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配體結合是指酶或受體與特定小分子之間的相互作用。這種結合通常發生在蛋白質分子的一個疏水區域，即所謂的配體結合區。
結構特征
酶或受體的配體結合區通常是其蛋白分子內部的一個疏水性口袋。在這個區域內，小分子能夠與酶或受體緊密結合。在非虛擬篩選的過程中，能夠與酶或受體結合的小分子一定是在其活性結合位點上發生作用。這些結構信息可以通過查閱公共的PDB數據庫來獲取，其中包含了已知的酶或受體及其配體的配位化合物結構。
結合機制多樣性
盡管大多數情況下，配體結合發生在酶或受體的單一活性結合位點上，但在某些特殊的情況下，如激動劑或拮抗劑等不同類型的配體，它們的結合方式可能會有所不同。即使在同一類別的配體之間，也可能存在著不同的結合模式。
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