自然指數（Nature Index）于2014年11月首次發布，是依托于全球100多種頂級期刊（2014年11月開始選定68種，2018年6月改為82種，2023年收錄期刊總數增至145種），統計各高校、科研院所（國家）在國際上最具影響力的研究型學術期刊上發表論文數量的數據庫。運用這個數據庫，可以根據各機構的論文發表數量及類別來進行排名和期刊索引，這一數據庫的實時在線版免費為公眾開放。
自然指數已發展成為國際公認的、能夠衡量機構、國家和地區在自然科學領域的高質量研究產出與合作情況的重要指標，在全球范圍內有很大影響力。
統計指標
自然指數有三種計量方法來追蹤作者的單位信息：
論文計數(article count/AC)-不論一篇文章有一個還是多個作者，每位作者所在的國家或機構都獲得1個AC分值。
分數式計量（fractional count/FC）-FC考慮的是每位論文作者的相對貢獻。一篇文章的FC總分值為1，在假定每人的貢獻是相同的情況下，該分值由所有作者平等共享。例如，一篇論文有十個作者，那每位作者的FC得分為0.1。如果作者有多個工作單位，那其個人FC分值將在這些工作單位中再進行平均分配。
加權分數式計量（weighted fractional count/WFC）-即為FC增加權重，以調整占比過多的天文學和天體物理學論文。這兩個學科有四種期刊入選自然指數，其發表的論文量約占該領域國際期刊論文發表量的50%，大致相當于其它學科的五倍。因此，盡管其數據編制方法與其他學科相同，但這四種期刊上論文的權重為其他論文的1/5。
更新方式
根據知識共享協議，自然指數最近12個月的數據快照都在指數網站上滾動發布，以方便用戶分析自己的科研產出情況。通過該網站，科研機構可根據大的學科分類瀏覽自己最近12個月的論文產出情況，各機構的國際和國內科研合作情況也有顯示。
過往排名
2016年
2016自然指數排行榜（Nature Index2016Tables）顯示，中國是全球高質量科研論文的第二大貢獻國，僅次于美國。在自然指數排列前十的國家中，只有中國在2012至2015年期間呈現兩位數的年均增長率，并且有些中國大學的年復合增長率高達25%。
自然指數排行榜展示了最近四年的各年度指數，并全部于4月20日首次對外發布。自然指數依據的是各國或各科研機構對每年發表的約六萬篇高質量的科研論文的貢獻情況，既計算論文總數，又計算不同國家和機構在每篇論文上的相對貢獻（計算方法詳見“關于自然指數”部分）。
2015年自然指數顯示，中國科學院是位居世界首位的科研機構，居第二、三位的是哈佛大學和法國國家科研中心（CNRS）。北京大學是在中國位居第一的大學（全球第11位）。而且，南京大學（全球第20位）、清華大學（全球第24位）、中國科學技術大學（全球第26位）、浙江大學（全球第37位）、復旦大學（全球第38位）和南開大學（全球第50位）也身全球大學50強。
中國不僅作為一國而言有著高達13%的科研產出增長率，中國一些大學的增長率也非常之高。例如，蘇州大學2015年在中國大學中位居第9，2012到2015年期間科研產出的年復合增長率達25%。
自然指數網站可以免費、快速和簡便地查閱全球8000多家科研機構和150個國家最近的科研表現。2016排行榜背后的數據依然可免費獲取，以方便用戶去研究論文發表及合作的模式，并且實時追蹤論文的媒體影響力。
伴隨自然指數排行榜的發布，新聞板塊也已在自然指數網站上線，由自然指數的編輯們就最新的數據，如機構和國家層面的指數表現和信息圖形，提供持續的編輯分析和評論。分析的內容還包括來自其它信息源的信息，如人口統計數據、國家研發經費投入、科技政策及科研資助的變化等，以便于在特定背景下理解自然指數的數據。
自然指數創始人David Swinbanks對此評論說：“自然指數為分析高質量的科研產出帶來了一種免費獲取和簡明易懂的方法，這對科研界現有的其它衡量標準和評估工具是一個補充。我們聚焦于數量相對較少的高質量論文，并經過了相關學科在職科學家所組成的獨立小組的認定，旨在為科研機構、政策制定者、科研分析人員、商業機構，以及更多的科研界人士提供一種針對高質量科研產出的觀點。由于已積累了超過四年的數據，自然指數正成為一個日益強大的工具，因為它提供的不僅僅是一個數據快照，而且是每年不斷添加的數據，這有助于闡明高質量科研產出和科研合作模式逐步變動的趨勢。”
2019年
2019年6月20日，2019自然指數年度榜單正式發布，中國科學院再次位列全球首位。根據此前發布的自然指數數據，中科院已連續7年位列該排行榜全球第一。
此次最新的自然指數是基于2018年1月1日至12月31日的統計數據。該排行榜顯示，中科院在全球科研機構綜合排名中高居榜首，哈佛大學、德國馬普學會、法國國家科研中心、美國斯坦福大學分列2~5位。同時，中科院在化學、物理科學、地球與環境科學3個學科領域繼續排名第一；在生命科學領域排名全球第5，比上年提升一位。
榜單顯示，有43家美國機構和17家中國機構躋身全球100強。其中，中國十家領先的科研機構為中科院（第1）、北京大學（第10）、清華大學（第13）、南京大學（第15）、中國科學技術大學（第17）、中國科學院大學（第24）、浙江大學（第27）、復旦大學（第34）、上海交通大學（第41）、南開大學（第51）。
2020年
2020年4月30日，Nature指數公布了2019年1月1日到2019年12月31日大學/機構排名，也就是說最新的一期世界機構/世界大學學術排名正式出爐。
在世界機構/大學學術排名中，中國科學院位居榜首，其次是中國科學技術大學，北京大學及清華大學。中國科學技術大學在學術領域蟬聯高校第一，另外有20個大學/機構順利挺進全球前100名，南方科技大學首次進入全球100名。
2020中關村論壇重大成果發布會在北京舉行。自然指數創始人戴維·斯文班克斯在會上發布了“自然指數-科研城市2020”最新成果。研究數據表明，北京在全球科研城市中再次位列第一，第2至5位分別為紐約、波士頓、舊金山圣何塞地區和上海市。
來源期刊
Advanced Materials
Analytical Chemistry
Angewandte Chemie International Edition
Chemical Communications
Chemical Science
Inorganic Chemistry
Journal of the American Chemical Society
Macromolecules
Nano Letters
Nature(only articles classified in this subject 面積)
Nature Chemical Biology
Nature 化學
