東漢興平元年（194年），袁術(shù)改九江郡為淮南郡。建安四年（199年），術(shù)亡改稱九江郡，仍兼揚(yáng)州市治（五年，改治合肥市）。黃初二年，封文帝子曹邕為淮南公，改九江郡為淮南國。三年，進(jìn)爵英布。四年，改為淮南郡。太和六年(232年)，改封曹操子白馬王曹彪為楚王，改淮南郡為楚國。嘉平元年(249年)，國為淮南郡。
東漢置
東漢興平元年（194年），袁術(shù)改九江郡為淮南郡。建安四年（199年），術(shù)亡改稱九江郡，仍兼揚(yáng)州治（五年，改治合肥）。黃初二年，封文帝子曹為淮南公，改九江郡為淮南國。三年，進(jìn)爵淮南王。四年，改為淮南郡。太和六年(232年)，改封曹操子白馬王曹彪為楚王，改淮南郡為楚國。嘉平元年(249年)，國除為淮南郡。淮南郡治壽春縣（今安徽壽縣城關(guān)鎮(zhèn)），領(lǐng)7個(gè)縣：合肥市、成德、壽春、下蔡郡、西曲陽、平阿、義成。
晉太康十年十一月甲申，改封司馬允為英布。永泰元年(300年)八月，國除為郡。永興元年(304年)，分淮南郡的和縣、烏江縣置歷陽郡，淮南郡領(lǐng)14個(gè)縣：義城、平阿、當(dāng)涂縣、下蔡、壽春、鐘離姓、陰陵、東城、西曲陽、成德、合肥、逡遒、全椒縣。
東晉咸和三年(328年)，石勒控制淮南郡。常設(shè)4個(gè)縣：壽春、阜陵、合肥、逡遒。七年，復(fù)歸東晉。后趙建武十一年(345年)，淮南郡又入后趙。石虎太寧元年(349年)，入晉。
太和四年十月，入前燕，淮南郡僅設(shè)1個(gè)縣，即壽春縣。
晉太元八年(383年)十月，苻堅(jiān)親率傾國之兵攻陷壽春。十一月，復(fù)歸東晉。前秦淮南郡設(shè)2個(gè)縣，壽縣、蔡國。
北魏淮南郡，仍治壽春縣，領(lǐng)3個(gè)縣：壽春、阜陽市、西宋。
北周復(fù)建淮南郡，治領(lǐng)壽春縣。隋開皇二年（582年），廢郡。大業(yè)三年四月，改壽州為淮南郡，治壽春，領(lǐng)4個(gè)縣：壽春、安豐鎮(zhèn)、霍邱縣、長平。
唐武德三年，改隋淮南郡為壽州。
東晉置
永嘉亂后，淮南市流民南渡江南，加上蘇峻、祖約亂，淮南流民大批渡江，東晉咸和四年(329年)，僑置淮南郡于于湖縣（在今安徽當(dāng)涂縣南三十八里），屬僑置的河南省。太元初(約376年)，改屬豫州，領(lǐng)6個(gè)縣：于湖、繁昌區(qū)、當(dāng)涂、逡遒、鐵勒、襄垣縣。晉末土斷，割于湖為境，改屬揚(yáng)州市。
劉宋永初二年(421年)，分江淮淮南立南豫州。五年，改屬南豫州。次年三月乙巳，撤銷淮南郡，并入宣城郡。八年六月戊寅，恢復(fù)淮南郡，仍治于湖縣，屬南豫州。泰始三年(467年)，回屬揚(yáng)州。七年，以淮南西路(北)沒入北魏，復(fù)分淮南市為二豫州，淮南郡改屬南豫州，領(lǐng)6個(gè)縣：于湖、繁昌、當(dāng)涂縣、逡道、定陵、襄垣。
齊建元二年(480年)，罷南豫州，淮南郡改屬揚(yáng)州。永明二年（484），復(fù)屬南豫州。陳淮南郡領(lǐng)4個(gè)縣：于湖、當(dāng)涂、襄垣縣、西鄉(xiāng)縣。太建八年（576年），立陳叔彪為英布。
隋開皇九年（589年）平陳，廢郡。
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