南通市人民政府是國家行政機關，對南通市人民代表大會和江蘇省人民政府負責并報告工作。南通市人民代表大會閉會期間，對南通市人民代表大會常務委員會負責并報告工作。
南通市人民政府每屆任期五年。
主要職責
（一）執行本級人民代表大會及其常務委員會的決議，以及上級國家行政機關的決定和命令，規定行政措施，發布決定和命令；
（二）領導所屬各工作部門和下級人民政府的工作；
（三）改變或者撤銷所屬各工作部門的不適當的命令、指示和下級人民政府的不適當的決定、命令；
（四）依照法律的規定任免、培訓、考核和獎懲國家行政機關工作人員；
（五）編制和執行國民經濟和社會發展規劃綱要、計劃和預算，管理本行政區域內的經濟、教育、科學、文化、衛生、體育、城鄉建設等事業和生態環境保護、自然資源、財政、民政、社會保障、公安、民族事務、司法行政、中華人民共和國人口與計劃生育法等行政工作；
（六）保護社會主義的全民所有的財產和勞動群眾集體所有的財產，保護公民私人所有的合法財產，維護社會秩序，保障公民的人身權利、民主權利和其他權利；
（七）履行國有資產管理職責；
（八）保護各種經濟組織的合法權益；
（九）鑄牢中華民族共同體意識，促進各民族廣泛交往交流交融，保障少數民族的合法權利和利益，保障少數民族保持或者改革自己的風俗習慣的自由，幫助本行政區域內的民族自治地方依照憲法和法律實行區域自治，幫助各少數民族發展政治、經濟和文化的建設事業；
（十）保障憲法和法律賦予婦女的男女平等、同工同酬和婚姻自由等各項權利；
（十一）辦理上級國家行政機關交辦的其他事項。
機構設置
南通市人民政府辦公室
南通市發展和改革委員會
南通市教育局
南通市科學技術局
南通市工業和信息化局
南通市民族宗教事務局
南通市公安局
南通市民政局
南通市司法局
南通市財政局
南通市人力資源和社會保障局
南通市自然資源和規劃局
南通市生態環境局
南通市住房和城鄉建設局
南通市城市管理局
南通市交通運輸局
南通市水利局
南通市農業農村局
南通市商務局
南通市衛生健康委員會
南通市退役軍人事務局
南通市應急管理局
南通市審計局
南通市人民政府外事辦公室
南通市政府國有資產監督管理委員會
南通市數據局
南通市市場監督管理局
南通市體育局
南通市統計局
南通市醫療保障局
南通市信訪局
南通市國防動員辦公室
南通市機關事務管理局
國家稅務總局南通市稅務局
南通市氣象局
南通市住房公積金管理中心
南通市供銷總社
現任領導
注：更新截止2026年2月
參考資料 >
市政府領導.南通市人民政府.2024-03-28
中華人民共和國地方各級人民代表大會和地方各級人民政府組織法.中國政府網.2024-03-28
機關簡介.南通市人民政府.2022-08-15
王凱已任江蘇無錫市委常委、常務副市長.今日頭條-澎湃新聞.2025-11-03
南通4名廳級干部履新，吳新明辭任市人大常委會主任.今日頭條·荔枝新聞.2026-01-24