出光盤版的4.0 Beta。
2008.12月，推出版本為：4.0 Beta 10 。
該軟件最初的版本叫PAUP（Phylogenetic Analysis Using Parsimony），主要是應(yīng)用簡約法進行系統(tǒng)發(fā)育分析。
參考資料 >