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島嶼町村制，明治維新之后、日本政府為了建立中央集權的國家，開始著手變更地方行政制度，在1871年先制定了大區小區制，并在隔年開始實施，但此制度并未考量各地狀況，未能順利推行。1878年日本政府制定“地方三新法”，確定了地方行政制度的架構，包括“府縣”、“郡區”、“町村”的三級架構，之后陸續1888年實施市制和町村制。
島嶼地區
在1888年實施市制和町村制時，島嶼地區被排除在外，不視為本土，另設置“島廳”由各地府縣直接管轄；直到各地陸續實施“島嶼町村制”，或是取消島嶼指定狀況，視為本土并施行“町村制”之后，各島嶼地區才開始設置町村。
伊豆群島及小笠原群島
由于人口較少，且小笠原群島上有來自歐美的居民，因此最初由東京直接管轄。
隠岐群島
隠岐群島上最初曾設置海士郡、知夫郡、周吉郡、穩地郡四郡，并設置郡役所負責行政之管理；直到1889年廢除四郡，設置隠岐島廳，隸屬島根縣管轄。
對馬島
吐噶喇群島及奄美群島
沖繩縣
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