旗本（はたもと；Hatamoto）是石高未滿1萬石的江戶幕府時期武士，在將軍出場的儀式上出現的家臣，他們為德川軍的直屬家臣，即使薪酬只有100石的家臣，都視為旗本。旗本所統治的領地稱作知行所。在日本戰國時代，部份大名有使用旗本或與旗本相似的制度。旗本一詞最初指的是在戰場上守護主君軍旗的武士團。
戰國時代的旗本
戰國時代大名除了使用他的家臣指揮他的軍隊外，一些大名會安排由他直接指揮的軍隊（概念與侍衛相似）。例如上杉家的旗本千坂景親在每一次上杉謙信出征的時候，他也會在本陣留守。并取得良好的戰績。在戰國時代，旗本一般是指直接受主君指揮且屬于直屬部隊的家臣，有別于國人眾等獨立于主君之外的私人軍團所編成的幕下層。一般會以譜代家臣為中心來編成部隊，并在戰時組成主君的本陣。構成幕下的地方豪強，特別是國人眾不僅完全獨立于主君之外，部分甚至還是擁有城池的獨立領主，在這種背景下，主君則信賴其直屬的旗本家臣團，并且以其為中心來進行國政。
江戶時代的旗本
旗本的定義就是1萬石以下，而且是將軍的直臣，都當作旗本，當中喜連川氏是例外，雖然他們只領有五千石，但江戶幕府當作為大名。通常旗本由一些失格的大名（例：最上、福島）以及一些大名家的末子。一些收入較高的旗本，平時的工作為負責江戶城的護衛。收入較少的旗本會被編入小普請的工作。江戶時代對于旗本的俗稱為“旗本八萬騎”，根據1722年調查數目為5000。共100名為擁有5000石以上的石高，300名擁有3000石以上，當中九成的旗本只有500石以下。旗本又分為：鐵炮眾,馬回,小姓,弓眾,黑母衣眾,赤母衣眾。旗本中橫田家，在橫田準松這一代，加增至9千5百石，成為旗本的最高位。其次為深溝藩板倉重昌的次子板倉重直，八千石。
旗本側近向來為大名所倚重，因為他們是大名政治體系中的新鮮血液，適當的注入可以有效的提高大名政體運作的向心力。以室町幕府最強將軍之稱的足利義滿為例，其大力招募那些武士世家的沒有繼承權的武士，給予他們近衛軍和貼身秘書的權力。一旦看那家大名不順眼，馬上就有了彈藥隨時可以介入其中。重用這些無根基的旗本，他們只會更依賴于大名，所以織田信長能那么成功，跟他注重培養旗本側近有關。織田信長利用阿犬前田利家強力介入前田家家督統繼，這些事件變相的提高了家督威望跟對麾下豪族的控制力，這在“下克上”風暴的戰國時期是非常重要的。
在江戶時代，旗本是以在三河發跡的德川家家臣為代表。其他還有北條家、武田家、今川家的遺臣、大名的族人、改易大名的名號繼承者、偏遠地方的豪族或大名，以及戰國大名、守護大名如赤松氏、畠[tián]山家、別所家、北條家、富?家、最上家、山名家、武田家、今川家、大友家、織田家、金森家、滝川家、筒井家、土岐家、福島正則的嫡系子孫、庶出子孫構成。江戶時代初期至中期，幕府認可大名的旗本，因此當時盛行創立稱作分知的旗本家分家。
領地的石高特別高的旗本，被稱作“大身旗本”。旗本中同樣也有類似“參勤交代”的制度，稱作“交代寄合”。交代寄合大多數都是石高較高的家系，但也有像德川將軍家本家分支的松平鄉松平家〈石高僅有四百二十石〉或米良家〈領地為荒蕪的無高、米良山〉這樣石高較少的家系。負責參與各式儀式、接待大名及擔任大名禮儀指導的如吉良家、畠山家、今川家、武田家等舊名門出身者，在家臣團中被稱呼為“高家”。高家最初只有吉良家、今川家、石橋家三家，后來逐漸增加到二十六家。高家中大多數都是石高達一千石左右，擔任的官位比起領有的俸祿要高出不少。高家甚至能當到與十萬石大名平級的官位，但石高最高也不曾達到五千石。另外，高家若要擔任其他的幕府職位，必須先脫離高家成為旗本。
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