慈云寺遺址是重慶地區目前發現的保存最好的寺廟遺址，其主要由寺廟基址、圍墻、墓群和石橋組成，其后還有一處竹林院，包括禪院、墓群和窯址三部分，遺址面積總計約30000平方米。
慈云寺始建于唐朝，歷經宋、元，到明清時期香火旺盛，禪宗匯集。
發現過程
2009年，一塊湮沒于山林野草中的石碑被偶然發現，墓碑文字記載著一位明朝人游歷慈云寺的經歷。石碑為考古專家們尋找古剎提供了線索，2012年，市文化遺產研究院終于在距離石碑數百米之外的慈云山觀音廟山腰上，找到了已被掩埋在泥土中的慈云寺遺址。
遺址概況
2012年對慈云寺遺址進行了考古發掘，在綜合歷史文獻、遺址和墓群的碑刻題記后，推斷出慈云寺始建于唐代，歷經宋、元、明、清四朝。
明代慈云寺興盛一時，后毀于戰火，在清代和康熙得到了重建擴建，從而形成現存規模。慈云寺在民國尚存，但到上個世紀50年代末被徹底毀壞形成廢墟。
與平原地區的寺廟不同，慈云寺是依山而建，整個寺廟坐西北朝東南，從東南往西北中軸線上依次為前殿、院落、大雄寶殿以及觀音殿遺址。
慈云寺墓群由兩處墓地構成，深藏于遺址兩側的山林之中，為宋代至清代慈云寺主持、長老及僧人墓地，有崖墓、石室墓和石圍土壕墓三種形制，分布面積約為6600平方米。
清代知府李為棟曾在他那篇膾炙人口的《多子山慈云寺游記》末尾叮囑后人：“（慈云寺）惟老樹千章，為名山垂蔭，勿剪勿伐，是所望于后來者” ? 。
發掘情況
由重慶市文化遺產研究院、九龍坡區文物管理所聯合進行的慈云寺遺址考古發掘工作全面結束。此次發掘于2013年9月13日開始，至12月4日結束，歷時近3個月，發掘面積達1800平方米，共發現并清理了石碑、石雕、瓦當、柱礎、銅錢、佛像、佛座、陶瓷碗盆等文物（標本）逾百件，經初步鑒定，文物時代以明清遺存為主。
此次考古工作以寺廟基址為主體，出土文物年代久遠、數量眾多，是目前為止重慶地區規模最大、收獲最豐富的一次宗教考古發掘。下一步，考古工作人員將對出土的器物（標本）進行資料整理，并組織專家對部分殘損文物進行修復，為進一步研究當地的寺廟建筑與宗教習俗提供重要的學術參考資料。
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