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單鏈構象多態性（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一種分離核酸的技術，可以分離相同長度但序列不同的核酸（性質類似于DGGE和TGGE，但方法不同）。
原理
單鏈構象多態性（Single-strand conformation polymorphism，SSCP)分析可以檢測脫氧核糖核酸序列之間的不同。SSCP首先由Lee 等用于研究自然微生物群體的多樣性。在低溫條件下，單鏈DNA呈現一種由內部分子相互作用形成的三維構象，它影響了DNA在非變性凝膠中的遷移率。相同長度但不同核苷酸序列的DNA由于在凝膠中的不同遷移率而被分離。遷移率不同的條帶可被銀染或者熒光標記引物檢測，然后用DNA自動測序進行分析。用PCR-SSCP技術可以進行序列差異的測定，而敏感度會隨著片段長度的增加而降低。但是只要條帶被凝膠電泳分離開就可以進行系統發育的研究。在Schmalenberger和Tebbe的研究中，測序技術表明一個單鏈也許包括多種序列，電泳條件也會因此影響基因結構的確定進而影響生物多樣性的研究。在非變性條件下，單鏈核酸分子由于分子內序列互補，可形成二級和三級結構，即不同構象。在凝膠電泳中，未變性的單鏈核酸分子通過以下性質分離：鏈長、分子間相互作用以及一級結構的變化，即某些位點的一個核苷酸發生改變也可能影響整個構象。
實驗步驟
利用PCR從提取出的脫氧核糖核酸中擴增16S rRNA基因。利用λ-外切核酸酶消化掉一條鏈（其中一個PCR引物被磷酸化，這條鏈將被去除）。非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)。
應用
單鏈構象多態性可用于預篩選克隆文庫。可對其中的某一個條帶進行測序，并與數據庫中已知序列比對。
參考資料 >