IPA(Ingenuity Pathway Analysis),是基于云計算的一體化生物通路分析軟件。其在高度結構化的生物信息學平臺Ingenuity Knowledge Base支持下,一方面可以搜索基因、蛋白、藥物等的各類相關信息,并構建相互作用模型;另一方面還可以分析來源于基因組、micro-核糖核酸、SNP、芯片、代謝組、蛋白組等的實驗數據。
近年來,隨著IPA軟件的發展和完善,已經廣泛地被生命科學研究學界接受,并且目前使用IPA處理數據發表的論文高達上萬篇,如在疾病發病機理、癌癥等方面。
應用介紹
安全無毒
TheInternationalPediatricAssociation(IPA)wasformedinParisin1910byagroupofEuropeanped
應用領域
基因組學轉錄組學
IPA可以用于應用于絕大多數基因、轉錄組的生物學問題。
·探索性實驗:尋找有意義的分子、功能或者作用機制
·轉錄調控:尋找可能的轉錄因子、轉錄調控網絡
·疾病分類:多基因分型,找到區分不同亞型的關鍵分子
·毒理基因組學:結合轉錄組學和毒理學,找到毒物作用的靶標
蛋白質組學
IPA可以對試驗得到的蛋白質組數據進行相對較全面的分析,深入了解蛋白質表達機制和相關生物學過程。如翻譯后修飾;信號通路傳遞機制;蛋白相互作用;差異蛋白標志物篩選等。
microRNA研究
IPA軟件中microRNA研究包括功能研究與調控篩選兩部分。
·microRNA功能研究:找到現有的miRNA作用于疾病的方式
·microRNA-mRNA調控篩選:結合miRNA和mRNA數據,找到兩者作用關系
代謝組學
IPA可以為代謝物研究提供關鍵的調控信息,進而更好的理解代謝組數據中從細胞形態學到代謝作用機制的信息。如:代謝過程通路分析;尋找并可視化代謝物調控或合成過程等。
藥物研究
通過藥物對不同疾病組織的刺激結果的表譜分析,從而發現已知藥物的新應用領域,包括網絡藥理學藥物重定位、中草藥活性成分調控機制等。
生物標志物發現
IPA可以從試驗數據集中識別最相關,最有潛力的候選生物標志物,具體如下:
·生物標志物進展篩選:篩選目標分子在各類疾病中的臨川篩查的應用進展和應用類型
·生物標志物應用可行性預測:快速篩選相關分子在各器官、各組織中的表達情況和臨床可檢測情況
軟件特點
準確性高
IPA軟件中涵蓋的數據、文獻等均為生物學領域的專家們從各大專業的雜志與期刊中人工摘取的。
及時性好
IPA軟件中的數據庫由500多名博士每周閱讀文章并進行更新,這保證了其及時性。
易用性好
IPA軟件是專為生物學家開發的,因此操作簡單,易于使用。
分析全面
IPA軟件數據分析基于IPKB整套分析工具。
參考資料 >
IPA.360手機助手.2015-05-12