Nature Communications(only articles classified in this subject area)
Nature Materials
Nature 納米技術
Organic Letters
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America(only articles classified in this subject 面積)
Science(only articles classified in this subject area)
Science Advances(only articles classified in this subject area)
The Journal of Physical Chemistry Letters
Earth and Planetary Science Letters
Ecology Letters
Environmental Science and Technology
Geochimica et Cosmochimica Acta
Geology
Geophysical Research Letters
Journal of Geophysical Research:Atmospheres
Journal of Geophysical Research:固體 地球
Nature(only articles classified in this subject area)
Nature Climate Change
Nature Communications(only articles classified in this subject area)
Nature 地球科學
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America(only articles classified in this subject 面積)
Science(only articles classified in this subject area)
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H?O Research
生命科學
American Journal of Human Genetics
Cancer 細胞
Cancer Research
Cell
Cell 宿主 & Microbe
Cell 新陳代謝
Cell Stem Cell
Current Biology
Developmental Cell
Ecology Letters
eLife
Genes&Development
Genome Research
Journal of Biological 化學
Journal of 細胞 Biology
Journal of Clinical Investigation
Journal of Experimental Medicine
Journal of 神經科學
Molecular Cell
Molecular Psychiatry
Nature(only articles classified in this subject 面積)
Nature Biotechnology
Nature 細胞 Biology
Nature Chemical Biology
Nature Communications(only articles classified in this subject area)
Nature Genetics
Nature Immunology
Nature Medicine
Nature Methods
Nature 神經科學
Nature Structural&Molecular Biology
Neuron
PLOS Biology
PLOS Genetics
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America(only articles classified in this subject 面積)
Proceedings of the Royal Society B
Science(only articles classified in this subject area)
Science Advances(only articles classified in this subject area)
Science Translational Medicine
The EMBO Journal
The ISME Journal:Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology
The Plant Cell
物理學
ACS Nano
Advanced Functional Materials
Advanced Materials
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Astronomy&Astrophysics
European Physical Journal C
Journal of High Energy 物理學
Monthly Notices of the Royal Astronomical Society:Letters
Nano Letters
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Nature Communications(only articles classified in this subject area)
Nature Materials
Nature 納米技術
Nature 光子學
Nature 物理學
Physical Review A
Physical Review B
Physical Review D
Physical Review Letters
Physical Review X
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America(only articles classified in this subject area)
Science(only articles classified in this subject area)
Science Advances(only articles classified in this subject area)
The Astrophysical Journal Letters
參考資料 >