根據1985年《中共中央關于科學技術體制改革的決定》精神，北京市于1990年10月30日設立了北京市自然科學基金（以下簡稱市基金）。
其宗旨是根據北京市科技、經濟和社會發展的需要，加強和發展相應的基礎性研究，發現和培養人才，以促進北京市科學技術進步，持續不斷地支持首都經濟和社會發展。
宗旨
北京市自然科學基金設立20年來，依托首都良好的社會經濟條件，在北京市科委、市財政局等政府部門的大力支持以及首都廣大科技人員的傾心相助下，致力于發展首都的基礎性研究，致力于在基礎性研究的層面上為首都的建設和發展服務，致力于人才培養和隊伍建設，致力于為基礎性研究營造良好的環境和氛圍，致力于弘揚科學基金制的精神、形成自身的優勢和特色。在力求提高資助項目的研究水平和為首都服務的水平上，開拓創新，進行了積極的探索和實踐。建立了自由申請平等競爭制度、同行專家評審民主裁決制度、回避制度與保密制度、項目管理制度等，制定了一系列基金管理辦法，對項目執行過程進行監督與規范，建立了項目基金、自然科學專著出版基金、對外合作交流活動基金、會長基金的項目資助體系。經過四屆北京市自然科學基金委員會的不懈努力，北京市自然科學基金與科技部、國家自然科學基金員會、北京市教育委員會等管理部門建立了密切的聯系，基金的作用和管理水平不斷得到提高，影響逐步擴大。
發展
20年來，北京市自然科學基金共受理基金申請項目33338項，資助申請項目3459項，資助經費總額34931.95萬元。作為首都科技創新體系的重要組成部分，北京市自然科學基金得到了北京市政府的大力支持，基金規模從成立之初的150萬元發展到2010年的5000萬元。北京市自然科學基金在開展有限目標引導下的基礎性研究，進一步引導中央機構在京科技優勢為首都的建設和發展服務，促進中央單位與市屬單位的合作，努力提高本市基礎性研究的創新能力和學術水平，營造良好的學術氛圍，培養和造就一批優秀青年科技人才等方面發揮了越來越重要的作用，成為基金規模較大、資助強度最高，具有較大影響力的地方科學基金之一。
2022年7月7日，第七屆北京市自然科學基金委員會成立大會在中關村展示中心會議中心順利召開。會上，市自然基金與小米公益基金會簽約設立“北京市自然科學基金-小米創新聯合基金”。北京小米公益基金會向市自然基金捐贈5億元 （每年捐贈5000萬元，捐贈期10年），重點支持本市人工智能、電子信息、智能制造等領域的基礎研究。
參考資料 >
雷軍：小米捐贈5億成立北京市自然科學基金-小米創新聯合基金.新浪網·三言財經.2022-07-09