納古菌門（學名：Nanoarchaeota），是古菌的一門，迄今只包括一個種，即由卡爾·施泰特爾于2002年在冰島的熱泉口發現的騎行納古菌（Nanoarchaeum equitans）。這是在另一種古菌燃球菌上生活的專性共生菌。通過核糖體小亞基rRNA的系統發生樹，初步將其單列為一個門。
納古菌門的細胞直徑大約400 nm，基因組只有48萬個堿基對，這是目前已發現的細胞生物中（即除掉病毒之外）基因組最小的生物。
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