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持明院統(tǒng)是指鐮倉時代后期至日本南北朝時代的后深草天皇系統(tǒng)，即第88代后嵯峨天皇之子與第89代后深草天皇的子孫。后嵯峨天皇禪位給后深草天皇后又反悔，立其另一愛子為龜山天皇，導(dǎo)致后深草天皇的子孫被稱為持明院統(tǒng)，而山天皇的后裔則稱為大覺寺統(tǒng)。在鐮倉師爺的調(diào)停下，兩統(tǒng)決定輪流即位，即所謂的兩統(tǒng)迭立。這一安排最終導(dǎo)致了日本南北朝的分裂。今日本皇室來自于持明院統(tǒng)。
歷代天皇
后深草天皇（89代）
伏見天皇（92代）
后伏見天皇（93代）
花園天皇（95代）
光明天皇（北朝2代）
崇光天皇（北朝3代）
后光嚴天皇（北朝4代）
后圓融天皇（北朝5代）
后小松天皇（北朝6代?100代）
稱光天皇（101代）
在北朝的后小松天皇時期，足利義滿迫使南梁的后亀山天皇退位并交出三神器，實現(xiàn)了南北朝的統(tǒng)一。根據(jù)兩統(tǒng)迭立的原則，繼任者應(yīng)當是大覺寺統(tǒng)的子孫，但小松天皇違背了這一約定，讓自己的兒子實仁親王即位為稱光天皇，并宣布兩統(tǒng)迭立的結(jié)束。
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