功能基因組學是指基于基因組序列信息，利用各種組學技術，在系統水平上將基因組序列與基因功能（包括基因網絡）以及表型有機聯系起來，最終揭示自然界中生物系統不同水平的功能的科學，外文名Functional Genomics，利用結構基因組所提供的信息和產物，發展和應用新的實驗手段，通過在基因組或系統水平上全面分析基因的功能，使得生物學研究從對單一基因或蛋白質的研究轉向多個基因或蛋白質同時進行系統的研究，采用的手段包括經典的減法雜交，差示篩選，cDNA代表差異分析以及mRNA差異顯示等，功能基因組用功能不明的分離基因作為起始點，然后選擇具有該同源基因的生物模型。這一生物模型可以是簡單的酵母細胞或復雜的線蟲甚至老鼠。基因被選擇性地用多種遺傳技術滅活，在此生物體上選擇性去除的效果被確定。通過這種方法去除基因，它對生物功能的貢獻就能夠被識別。功能基因組在評估和檢測新藥時十分有用。在另一種方法中，一整套基因被系統地滅活，人們就可以檢測其對特定細胞功能的影響。
歷史由來
基因組（GENOME）一詞是1920年Winkles從GENes和chromosOEs鑄成的，用于描述生物的全部基因和染色體組成的概念。
1986年美國科學家Thomas Roderick提出了基因組學（Genomics），指對所有基因進行基因組作圖（包括遺傳圖譜、物理圖譜、轉錄本圖譜），核酸序列分析，基因定位和基因功能分析的一門科學。因此，基因組研究應該包括兩方面的內容：以全基因組測序為目標的結構基因組學（structural genomics）和以基因功能鑒定為目標的功能基因組學（functional genomics)，又被稱為后基因組（postgenome）研究，成為系統生物學的重要方法。
后基因組學
功能基因組學（Functional genomics）又往往被稱為后基因組學（Postgenomics），它利用結構基因組所提供的信息和產物，發展和應用新的實驗手段，通過在基因組或系統水平上全面分析基因的功能，使得生物學研究從對單一基因或蛋白質的研究轉向多個基因或蛋白質同時進行系統的研究。這是在基因組靜態的堿基序列弄清楚之后轉入對基因組動態的生物學功能學研究。研究內容包括基因功能發現、基因表達分析及突變檢測。基因的功能包括：生物學功能，如作為蛋白質激酶對特異蛋白質進行磷酸化修飾；細胞學功能，如參與細胞間和細胞內信號傳遞途徑；發育上功能，如參與形態建成等。采用的手段包括經典的減法雜交，差示篩選，cDNA代表差異分析以及mRNA差異顯示等，但這些技術不能對基因進行全面系統的分析，新的技術應運而生，包括基因表達的系統分析（serial analysis of gene expression,SAGE），cDNA微陣列（cDNA microarray），DNA 芯片（脫氧核糖核酸 chip）和序列標志片段顯示（sequence tagged fragments display，中科院曾邦哲提出，20th ICG德國柏林）技術、微流控芯片實驗室等。
參考資料 >