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浮霉菌門（Planctomycetes）是一類水生細菌，廣泛分布于海水、半咸水和淡水中。
結構特點
浮霉菌門細胞壁中含有糖蛋白，但不含胞壁質，因此可以通過青霉素等破壞細胞壁的抗生素來選擇性富集。其中，出芽菌屬（Gemmata）的染色質被膜包圍且緊縮，類似真核生物的細胞核，這在原核生物中是獨一無二的。
繁殖方式
其細菌種類包括浮霉菌屬（Planctomyces）和小梨形菌屬（Pirellula），這些細菌均為專性好氧菌，通過出芽法繁殖。形態上，它們通常是卵形，不過用來繁殖的一端有柄，可以用來附著。
相似細菌
在浮霉菌門中還有一類和浮霉菌屬等關系較遠的細菌，如(Candidatus Brocadia)、(Candidatus Kuenenia)和(Candidatus Scalindua)屬，它們至今未能成功分離得到純菌株，因此尚未獲得正式命名和分類。它們能夠在缺氧環境下利用亞硝酸鹽(NO2-)氧化銨根(NH4+)生成氮氣來獲得能量，因此稱作厭氧氨氧化菌(anaerobic ammonium oxidation, Anammox)，對全球氮循環具有重要意義，也是污水處理中重要的細菌。
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