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半人馬擁有兩套消化系統，他們可以根據食物的區別選擇用哪一套系統來進行消化，但人類消化系統的大腸并不在人體的腹部位置，而是在馬體內的脊背位置，并與馬的消化系統共用直腸。由于人體腹腔內沒有大腸，所以在腹部兩側具有更多的肌肉組織。
半人馬擁有兩套血液循環系統和呼吸系統，也就是兩個心臟和四個肺，分別供應兩部分的氧氣和血液循環，其中人與馬的連接部位有額外的呼吸孔，連接著馬體內的肺。
半人馬只有一套神經系統，大腦位于人頭部分，泌尿和生殖系統也只有一套，位于馬體內。
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