產生異形孢子的植物，其小孢子形成的囊狀生殖器官稱為小孢子囊，是大孢子囊的對應詞。
在卷柏屬（卷柏屬）是在小孢子葉基部內側作為起源于表皮系統的器官而形成的，具有二層囊壁細胞。在水生蕨類（Hydropteridales），是生長在小孢子囊果中的生殖托上，具有一層囊壁細胞。無環帶，但有類似環帶的有一列厚壁細胞的種類。
種子植物，尤其是裸子植物的花粉囊，由于產生與蕨類小孢子相同的花粉，所以也稱為小孢子囊。
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