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膝溝藻屬（學名：Gonyaulax）是雙鞭毛蟲門的一個屬，其物種一般稱作膝溝藻。該屬物種是已知可引起赤潮的一個甲藻的屬，其中鏈條膝溝藻可能會導致貽貝中毒。膝溝藻屬屬于紅色甲藻，常引起赤潮，分泌一種名為“鞘毒素”的有毒毒素，會導致人類癱瘓。模式種為具刺膝溝藻（Gonyaulax spinifera）。
形態特征
膝溝藻屬的生物體由緊密接合的纖維素質板覆蓋，并有兩根鞭毛：一根從甲鞘的縱溝里向下延伸，另一根在一條環溝中，用以保持軀體的漂浮。無眼點，含有色素的色素細胞呈黃色或深棕色。
棲息環境
膝溝藻屬的生物體棲于淡水、海水，或半咸水。鏈條膝溝藻(G. catenella)有時數量豐富得足以使海水變色，這種現象稱為赤潮(紅色 tide)，可毒殺許多魚類和其他動物。
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