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1504年9月，長忠的兄長藥師寺長一宣布擁立細川澄元，在淀城舉兵造反。 6天之后被細川政元鎮壓，長忠繼任藥師寺家家主以及攝津守護代，藥師寺家轉向支持細川澄之。 1507年6月，在已知繼承無望的情況下，細川澄之收買政元的警衛，派人刺殺了細川政元，在香川元長和藥師寺長忠等人的支持下，擊敗細川澄元，將他驅逐出了京都。
正文
1501年，顯赫一時的“半將軍”細川政元宣布隱居。他的兩個養子，細川澄元和細川澄之，分別得到了細川氏不同派系的家臣擁護，雙方為爭奪家督繼承權，展開了一系列明爭暗斗。
細川澄元的家臣三好之長，聯合阿波細川氏庶流細川高國出兵入京，內的勢力大多數倒向了高國一方。
大約過了四十日之后的永正四年八月一日，藥師寺長忠堅守的茨木城陷落，長忠戰死。身為細川高國家臣的藥師寺長一之子萬德丸（藥師寺國長），在討伐叔父的戰斗中戰功卓著，繼任家主，次年擔任攝津守護代。
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