球孢蟲科（學名：Sphaerosporidae）為雙殼目的一個科，屬于原生動物門、粘體動物門、粘孢子蟲綱。此科的模式屬為球孢蟲屬(Sphaerospora)。其形態主要是在孢子縫面觀常為球形，殼面為紡錘形或與其相近似的形狀。孢子具極囊2個，位于一端，排列在縫面的垂直面上。
球孢蟲科在孢子縫面觀常為球形，殼面為紡錘形或與其相近似的形狀。孢子具極囊2個，位于一端，排列在縫面的垂直面上。
我國有1屬，球孢蟲屬（Sphaerospora Thelohan，1892）。
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