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柄銹菌科（學名：Pucciniaceae）是柄銹菌目下的一個科，主要寄生在種子植物和蕨類植物上，產生銹色的銹孢子和夏孢子。有的是多年生和異種寄生。該科包含約五千種菌類，其中主要是麥、梨等農作物的病源，因此在農業上具有重要意義。
形態特征
柄銹菌科的菌絲內無合體細胞，多具有吸器。
孢子生命周期
生活史中有產生五種孢子的時期，但是，一種菌在其生活史中不一定形成所有的五種孢子。有的欠缺1-2種（長世代型）；有的僅以冬孢子重復其生活史（短世代型）。
阿撒爾（J．C．Arthur）用0，Ⅰ，Ⅱ，Ⅲ，Ⅳ的符號表示各孢子的時期。0表示產生性孢子器的性孢子期；Ⅰ為形成銹孢子器的銹孢子期；Ⅱ為形成夏孢子器的夏孢子期。夏孢子要附在其他寄主上發芽，并可再次產生Ⅱ的菌絲，再就是也可變成Ⅲ的菌絲，但也有產生比普通夏孢子厚、且有褐色外壁的休眠夏孢子的情況時可將符號記作Ⅱx或X。Ⅲ為冬孢子器的冬孢子期；Ⅳ則是產生擔子并形成擔孢子的擔子期。
寄主關系
進行異種寄生的，在其生活史上0和Ⅰ附于一種寄主；Ⅱ和Ⅲ或是只是Ⅲ附于其他寄主上。只有Ⅲ為不完全型，但并不歸入半知菌綱而被歸入柄銹菌科。經二種以上寄主的，其例有小麥赤銹病的中間寄主唐松草屬（Thalictrum）、梨膠銹菌屬的中間寄主的檜屬（Juniperus）等。
下屬分類
本科包括以下屬：
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