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水谷琢元（生歿年不詳）是日本江戶時代的圍棋棋士，棋力六段，活躍于天明年代。他是本因坊家外家水谷家的首位家督，其子水谷琢順后來成為二世。
人物經歷
水谷琢元在1777年升上三段，留下與業余棋士小松快禪黑三目勝的紀錄。之后可以被察元讓先而升為四段，且戰勝小松快禪，使察元感到驚訝。
1782年開始與安井家年輕家督仙知仙角對局，一開始仙知先一勝一敗，之后琢元被讓先相先一勝四敗一和。1784年開始與服部因徹分先下了二十六局，十二勝十三敗一和。1786年晉升為五段，晚年升上六段。
1797年收關山仙太夫為徒，隔年推薦其拜于本因坊烈元門下，成為后來有名的業余棋士。之后水谷家由琢元的兒子水谷琢順繼任，水谷家一路延續到明治時期的水谷四谷。
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